Главной заслугой Скопина-Шуйского стало освобождение Москвы от блокады тушинских войск. Этим деянием он приобрел исключительную популярность в народе. Столичное население устроило торжественную встречу полководцу и его армии 12 марта 1610 г. В Скопине-Шуйском народ видел преемника царю Василию, не пользовавшемуся народной любовью. Но через месяц князь Михаил при неясных обстоятельствах скончался. Известно, что он почувствовал недомогание на крестинах князя И. М. Воротынского. Как сообщали современники, во время пира он почувствовал дурноту и «из носа у него хлынула кровь». Две недели он мучительно умирал, а развязка наступила 23 апреля 1610 г.
В народном фольклоре, посвященном событиям Смутного времени, отразилась скорбь широких слоев населения по поводу безвременной кончины прославленного полководца, который пригодился бы стране в годину суровых испытаний.
Скоропостижная смерть молодого воеводы посеяла сомнения в народе. В частности, распространилось мнение, что Скопин-Шуйский был отравлен своими родными, князьями Шуйскими во главе с самим царем Василием, боявшимся потерять престол. Отравительницей считали княгиню Екатерину Скуратову-Шуйскую, жену Дмитрия, брата царя Василия. Однако никто не знал в точности, умер ли народный герой от яду или «на перепитии».
Тем временем вступление шведских войск в русские пределы дало повод польскому королю Сигизмунду III, находящемуся в состоянии войны со Швецией, начать войну против России. 19 сентября 1609 г. коронное войско Льва Сапеги подошло к Смоленску. Через несколько дней туда прибыл и сам король. Началась героическая оборона Смоленска, продлившаяся почти два года и надолго задержавшая польские коронные войска. Василий Шуйский послал войско на выручку Смоленску. 24 июня 1610 года у села Клушино русская армия под командованием бездарного брата царя Дмитрия Шуйского потерпела сокрушительное поражение от войск польского гетмана Жолкевского. Этот исход стал шоком для русского общества, настроение близкой победы сменилось ожиданием грядущей гибели. Современники взывали в своих произведениях к патриотическим чувствам народа, настраивая широкие массы на продолжение борьбы.
Все это окончательно подорвало позиции царя Василия Шуйского. В конце концов 17 июля 1610 г. группа дворян во главе с Захаром Ляпуновым после длительных уговоров добровольно оставить царствование низложила Василия Шуйского. После этого он был насильственно пострижен в монахи и уже под именем «инока Варлаама» заточен в Чудов монастырь. Братья царя были заключены под стражу.
В сентябре 1610 г. бывший царь был выдан польскому гетману С. Жолкевскому и вывезен в Речь Посполитую. Там он и умер в тюрьме 12 сентября 1612 г. Лишь после окончания Смуты, в 1635 г. его останки были перевезены в Москву и захоронены в Архангельском соборе Кремля.
Таким образом, можно отметить, что время царствования Василия Ивановича Шуйского было одним из самых трагических в истории русского самодержавия. О времени Шуйского современник писал, что «в дни царства его всякая правда уснула, и суда истинного не было, и всякая добродетель иссякла». О непопулярности Василия Шуйского в народе точно свидетельствует суждение другого современника, князя Семена Ивановича Шаховского: «Пусть-де отобрана будет царская власть у царя Василия, поскольку он кровопийца, все поданные за него от меча погибли… и все Российское государство пришло в запустение».
Но при всем негативном отношении к царю некоторые все же не одобрили насильственное свержение Василия Шуйского. Как писал князь И. А. Хворостинин, сильно пострадавший от этого государя, «в пятый год царствования его, исполнился народ лютой ненавистью против него… от бояр вплоть до простых людей все восстали… и все, пренебрегая присягой на кресте, из зависти прогнали его с престола». Таковы оценки Василия Шуйского в литературно-публицистических источниках. Они отражают особенности не только отношения к Шуйскому, но и к общепринятым представлениям о царской власти. На примере Василия Шуйского мы можем видеть, что система ценностей в историческом сознании русского общества начала XVII в. включала конкретные, личностные взгляды современников на общую для всех норму неприкосновенности, святости царской власти. Появляется уже моральное оправдание того, что неугодного царя, который не заботится о благе своего народа, можно и даже необходимо свести с трона, пусть и насильственными методами. А это уже свидетельствует о зарождении серьезных сдвигов в общественной мысли русского общества начала XVII в.
