Можно было бы предположить, что в предположениях Кальвина нет смысла ни в каких молитвах: все предопределено божественным декретом, и ни один океан мыслей не сможет смыть ни йоты неумолимой судьбы. Однако Кальвин более человечен, чем его богословие: давайте молиться со смирением и верой, говорит он нам, и наши молитвы будут услышаны; молитва и ответ также были предписаны. Давайте поклоняться Богу в смиренных религиозных службах, но мы должны отвергнуть Мессу как святотатственную попытку священников превратить земные материалы в тело и кровь Христа. Христос присутствует в Евхаристии только духовно, а не физически, и поклонение освященной облатке как буквально Христу — это идолопоклонство. Использование искусственных изображений Божества, в явное нарушение Второй заповеди, поощряет идолопоклонство. Все религиозные изображения и статуи, даже распятие, должны быть удалены из церквей.
Истинная Церковь — это невидимая община избранных, умерших, живущих или рождающихся. Видимая Церковь состоит из «всех тех, кто исповеданием веры, примерной жизнью и участием в таинствах крещения и Вечери Господней» (другие таинства Кальвин отвергает) «исповедует того же Бога и Христа, что и мы сами».15 Вне этой Церкви нет спасения.16 Церковь и государство — оба божественны и предназначены Богом для гармоничного взаимодействия души и тела единого христианского общества: Церковь должна регулировать все детали веры, богослужения и морали; государство, как физическая рука Церкви, должно обеспечивать соблюдение этих правил.17 Светские власти также должны следить за тем, чтобы «идолопоклонство» (в протестантском обиходе это синоним католицизма) и «другие поношения религии не были публично выставлены и распространены среди народа», и чтобы преподавалось и принималось только чистое Слово Божье.18 Идеальное правительство будет теократией, а Реформатская церковь должна быть признана голосом Бога. Все притязания пап на верховенство Церкви над государством Кальвин возобновил для своей Церкви.
Примечательно, как много римско-католических традиций и теорий сохранилось в богословии Кальвина. Кое-чем он был обязан стоицизму, особенно Сенеке, а также изучению права; но больше всего он опирался на святого Августина, который вывел предестинарианство из святого Павла, не знавшего Христа. Кальвин сурово игнорировал концепцию Христа о Боге как любящем и милосердном отце и спокойно прошел мимо множества библейских отрывков, предполагающих свободу человека определять свою судьбу (2 Пет. 3:9; 1 Тим. 2:4; 1 Иоан. 2:2; 4:14 и т. д.). Гений Кальвина заключался не в том, что он придумывал новые идеи, а в том, что он развивал мысли своих предшественников до ужасающе логичных выводов, излагал их с красноречием, равным разве что Августину, и формулировал их практические последствия в системе церковного законодательства. У Лютера он взял доктрину оправдания или избрания по вере; у Цвингли — духовное толкование Евхаристии; у Буцера — противоречивые понятия о божественной воле как причине всех событий и требовании напряженного практического благочестия как проверки и свидетельства избрания. Большинство этих протестантских доктрин в более мягкой форме дошли до нас в католической традиции; Кальвин придал им резкий акцент и пренебрег компенсирующими смягчающими элементами средневековой веры. Он был более средневековым, чем любой мыслитель между Августином и Данте. Он полностью отверг гуманистическую озабоченность земным совершенством и вновь обратил мысли людей, еще более мрачные, чем прежде, к загробному миру. В кальвинизме Реформация вновь отвергла Ренессанс.