Однако оппозиция Борису была достаточно сильной. Она состояла из титулованной и старомосковской знати, небольшого числа представителей администрации во главе с дьяками Щелкаловыми и части московского духовенства, недовольной Новым. За представителями знатных родов стояли их дворяне, боевые холопы и различная челядь. Оппозиция привлекала в свои ряды чернь, распространяя различные слухи, компрометирующие Годунова, как, к примеру, слух об отравлении царя Федора.
Романовы считали свои позиции прочными и не побоялись первыми выступить с нападками на правителя. Однако борьба за власть расколола Боярскую думу. Забыв старые обиды, Богдан Бельский вместе с Федором Ивановичем Мстиславским, при поддержке Романовых, выступили с предложением посадить на трон «царя» Симеона Бегбулатовича. Но эта кандидатура была более чем спорной, и от нее пришлось отказаться. Себя же Федор Никитич Романов предложить не рискнул, а других кандидатов попросту не было.
По столице быстро распространялись слухи, порочащие репутацию правителя Бориса Годунова. Борис Годунов — первый в отечественной истории выборный царь. Поэтому многие из современников так и не смогли его принять как законного государя. Большинство публицистов считали его восшествие на престол незаконным. Большинство, но не все. Так, С. И. Шаховской писал, что сам Бог решил царский венец передать Борису и называл его при этом «прославленным государем». А патриарх Иов в своей повести описывал эпизод, когда в честь победы над крымскими татарами царь Федор Иванович наградил Бориса Годунова золотой цепью, которую носил сам как знак своей царской власти. Это была заслуженная награда за победу, но, со слов патриарха, это еще и предвещало, «что он после смерти царя будет преемником всего царского достояния, держателем скипетра и правителем превеликого Российского царства; потом, спустя немногие годы, божьим промыслом царское пророчество исполнилось». В целом повесть патриарха Иова изобилует похвалами в адрес Бориса, автор называл его «достохвальным и мудрым правителем», и в «ратном деле весьма сведущим», и «прекрасным», и «храбростью украшенным» и т. п. Но при этом он ни разу не упоминает о смерти царевича Дмитрия и заканчивает свою повесть смертью царя Федора. Патриарх Иов не писал и об избрании Бориса на царство, а в конце своего труда сообщает, что Московское государство осиротело без благородных отпрысков корня Рюриковичей, и что настало теперь время «слез и плача», «без царя мы разорены и осиротели, мы словно овцы, не имеющие пастыря». Патриарх Иов, таким способом, очень тонко обходил стороной вопрос об избрании Бориса, лишь кое-где в повести намекая на то, что Годунов стал царем, и что на это была воля Бога и последнего царя из рода Рюриковичей.
Большинство же современников в своих произведениях видели в незаконном, с их точки зрения, восшествии на престол Бориса Годунова еще одну из причин разразившейся вскоре Смуты.
Но пока еще Борис не стал государем всея Руси, он не без основания опасался за свою жизнь. Правитель перестал ездить в Боярскую думу и укрылся сначала на своем подворье, а затем в стенах хорошо укрепленного Новодевичьего монастыря, где, кстати, пребывала и его сестра «царица инокиня Александра».
Однако, с точки зрения некоторых современников, Борис Годунов, якобы мучимый своей совестью, бежал в Новодевичий монастырь. Как писали летописцы, совесть его мучила «от неправедного убийства» царя Федора. Иван Тимофеев считал, что это бегство было задумано Борисом с большой хитростью, так как, с одной стороны, он боялся мести народа, а с другой — хотел увидеть, «кто кому о его избрании будет говорить заранее, или кто оставит его без внимания», и тогда первых он будет поощрять в будущем, а вторых наказывать. Так ли это было на самом деле, неизвестно, но, возможно, какие-то планы действия Борис имел.
Поражение Бориса избавило великородных бояр от страха, и многие из них заявили претензии на трон. В результате долгих споров 17 февраля 1598 г. бояре пришли к компромиссному решению сделать Боярскую думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он «знает только царицу», Ирину Федоровну Годунову. На заявление об отказе и пострижении царицы, из народа раздались голоса: «Да здравствует Борис Федорович». Весьма любопытно показана позиция бояр по вопросу престолонаследия в «Ином сказании»: «Велицыи же бояре, иже от корени скипетродержавных и сродни великому государю… Федору Ивановичу… и достойные на се, не изволиша ни много, ни мала поступити и между себя избрати, но даша на волю народу». Борис же, по убеждению автора данного произведения, имея «нрав лукав и пронырлив», прельстил народ дарами, а кого угрозами заставил просить себя взять царский скипетр.
