Венчание Михаила на царство состоялось 11 июля 1613 г. Перед венчанием Михаил по традиции устроил раздачу земельных и денежных пожалований, стольник Дмитрий Михайлович Пожарский получил чин боярина. При этом у некоторых воевод, служивших в Тушино у Лжедмитрия II, новые власти конфисковали владения и титулы, пожалованные «незаконными» государями. Во время коронации боярин князь Ф. И. Мстиславский осыпал Михаила золотыми монетами, боярин И. Н. Романов держал шапку Мономаха, боярин князь Д. Т. Трубецкой — скипетр, боярин князь Д. М. Пожарский — державу. За неимением патриарха венчал Михаила казанский митрополит Ефрем.
Характерно, что, вернувшись в Москву, Михаил нашел уже нормально функционирующий государственный аппарат. Приказы были воссозданы Мининым и Пожарским еще летом 1612 г. Боярскую думу по прежнему возглавлял князь Ф. И. Мстиславский. Важную роль в правительстве продолжал играть князь И. М. Воротынский. Дядя царя И. Н. Романов занимал третье место после Мстиславского и Воротынского, но Марфа относилась к нему очень настороженно, и его роль в управлении государством была крайне мала. За царя, получившего прозвище «тишайший», правили его мать и ее родня — Салтыковы. Михаил не обнаружил около себя способных и энергичных советников. Такая ситуация была характерна для первого периода в царствовании Михаила с 1613 по 1619 гг.
Многие русские публицисты видели в возведении на престол Михаила Романова окончание Смуты: «воцарился благочестивый царь Михаил и возродилось Московское государство… и с тех пор прекратились на Руси мятежи…». Но еще одной бедой оставались казачьи разбои. Как писал летописец, «и бысть во всей России мятеж велик и нестроение злейши перваго». Вообще у современников Михаила было весьма нелестное отношение к казакам. Но не только одни казаки творили грабежи и насилия, среди разбойников были люди всех сословий, не желавшие оставить ставшее для них уже привычным ремесло. И тем не менее русские публицисты подчеркивали, что именно казаки были «заводчиками» этому «воровству». Помимо казачьих отрядов под началом Воловни, Никанора Шульгина, действовали отряды и знаменитого «боярина» — атамана Ивана Заруцкого.
Поражают зверства, которые творили эти люди над своим же народом: «иных древием преломаш, стоящие древеса наклоняюще привязоваху, и тако ломаху; иных же огнем сожигаху; прочим же во уста насыпающе зелие сожигаху; женского же полу людем, сосцы прорезывая и верви вдевая, вешаху… и бысть повсюду стенание и плач». Летописцы писали, что от иноземцев они не испытывали таких мук, как от своих. Следствием этого и явилась отрицательная оценка казаков русскими современниками.
В противовес этому злу современники описывали методы, которыми правительство пыталось покончить с этими разбоями. Царь посылал к орудовавшим по всей территории Русского государства казацким отрядам послов с призывом «отстать от воровства». И многие, со слов летописцев, являлись в Москву просить царской милости. Но что характерно, авторы не верили в раскаяние казаков, считая их неискренними, так как и придя в Москву они продолжали «воровать». И только после этого правительство было вынуждено прибегнуть к крайним мерам. Были начаты открытые военные действия против казачьих отрядов, приведшие к их разгрому. Многие их предводители были повешены, остальных отправили в тюрьмы. Такое наказание современники считали заслуженным и своевременным: «и оттоль престаша казаки тако воровать», «и был уничтожен злой сорняк вражеских смут».
На юге продолжал действовать казачий атаман Иван Заруцкий. Ему удалось захватить Астрахань. Оттуда он начал рассылать грамоты от имени «царицы» Марины Мнишек и ее четырехлетнего сына «царевича» Ивана Дмитриевича. Против него был послан правительственный отряд под началом стрелецкого головы Василия Хохлова. Заруцкий, потеряв надежду удержаться в Астрахани, бежал на Яик. Но уже в окружении бывшего земского правителя зрела измена. После нескольких стычек казаки выдали властям Заруцкого вместе с Мариной. Михаил жестоко наказал своих врагов. Четырехлетний «воренок» Иван Дмитриевич был публично повешен, причем, по свидетельствам очевидцев, ребенок был настолько легок, что петля до конца не затянулась, и он умер лишь спустя несколько часов. Заруцкого посадили на кол. Марину заточили в Тулеек, где она и умерла от горя. По польским официальным данным — ее утопили, по неофициальным — удавили двумя подушками.
Между тем положение Российского государства было просто катастрофично. С разгромом Заруцкого казачье «воровство» не завершилось, бунты продолжались до 1619 г. Потрясения многолетней Смуты вконец разорили страну, особенно западные и северо-западные, когда-то густо населенные районы. Население бежало от постоянных войн, пашни были заброшены и успели уже зарасти лесом. Продолжались войны с Польшей и Швецией. Боеспособной армии не было, пограничные города опустели, в них почти не оставалось гарнизона. В 1615 г. шведы осадили Псков, но взять его не смогли.
