В 1879 г. Л. В. Ходский был оставлен для подготовки к профессорскому званию, а его непосредственным научным руководителем стал видный статистик и экономист Ю. Э. Янсон (1835–1893). Одновременно с 1881 г. молодой ученый назначается преподавателем Петербургского коммерческого училища (преподавал политическую экономию, коммерческую географию и историю торговли) и остается в этом качестве до начала XX в. В 1885 г. параллельно он становится доцентом кафедры политэкономии и статистики Лесного института, в котором преподавал до последних дней жизни.
Выдержав магистерский экзамен, молодой ученый в 1883 г. защитил магистерскую диссертацию по политэкономии «Поземельный кредит и отношение его к крестьянскому землевладению» (опубликована в виде книги в том же году). В 1891 г. по книге «Земля и землевладелец» (в 2 т., СПб., 1891) он защитил докторскую диссертацию по политэкономии. В 1880 г. он вступил в Вольное экономическое общество (ВЭО), затем был там членом совета и председателем его 3-го отделения сельскохозяйственной статистики и политической экономии. Как последовательный народник ученый уделял финансовой стороне крестьянского вопроса большое внимание на протяжении всей научной карьеры, особенно в ее начале[1068]. Его идеалом осталась «цивилизованная» крестьянская община.
Наконец, в 1891 г. он приглашается приват-доцентом кафедры политэкономии и статистики, с 1895 г. становится экстраординарным, а с 1898 г. – ординарным профессором по кафедре финансового права Петербургского университета, где сменил своего учителя В. А. Лебедева. Л. В. Ходский до 1905 г. в основном читал параллельный курс финансового права, издавал свои публичные речи и методические пособия[1069]. При этом его неоднократно предупреждали о запрете преподавания «в противоправительственном духе», да и публицистическая деятельность профессора вызывала нарекания.
Не добавило Л. В. Ходскому благонадежности и то, что он редактировал и издавал журнал «Народное хозяйство» с 1900 по 1905 г., где публиковались его статьи по проблемам государственного бюджета, таможенной и налоговой политики, а затем и газеты «Наша жизнь», «Товарищ», «Наша газета», «Столичная почта». В декабре 1905 г. его газета напечатала «Манифест Петербургского совета рабочих депутатов», за что редактор был впоследствии судим. С. Ю. Витте писал о том, что «лица вроде профессора Ходского… в конце концов шантажируют печатным словом»[1070]. Примечательно, что В. И. Ленин примерно тогда же записал нашего героя в «буржуазные демократы»[1071]. Редакционно-издательская деятельность принесла ему широкую известность, однако с материальной точки зрения явно не обогатила, а скорее, наоборот, ввела в долги. В 1905 г., после 25 лет службы по учебному ведомству, ему запретили продолжить преподавание финансового права в качестве приват-доцента в университете. Этот запрет был снят только в 1910 г., когда в университете он возобновил чтение основных обязательных курсов «Теория налогов» и «Налоги (прямое и косвенное обложение)». Читал он и обязательный спецкурс «Экономика и землеустройство России». Вместе с тем он без перерыва продолжал профессорствовать в Лесном институте, некоторое время вел занятия в Психоневрологическом институте.
Своеобразную характеристику Л. В. Ходского как преподавателя и ученого оставил его бывший студент, азатем коллега А. И. Буковецкий[1072]. Он отмечал, что по своим взглядам Л. В. Ходский был значительно левее своего учителя В. А. Лебедева. Про его магистерскую и докторскую диссертации было сказано, что они отразили новые веяния в русской экономической жизни, т. е. полную неудовлетворенность положением крестьянского населения после реформы 1861 г. Л. В. Ходский, по его мнению, выступил, с одной стороны, как защитник идей правого крыла народнического движения, с другой – как защитник проведенной крепостниками реформы 1861 г. Л. В. Ходский подчеркивал необходимость дальнейших аграрных мероприятий в направлении к общинному землевладению, а в его воззрениях своеобразно сочетались народнические идеи 70–80-х гг. и воззрения А. Вагнера.