Не позднее 23 марта 1611 г. в предместье Москвы прибыл П. Ляпунов с рязанскими дворянами. Заруцкий с казаками и Трубецкой со служилыми людьми запоздали, но ненадолго. После того как попытки поляков потеснить силы ополчения были отбиты, земская рать перешла к длительной осаде столицы.
Во время осады Москвы войсками первого ополчения Романовы находились вместе с поляками в осажденной столице. Иными словами, они принадлежали к числу тех бояр, которые были пособниками иноземных завоевателей. Стольник Михаил Федорович жил на подворье Романовых в Китай-городе у дяди, боярина Ивана Никитича, который усердно служил царю Владиславу. Инокиня Марфа была при сыне. Будущий царь Михаил не проявлял желания перебраться за стены Кремля и перейти на сторону земских воевод и народа, как это делали сотни других, попавших в осаду вместе с поляками. Позже, уже во время царствования Михаила Федоровича, власти сочинили легенду, будто поляки теснили старицу Марфу и ее сына — «во всякой крепости и за приставы крепкими держали». Однако окружать их стражей не было никакой необходимости, Романовым некуда было бежать. Семья Михаила пережила осадное время в Кремле с первого до последнего дня.
Вскоре между П. Ляпуновым, Д. Трубецкими и И. Заруцким встала «рознь великая», которая определялась борьбой за лидерство в земском правительстве, организованном ополчением в противовес московскому правительству бояр-изменников. Современники обвиняли донского атамана в разрушении единства первого ополчения, которое не смогло выполнить основную задачу — освобождение Москвы. Летом 1611 г. на соборе главенствующее положение получил П. Ляпунов, но вскоре он был убит на казачьем круге. В его смерти публицисты обвинили Заруцкого. После ему ставили в вину и попытки убийства князя Дмитрия Пожарского, и препятствия в деятельности Второго ополчения. Таким образом, в оценках современников действия Заруцкого окрашены преимущественно в отрицательные тона.
Смерть П. Ляпунова была большим горем для народа, так как надежды на успех ополчения становились призрачными. Но уже в сентябре 1611 года в Нижнем Новгороде собирается второе ополчение, с деятельностью предводителей которого — Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского — связано освобождение Москвы. Их заслуга перед Отечеством была понятна уже современникам. В отличие от родовитого и всем известного князя Пожарского, Минин был незнатного происхождения (торговый человек, «говядарь»), но его деятельность получила высокую оценку отечественных публицистов Смутного времени, которые часто ставили свершения нижегородского земского старосты выше «ратных трудов воевод преслав-ных». Высоко оценивали современники и Дмитрия Пожарского, который был очень популярен в широких слоях населения, иначе не выбрали бы его нижегородцы своим предводителем, имея уже двух воевод в собственном городе. Для русских людей он представлялся весьма честным человеком, не запятнавшим себя изменой, опытным и талантливым военачальником. Авторы показывали его кротость, доброту и справедливость. Он не казнил казаков, пытавшихся его убить, а отпустил их, не притеснял и не убивал сдававшихся ему в плен поляков, чем заслужил их уважение.
Сами упоминания о втором ополчении у современников носят торжественный характер. Ожидание скорого конца сменилось радостным чувством победы над интервентами. 5 марта 1612 г. силы ополчения выступили из Нижнего Новгорода и вдоль Волги стали двигаться к Москве. Поход второго ополчения больше походил на торжественное шествие: встречи, присоединение новых отрядов, денежные взносы показывали явное сочувствие населения нижегородскому ополчению и его освободительным целям.
Минин и Пожарский отказались от прямого похода на Москву и временно обосновались в Ярославле. Необходимо было решить вопрос о взаимоотношениях нового ополчения с казацкими таборами Трубецкого и Заруцкого, по-прежнему стоявшими под Москвой, но неспособными к каким-либо активным действиям против осажденных поляков. Кроме того, необходимо было стянуть силы для похода на Москву. Здесь, в Ярославле, было официально создано правительство, возглавленное князем Д. М. Пожарским и К. Мининым. Так же был создан «Совет всей земли» в составе представителей от дворянства, посадских людей и духовенства. Постепенно вокруг «Совета всей земли» выросла и приказная организация, ведавшая текущими делами. Таким образом, правительство второго земского ополчения ведало не одними только военными и хозяйственными делами, но и управлением всей страны.
Тем временем под Москвой произошел разрыв между атаманом И. Заруцким и князем Д. Трубецким. Заруцкий ушел в Коломну, где в то время находилась вдова двух самозванцев Марина Мнишек. Вместе с ним ушло свыше двух с половиной тысяч казаков. Одновременно для подкрепления польского гарнизона в Кремле из занятого поляками Смоленска выдвинулись значительные силы противника под командованием гетмана Ходкевича. Все это заставило руководителей ополчения спешить с выступлением из Ярославля.