Исходя из установки на свободную торговлю, Гувер рассматривал свой департамент в первую очередь не как регулирующий орган (хотя некоторые меры регулирования были необходимыми), а как мощную организацию помощи бизнесу, призывая и организуя добровольное сотрудничество предпринимателей с правительством.
Американцам со средним уровнем доходов пришлась по душе организованная Гувером кампания «Приобрети собственный дом», целью которой было добиться, чтобы как можно большее число семей смогло купить в рассрочку отдельные дома, обычно двух- или трехэтажные. Была достигнута договоренность с банками о предоставлении займов на покупку домов на льготных началах, с рассрочкой выплаты на много лет.
Популярность Гувера резко увеличилась, когда в 1927 г. он по назначению президента Кулиджа возглавил операцию по спасению жителей штатов, оказавшихся в беде в связи с наводнением на Миссисипи. Тогда без жилья осталось не менее 1,5 млн человек. Гувер непосредственно возглавил работу по координации усилий различных ведомств и учреждений. Под его руководством были созданы свыше 100 палаточных городков, на спасение людей мобилизованы более 600 судов, путем добровольных пожертвований было собрано свыше 17 млн долларов (более 250 млн в ценах 2018 г.). Современники высказывали мнение, что Гувер фактически оттеснил президента Кулиджа на вторые позиции, став самым известным в стране деятелем с мощной позитивной репутацией.
Гувер оказался естественным кандидатом Республиканской партии на президентских выборах 1928 г., хотя Кулидж был сдержан в оценке его качеств, скорее всего испытывая к нему определенную зависть. На партийном съезде в Канзасе (штат Миссури) 12–15 июня Гувер был выдвинут уже в 1-м туре, хотя фигурировали и другие авторитетные кандидаты (секретарь казначейства Э. Меллон, бывший госсекретарь Ч. Хьюз). Гувер получил 837 голосов, а остальные в совокупности 247. Кандидатом в вице-президенты был номинирован сенатор Чарльз Кертис из Канзаса, по происхождению индеец.
Противником Гувера на выборах был демократ, губернатор штата Нью-Йорк Альфред Смит. Между предвыборными установками обоих кандидатов было много общего. Оба они обещали сохранить «процветание нации», поощрение бизнеса, как мелкого и среднего, так и крупного, улучшить положение фермеров (в этом вопросе Гувер был более сдержан), осуществлять курс на фактическое невмешательство в заокеанские дела. По столь противоречивому вопросу, как «сухой закон», кандидаты разошлись: Гувер выступал за его сохранение, тогда как Смит назвал вредным. В пользу протестанта Гувера было и то, что Смит принадлежал к католической церкви, к которой многие американцы относились с недоверием.
На выборах 6 ноября 1928 г. за Гувера голосовали 21,4 млн человек (58,2 %), за Смита — 15 млн (40 %). В коллегии выборщиков Гувер получил 444 места, а Смит — 87.
Стремясь показать «новый стиль» в руководстве страной, Гувер сразу после инаугурации созвал пресс-конференцию, на которой попросил журналистов дать ему советы, как можно улучшить освещение деятельности президента. Он стал проводить частые встречи с представителями печати, причем журналисты предварительно получали своего рода «отчеты» о деятельности правительства за последние дни. Но такое общение продолжалось только первые полгода: когда начался экономический кризис, пресс-конференции стали проводиться все реже, а затем Гувер фактически перепоручил их помощникам и министрам.
В назначении членов правительства Гувер пытался сочетать преемственность с личным доверием и квалификацией назначаемых министров. Государственным секретарем стал Генри Стимсон, служивший до этого генерал-губернатором Филиппин и проявивший как административные, так и дипломатические способности. Секретарем казначейства остался Э. Меллон, который выступал против каких-либо существенных новаций в экономике. Департамент торговли, ставший к этому времени особенно влиятельным, теперь возглавил инженер Роберт Ламонт, работавший до этого в железнодорожных компаниях.
В инаугурационной речи и ряде следующих выступлений Гувер призвал к конструктивному сотрудничеству труда, капитала и правительства при минимальном влиянии государства на экономику. Но все же были проблемы, мимо которых новый президент не мог пройти. Важнейшей из них было положение фермеров, которые никак не могли приспособиться к модернизации сельского хозяйства. Механизация аграрного сектора требовала крупных вложений в технику, необходимую как для обработки полей и скотоводства, так и для доставки продукции на рынок. Низкие цены на сельхозпродукцию вели к разорению части фермеров. Фермерские организации требовали государственных субсидий, без которых сельское хозяйство США не могло выбраться из трудностей.
