Свято-Троицкий Ионинский монастырь на Зверинецкой горе был основан преподобным Ионой как скит Выдубицкого монастыря. Рассказывают так: «Решившись построить на горе свою келью, Иона взял под свое духовное окормление двух монахов – Илариона и Гавриила. Иларион поставил куренек из хвороста, в котором и стал жить вместе с Гавриилом. А поздно вечером, после монастырских трудов и долгих молитв, присоединялся к ним и о. Иона, оставаясь на всю ночь. 1 (14) марта 1861 г., выйдя на крыльцо своей келии в монастыре, он увидел на горе сияние и пожар. В страхе о. Иона побежал спасать своих братьев. Но, подойдя, заметил, что пламя, охватившее братский куренек, не причиняло им никакого вреда. Келья стояла невредимой, а рядом в столпе огня он увидел Божию Матерь с сонмом святых».
Владычица коснулась головы подвижника и возвестила: «Моя благодать пребудет здесь во веки. Неотступно буду посещать место это, и многие тут спасутся. Многие придут в обитель эту, ты их всех приими, никого не презирая – все чада Божии». После этих слов Богородица отступила и стала невидимой, а на снегу остались следы Ее стоп.
А через год, 9 (22) марта 1862 г., всё повторилось точь-в-точь. В этот раз Матерь Божия сказала Ионе удивительное, что он – лишь «грабли, секира, избранное Господом орудие дивных и святых дел». Ученики нашли потрясенного старца утром сидящим в глубоком снегу. Он рассказал об увиденном, но просил хранить тайну. По устроении монастыря в 1910 г. на этом месте была поставлена церковь, разрушенная безбожниками в 1934 г., а в 1996 г. новыми насельниками был установлен памятный крест.
Народ тянулся к подвижнику Ионе, о котором расходилась слава. И киевляне, и стремившиеся сюда издалека искали случая получить совет и наставление у старца, стремились стать и быть его духовными чадами.
Подвиг старчества преподобного Ионы считают вершиной иноческого делания; подвижник воистину преподал XX веку спасительное учение о умном делании. А об исцеляющей силе молитв о. Ионы ходили легенды. И поскольку двери келии старца были всегда открыты, то немудрено, что ежегодно в монастырь, который народная молва уже называла «монастырем отца Ионы», приходило до полумиллиона паломников – со всей России.
Среди многочисленных духовных дочерей о. Ионы была и супруга тогдашнего киевского генерал-губернатора княгиня Е. Васильчикова, много жертвовавшая, содействовавшая и помогавшая старцу, особенно в построении Троицкой обители.
Отдельного внимания заслуживает примечательная история, когда княгиня Васильчикова, заручившись поддержкой московского митрополита Филарета, отбыла хлопотать о новой киевской Троицкой обители в Петербург. Говорят, что в некий роковой момент государь Александр II, устав от дворовых пререканий, интриг и противодействий киевской инициативе, отложил решение этого вопроса. И именно тогда, во время прогулки в Летнем саду, террорист Каракозов выстрелил в императора практически в упор. И – мимо! Случай потряс государя, увидавшего промысел Божий в связи событий: «Молитвы нового монастыря спасли меня от смерти, а Россию – от страшного потрясения». Монарх подписал поданное кн. Васильчиковой прошение об учреждении новой обители.
В 1871 г. было завершено строительство каменного Троицкого храма с двумя приделами. 28 ноября митрополит киевский Арсений освятил престол южного придела во имя иконы Божией Матери «Троеручица»: этот образ отец Иона особо чтил, хранил в келии, а со временем икона была помещена в Троицком храме за правым клиросом. Еще при жизни преподобного перед этой иконой по молитвам было совершено много чудес. 23 июля 1872 г. в Свято-Троицком храме был освящен главный престол во имя Живоначальной Троицы.
Многие дивились мудрой распорядительности и заботливости отца-настоятеля Ионы. Изобильно пошли пожертвования, монастырь укреплялся, процветал.
Преподобный был также назначен и настоятелем возрождавшегося древнего Свято-Преображенского Межигорского монастыря, с возведением в сан архимандрита.
В мае 1896 г. из Москвы прибыл в Троицкую киевскую обитель отлитый на колокольном заводе Самгина колокол в 1150 пудов, на то время самый большой в Киеве, и несколько «мелких», по 57 пудов, для чего была выстроена временная деревянная колокольня. На необычную современную колокольню Ионинской обители и сегодня обращает внимание всякий приходящий.
Последние два года свой жизни подвижник страдал неизлечимой тяжелой болезнью, от которой и слег после 1901 г. Несмотря на полный упадок физических сил, он почти до самой кончины принимал страждущих паломников.
