Положение дворянства еще более укрепилось после появления «Грамоты на права, вольности и преимущества благородного дворянства», подписанной 21 апреля 1785 г. В соответствии с этим документом дворяне освобождались от обязательной службы, телесных наказаний, а также могли лишиться своих прав и имущества только по приговору дворянского суда, учрежденного императрицей. Одной из главных привилегий дворянства стало право на созыв губернских и уездных дворянских собраний и выборы на них представителей дворянства и части должностных лиц.
Одновременно с Жалованной грамотой дворянству появилась и «Грамота на права и выгоды городам Российской империи». В соответствии с ней горожане делились на 6 основных разрядов с различными правами и обязанностями. В городах появились думы, основанные на принципе шестигласного представительства — по одному представителю от каждого разряда. Дума формировалась горожанами путем избрания на основе высокого имущественного ценза. Она занималась вопросами городского хозяйства, но под контролем администрации. Кроме того, формировалось цеховое самоуправление и купеческое гильдейство.
Жалованные грамоты дворянству и городам еще более закрепили сословное деление общества и укрепили самодержавную власть.
Екатерине II до конца своего царствования так и не удалось соединить два несоединимых желания: прославиться на весь мир своими либеральными взглядами и реформами и не допустить в России никаких свобод. Эти ее противоречия особенно наглядно проявились в отношениях с образованными людьми. Екатерина поручила Е. Р. Дашковой, одной из образованнейших женщин того времени, разработать новый проект Российской академии наук, поддерживала светское образование. Вместе с тем именно в ее правление была установлена и без того жесткая цензура.
Императрица боялась малейшего проявления свободомыслия и жестоко наказала А. Н. Радищева за его критику существующих порядков, изложенную в книге «Путешествие из Петербурга в Москву», наказав заодно и Н. И. Новикова, который посмел издать эту книгу.
В конце своего царствования Екатерина II приказала распустить все массонские ложи. Издатель Н. И. Новиков был арестован и заключен в Шлиссельбургскую крепость, князь Ю. Н. Трубецкой сослан.
Невиданное усиление крепостного гнета при Екатерине II породило самую мощную крестьянскую войну в России под руководством донского казака Е. И. Пугачева. Она в 1773–1775 гг. охватила огромную территорию: Оренбургский край, Яик (Урал), Приуралье, Западную Сибирь, Среднее и Нижнее Поволжье. В движение было вовлечено более 100 тысяч человек — русских крестьян, рядовых казаков и нерусских народностей. Народ стихийно поднялся на борьбу за свержение феодальной системы, но при сохранении прежней, искони привычной формы государственной власти в виде монархии во главе с «хорошим мужицким царем».
В среде народа были распространены слухи о спасении Петра III, в котором многие и видели этого «мужицкого царя», которого намеренно убрала Екатерина II, чтобы он не мешал ей кабалить народ. Всего было разоблачено до 40 лже-Петров, но наиболее удачливым из них оказался казак станицы Зимовейской Е. И. Пугачев. Участник Семилетней войны и войны с Турцией 1768–1774 гг., за храбрость при взятии Бендер произведенный в хорунжии, он был вынужден бежать с Дона, так как его, не совсем еще оправившегося от болезни, приобретенной в подземных работах под Бендерами, снова призвали на службу. Пугачев вынужден был скитаться по стране и забрел к яицким казакам, где выдал себя за чудом спасшегося Петра III, а Яик его признал в качестве такового.
С Яика восстание быстро распространилось на соседние регионы. Первый этап крестьянской войны 1773–1775 гг. ознаменовался шестимесячной осадой Оренбурга и разгромом на подступах к нему правительственных войск под командованием генерала Кара. Однако под Оренбургом весной 1774 г. Пугачев потерпел поражение, после чего ушел на Урал, где пламя движения разгорелось с новой силой. В июле 1774 г. крестьянская армия подошла к Казани и заняла весь город, за исключением кремля. Паника охватила дворян, живших в центре страны. Для подавления восстания Екатерина пошла на то, что прервала победоносную войну с Турцией и заключила с ней в 1774 г. мир, бросив высвободившуюся армию против повстанцев. Спешно стянутые войска разгромили Пугачева, но он двинулся на юг по правобережью Волги, быстро собрал новую армию из стекавшихся к нему крестьян.
