Филарет Никитич стоял у истоков многих начинаний, призванных укрепить расшатавшееся государство. Образцом провозглашались традиции Московского государства времен Ивана Грозного, родство с которым всячески подчеркивала новая правящая династия. При царе работала Боярская дума, законы выходили с прежней формулировкой «уложил царь со своими бояры». Занятие государственных должностей определялось все той же системой местничества — знатностью боярского рода и тем, какие должности занимали предки. Но в действительности у боярства оставалось с каждым годом все меньше и меньше реальной власти. Самых опасных для себя бояр Филарет постарался убрать из Москвы. Так, князя И. В. Голицына сослал в Пермь, а князя Д. Ф. Трубецкого отправил воеводой в Сибирь. Был отдален от двора и освободитель Москвы князь Д. М. Пожарский. Среди думных чинов появилось множество новых фамилий, оттеснивших от управления страной старую титулованную знать? — среди них Стрешневы, Нарышкины, Милославские, Толстые и др. Дума постепенно превращалась в придаток системы администрации, решая все больше второстепенные дела, разбирая жалобы с мест и отвечая на запросы из разных учреждений. Наиболее же важные вопросы царь и патриарх стремились решать самостоятельно, издавая указы от имени одного монарха, без одобрения думы.
В первые годы правления Михаила Земские соборы заседали почти беспрерывно: 1613–1615, 1616–1619, 1620–1622 гг. Это было вызвано необходимостью опереться на широкие слои населения при решении важнейших дел и сохранить наметившееся единство государства. Кроме того, в соборах правительство Романовых видело определенный противовес боярской аристократии и думе. Но по мере усиления царской власти соборы начинают собираться все реже и реже и только по наиболее важным поводам. Меняется и их характер. Если на соборе 1613 г. были представители практически всех сословий Московского государства, то последующие соборы в основном состояли из представителей местной администрации и московского дворянства. Кроме того, они всецело зависели от монарха, по инициативе которого собирались и на вопросы которого давали свой ответ.
Постепенно положение в стране нормализовалось. Выли распаханы запустевшие пашни, оживилась торговля, разрастались города, начала зарождаться промышленность. В 1636 г. голландский купец Андрей Виниус пустил первый вододействующий завод, изготавливающий металлургическую продукцию на продажу и по государственному заказу. Иностранцы получили больше возможностей торговать с Россией и основывать в стране свои предприятия. По инициативе патриарха Филарета в 1633 г. при Чудовом монастыре была открыта греко-латинская патриаршая школа. Начала медленно наполняться казна, но за счет постоянно растущих налогов и повинностей, возложенных на местное население.
Серьезной проблемой государства было создание боеспособной регулярной армии. Прежнее дворянское конное ополчение теряло свое былое значение. Не спасали положение и стрелецкие полки. А между тем заканчивался срок Деулинского перемирия, и Москве нужно было готовиться к войне за возврат потерянных в годы Смуты земель. В 1631–1632 гг. при участии приглашенного из Швеции полковника Александра Лесли были сформированы первые четыре полка «иноземного строя» — прообраз регулярной армии, — состоящие из иноземных наемников, а также шесть полков, где рядовой состав набирался из русских людей. В Швеции для этих полков было закуплено вооружение, включая огнестрельное — мушкеты. Офицерами в новых полках были иностранцы, поступившие на русскую службу.
К началу 30-х гг. русское правительство решило, что уже имеет достаточно сил для войны с Польшей. Однако Смоленская война 1632–1634 гг., начавшаяся успешным освобождением многих русских городов, обернулась поражением под Смоленском. Русское войско во главе с боярином Михаилом Борисовичем Шеиным осадило Смоленск, но само попало в окружение и капитулировало. Поляновский мир между Россией и Польшей 4 июня 1634 г. подтвердил условия Деулинского перемирия. Смоленск оставался польским, хотя новый польский король Владислав IV окончательно отказался от претензий на русский престол.
Полки иноземного строя оказались неподготовлены к ведению боевых действий, многие дворяне в период осады самовольно покинули русский лагерь, узнав о нападении крымских татар на южные окраины и спеша защитить свои земли. К концу войны из 30-тысячной армии у М. Б. Шеина оставалось едва ли 9 тысяч ратников. Тем не менее он добился почетных условий капитуляции: русское войско сохранило холодное и огнестрельное оружие, оставив неприятелю лишь артиллерию. В итоге боярин М. Б. Шеин был обвинен в измене и по приговору боярского суда казнен вместе с сыном.
Через три года после неудачной Смоленской войны Московское царство чуть было не вступило в конфликт с Османской империей. Летом 1637 г. донские казаки после трех недель осады взяли турецкую крепость Азов. Огромная турецкая армия не смогла выбить их оттуда и, потеряв в 24 приступах несколько десятков тысяч человек, со стыдом отступила.
