Озадаченная царица действовала осторожно, ведь у дворян были деньги и оружие, чтобы свергнуть ее, и в этой попытке они могли рассчитывать на поддержку духовенства, возмущенного потерей своих земель и крепостных. Она опасалась беспорядков, которые могли бы возникнуть в результате массового перемещения освобожденных крестьян в города, не готовые разместить, накормить или трудоустроить их. Она предприняла шаги по освобождению. Она возобновила указ Петра III, запрещавший покупать крепостных для работы на фабриках, и обязала работодателей платить своим работникам наличными и поддерживать условия труда, определяемые городскими или земскими чиновниками;60 Но даже в этом случае положение промышленных крепостных оставалось бессердечным и отупляющим рабством. Екатерина запретила крепостное право в основанных ею городах,61 и, уплатив небольшую пошлину, освободила крепостных на землях, полученных от церкви.62 Однако эти улучшения были перевешены неоднократными пожалованиями государственных земель мужчинам, которые хорошо служили ей в качестве генералов, государственных деятелей или любовников; таким образом, более 800 000 свободных крестьян стали крепостными. Доля крепостных в сельском населении выросла с 52,4 % в начале царствования до 55,5 % в его конце, а число крепостных увеличилось с 7 600 000 до 20 000 000 человек63.63 Своими «Милостивыми письмами к дворянству» (1785) Екатерина завершила капитуляцию дворян: она подтвердила их освобождение от налога на подати, телесных наказаний и военной службы, а также их право быть судимыми только своими пэрами, разрабатывать свои земли, владеть промышленными предприятиями и путешествовать за границу по своему усмотрению. Она запретила помещикам проявлять тиранию и жестокость, но отменила этот запрет, запретив крепостным присылать ей свои жалобы.
Заставленные молчать, крестьяне прибегали к бегству, восстаниям и убийствам. С 1760 по 1769 год тридцать помещиков были убиты своими крестьянами; с 1762 по 1773 год произошло сорок крестьянских восстаний.64 Они быстро подавлялись, пока не появился лидер повстанцев, который умел превратить недовольство в организацию, а крестьянское оружие — в победу. Емельян Пугачев был донским казаком, сражавшимся в русских рядах против пруссаков и турок. Он просил об увольнении, получил отказ, дезертировал, попал в плен, снова дезертировал и принял жизнь разбойника. В ноябре 1772 года, подстрекаемый недовольными монахами, он провозгласил себя Петром III, чудом выжившим после всех попыток убить его. Он привлекал к себе крестьян и разбойников, пока не почувствовал себя достаточно сильным, чтобы объявить открытое восстание против узурпаторши Екатерины (сентябрь 1773 года). Казаки Урала, Волги и Дона; тысячи людей, осужденных на принудительные работы в рудниках и медеплавильных заводах Урала; сотни старообрядцев, жаждавших свержения православной церкви; местные татарские, киргизские и башкирские племена, не простившие Елизавете принудительного обращения их в христианство; крепостные, бежавшие от своих хозяев, и заключенные, сбежавшие из тюрем: все они стекались под знамена Пугачева, пока под его началом не оказалось двадцать тысяч человек. Они с триумфом переходили из города в город, разбивали войска, посланные против них местными губернаторами, захватывали важные города, такие как Казань и Саратов; они призывали в армию припасы, убивали помещиков, заставляли неохотно присоединяться к ним крестьян и шли вверх по Волге к Москве. Пугачев объявил, что там он посадит на трон не себя, а великого князя Павла. Но — вероятно, с мрачным юмором — он назвал свою крестьянскую жену царицей, а своих главных лейтенантов — Екатеринами: Граф Орлов, Граф Панин, Граф Воронцов.
Екатерина сначала посмеивалась над «маркизом Пугачевым», но когда узнала, что восставшие взяли Казань, послала значительные силы под командованием генерала Петра Ивановича Панина для подавления мятежа. Дворяне, видя угрозу всему феодальному строю, пришли ей на помощь; вскоре к Панину присоединился генерал Александр Васильевич Суворов с конницей, освобожденной по миру с турками; повстанцы были приведены в беспорядок столкновением с дисциплинированными войсками императорских офицеров; они отступили с одной позиции на другую, истощили провиант и начали голодать. Некоторые из их предводителей, надеясь заработать на хлеб и помилование, взяли Пугачева в плен и передали его победителям. Его привезли в Москву в железной клетке, судили в Кремле, обезглавили, затем четвертовали, а голову выставили на столбе в четырех частях города, чтобы отвадить других. Пятеро из его капитанов были казнены, другие были повязаны по ту сторону смерти и отправлены в Сибирь. Одним из результатов восстания стало укрепление союза императрицы с дворянством.
