Четырехлетнего Михаила вместе с сестрой Татьяной сослали на Белоозеро. Разлученные с родителями, дети находились там под присмотром тетки Анастасии Никитичны Романовой. Опальных содержали в тюрьме. Все вотчины Романовых были взяты в казну, имущество конфисковано и пущено в распродажу. До четырех лет Михаил жил в семье, считавшейся одной из самых богатых в России, теперь же боярский терем заменила тюрьма, и это стало одним из самых сильных его детских впечатлений.
Вскоре после расправы Борис смягчил наказание. Михаил с сестрой и теткой были отпущены с Белоозера в село Клины в Юрьеве-Польском, родовую вотчину Романовых. Их не освободили из-под стражи, но зато содержание заметно улучшилось, и кормили узников вдоволь.
Ситуация изменилась после свержения Годуновых и воцарения Лжедмитрия. Оставшиеся в живых Романовы были возвращены из ссылки и осыпаны милостями от нового царя. Филарет Никитич был возведен в сан митрополита Ростовского. Не оставил вниманием самозванец и девятилетнего сына Филарета Михаила — он был одарен богатыми подарками, одним из которых был драгоценный посох.
После свержения Лжедмитрия I и воцарения Василия Шуйского Михаил Федорович был определен на службу. Хотя он еще не достиг совершеннолетия, а таковое тогда считалось по достижению пятнадцати лет, Михаил участвовал в дворянском смотре и был записан в чине стольника в боярском списке 1607 г. Это был его первый дворцовый чин.
Однако вскоре Михаилу снова было суждено разлучиться с отцом. Когда в Тушино оказался Лжедмитрий II, то в его ставке патриархом был поставлен Филарет, а Михаил вместе с дядей Иваном Никитичем Романовым находился в осажденной тушинцами Москве.
Ситуация в стране приобретала все более катастрофический характер. С «тушинским вором» было покончено, но в гражданскую войну вмешались иноземцы. Началась польская, а позже — с 1610 г. — шведская интервенция. Непопулярного в широких кругах Василия Шуйского свергли с престола и постригли в монахи. Одним из руководителей заговора против царя Василия был и митрополит Филарет, который после поражения Лжедмитрия II сначала пытался бежать под Смоленск к Сигизмунду III, но был пленен после боя под Волоколамском и отправлен в Москву. Патриарх московский Гермоген объявил «воровского» патриарха пленником и жертвой Лжедмитрия II и признал его право на прежний сан ростовского митрополита.
После свержения царя Василия произошли новые перемены в жизни Михаила Романова. Теперь он превратился в реального претендента на трон. В его пользу говорили популярная в народе фамилия и родство с последним законным царем Федором Ивановичем, которому он доводился двоюродным племянником. Сохранилось свидетельство того времени о характере молодого Романова, оставленное архиепископом Арсением Елассонским. Он отзывался о нем как о «юноше благоразумном, скромном и рассудительном». Кандидатуру сына выдвинул отец, понимая, что самому ему невозможно вернуться в мирскую жизнь, и рассчитывая посадить на трон своего четырнадцатилетнего сына.
Михаил имел неплохие шансы. Филарет нашел сторонников среди посадского люда. На его стороне выступал и патриарх Гермоген. Однако у Филарета было много и противников. Против Михаила выступило духовенство, чьего доверия Филарет так и не успел снискать. Князья церкви не смогли простить Филарету службы при дворе «тушинского вора». Кроме того, иерархи завидовали его быстрой церковной карьере.
Тем временем власть оказалась в руках так называемой «семибоярщины». Это было своего рода временное правительство до избрания нового государя. Название свое в народе оно получило по количеству членов, в него входящих. Это были князья Федор Мстиславский, Иван Воротынский, Василий Голицын, Федор Шереметьев, боярин Иван Романов, Андрей Трубецкой и Борис Лыков. Представители этого правительства заключили договор с польским королем Сигизмундом III о призвании на русский престол его сына Владислава. Под предлогом подготовки к коронации королевича в ночь с 20 на 21 сентября 1610 г. в Москву вошли польские войска коронного гетмана Жолкевского. Современники достаточно тяжело переживали это событие, рассматривая его как акт государственного унижения. Они осуждали москвичей за непротивление захватчикам и политическую пассивность, граничившую, по их мнению, с изменой: «Не уразумев коварства, послабели умами и совершили пагубно и злое, ибо пелена покрыла их очи и не увидели они обмана: приняли гетмана со всем его войском в город и покорились ему, от него и погибли». Из приведенного суждения очевидно, что виновниками случившегося в глазах современных публицистов выступали не только представители боярской верхушки, но и все жители Москвы. Князь Хворостинин даже шутил по этому поводу: «Большой чести мы удостоились у иноверного царя — получили мы в славном городе еретиков».
