Подавить восстание Болотникова Шуйскому удалось с большим трудом лишь осенью 1607 г., после того как большая часть дворянства, находящегося в войске восставших, перешла на царскую сторону. Все его предводители, включая «царевича» Петра, были казнены, кроме Григория Шаховского, сосланного в Каменное. И. Болотников также первоначально был сослан в Каргополь. Однако он вел себя вызывающе, кричал: «Погодите, придет мое время, я вас закую в железо, зашью в медвежьи шкуры и отдам псам!» Тогда, уже в 1608 г., его сначала ослепили, а затем утопили в проруби.
Стремясь стабилизировать положение в стране, обеспечить себе поддержку со стороны господствующего класса, правительство Шуйского в 1607 г. принимает Уложение о крестьянах, по которому вводит 15-летний срок исковой давности по делам беглых, вместо старого пятилетнего. Вводились суровые денежные санкции для тех, кто принимает беглых крестьян. Однако авторитет власти Шуйского от этого не возрос. Деятельностью правительства Шуйского были недовольны как дворяне, видевшие неспособность Шуйского прекратить смуту в стране, так и крестьяне, не принимавшие его крепостническую политику.
Пока Шуйский воевал с Болотниковым, появился новый самозванец. В мае 1607 г. в городе Стародубе объявился «царь Дмитрий», которого в историографии принято называть Лжедмитрием II. К самозванцу стали стекаться русские ратные люди, крестьяне и посадские. Многие из них ранее были в войске Болотникова. Однако основную ударную силу войска Лжедмитрия II составляли поляки. Для казачества и польских авантюристов самозванец был простым предлогом для прикрытия их личных интересов, «видов на воровство».
Если первым самозванцем называют Григория Отрепьева, и судьба его до того, как он стал претендовать на престол, более или менее известна, то о втором мы этого с точностью сказать не можем. О втором Дмитрии-самозванце современники говорили разное: одни называли его дьячком, другие — царским дьяком. Автор «Летописи о многих мятежах…» говорил, что это был человек, никем не знаемый, и пришел он неизвестно откуда. С. И. Шаховской так же пространно называл его как «некоего мятежника». Никто из современников не мог точно сказать, кто это был на самом деле. Летописец сообщал, что «он был не служивых людей сын, но попова рода, потому что он службу церковную всю добре изучил и знал».
В отличие от Лжедмитрия I, у которого современники отмечали такие положительные стороны, как образованность, смелость, острота ума, Лжедмитрий II оценивался только отрицательно, ни у кого он не вызывал ни малейшей симпатии. Он заслужил только эпитет «дикого вора тушинского». Но, как и первого самозванца, «вора» также принимали за истинного царя, люди верили ему. Где бы он ни появлялся со своими отрядами, народ сначала радостно принимал его, звонил в колокола, чествовал его как царя и готов был служить ему.
Однако не все искренне признали «Тушинского вора» за царя Дмитрия. На севере, в том крае, где менее всего отзывались события Смуты, где еще не знали, что за человек был «вор», где доверия и особой любви к Шуйскому не питали, там на «вора» смотрели не как на разбойника, а как на человека, ищущего престола, быть может, и настоящего царевича. Часто его признавали при первом появлении, но тотчас же убеждались, что эти отряды не «царево войско», а разбойничий сброд.
Лжедмитрий II со своими приверженцами подошел к Москве и стал лагерем в Тушине. Там он создал своего рода параллельное правительство с Боярской думой, приказами и даже своим патриархом, которым стал митрополит Ростовский Филарет, в миру Федор Никитич Романов. Туда же, в Тушино прибыла и «царица» Марина, жена первого Лжедмитрия, которая узнала в «Тушинском воре» своего спасшегося мужа.
Ошеломляет нравственное падение народа во время царствования Василия Ивановича. Когда Лжедмитрий II стоял лагерем в Тушино, то москвичи служили попеременно обоим государям. Они то ходили в Тушино за разными подачками, чинами и «деревнишками», то возвращались в Москву и, сохраняя тушинское жалование, ждали награды от Шуйского за то, что «отстали от измены».
На серьезное сопротивление тушинцы натолкнулись, когда решили взять Троице-Сергиев монастырь, осада его затянулась почти на восемь месяцев. Это дало возможность Василию Шуйскому перегруппировать силы. В Новгород он послал молодого и талантливого воеводу, своего племянника Михаила Васильевича Скопина-Шуйского. Собрав в северных городах ополчение из дворян, крестьян, посадских людей и купцов, а также получив от шведов пятитысячное наемное войско, согласно заключенному ранее договору, Скопин двинулся на тушинцев и разгромил их. Лжедмитрий II бежал, покинутый поляками, в Калугу и вскоре был убит своими сторонниками в декабре 1610 г.
