Успокаивать мятежников из дворца вышли наиболее видные бояре: князь М.А.Черкасский, князь В.В.Голицын, князь И,А,Хованский, П.В.Шереметев Большой, которые «выговаривали» стрельцам, «что они напрасно помутилися, и про царевича государя им во всем солгали». Бояре напомнили о том, что правительство удовлетворило все их жалобы на полковников, и утверждали, что «за прошлые годы заслуженное жалованье, деньги и хлеб, указано выдать». Спустился к восставшим и боярин А.С.Матвеев, который проникновенно говорил о прежних заслугах и верности стрельцов государям. Многие из служилых людей вняли уговорам бояр и обратились к Матвееву с просьбой о заступничестве перед царской семьей. С этой вестью боярин поднялся к царице Наталье Кирилловне.
Старания придворных добиться успокоения, почти увенчавшиеся успехом, были перечеркнуты опрометчивыми действиями князя М.Ю.Долгорукого. Боярин вышел к стрельцам и стал указывать им «жестокими словами, чтоб они тотчас назад шли в свои полки из Кремля». Надменный тон ненавистного начальника вновь взорвал толпу. Стрельцы устремились к крыльцу и сбросили Долгорукого на копья, а затем иссекли его тело на части. Следующей жертвой рассвирепевших мятежников стал боярин А.С.Матвеев. Спасти царедворца попытался князь М. А.Черкасский, который упал на Матвеева и закрыл его своим телом. Но мятежники, изодрав на Черкасском всю одежду, вытащили из-под князя свою жертву. В сумятице едва не был убит глава Конюшенного приказа окольничий И.Т.Кондырев, получивший несколько ранений копьями. За него заступились некоторые стрельцы и люди «конюшенного чину» и тем самым уберегли придворного от расправы, Схваченного Матвеева стрельцы выволокли на площадь перед Богоявленским собором и изрубили на части,
Царское семейство поспешило удалиться в Грановитую палату «с ужасом и плачем горьким», а придворные «начата бежати и хоро-нитися, кто камо возможе». Вслед за ними в узкие коридоры дворцовых покоев ворвались самые отчаянные стрельцы, Другие, «яко на приступ, вверх по лестницам идяху в царские чертоги», «Изменников» искали повсюду: под кроватями, в чуланах, за церковными алтарями… Попавшегося на встречу стольника Ф.П.Салтыкова восставшие приняли за Ивана Нарышкина и убили. Позднее, обнаружив свою ошибку, они отвезли его тело отцу, перед которым повинились. По традиции старый боярин П.М.Салтыков угостил пришедших вином и пивом. Место, где прятался истинный И.К.Нарышкин, стрельцы так и не обнаружили, но им удалось найти его брата Афанасия. На него указал дворцовый шут-карлик по прозвищу Хомяк. Брат царицы скрывался под престолом церкви Воскресения Христова на сенях, откуда его выволокли и забили до смерти. Затем бездыханное тело сбросили на площадь. В одной из печных труб мятежники обнаружили бывшего стрелецкого полковника — стольника А.С.До-хтурова, которого тут же иссекли бердышами. Его участь разделил и схваченный Г.И.Горюшкин. Однако большинства ненавистных бояр и думных людей восставшим во дворце сыскать так и не удалось.
Возможно, жертв в тот злосчастный день было бы и больше, если бы не уговоры членов царской семьи. Пока мятежники бесчинствовали во дворце, к ним не раз обращались «великие государи и благоверные государыни». Сама царевна Софья Алексеевна лично выходила на Красное крыльцо и «выговаривала» стрельцам: «Кто вам помути, яко и дому нашему царскому на разорение приидосте, еще чего от века не слыхано?». Ради прекращения кровопролития власти были готовы на любые обещания. По сообщению Розснбуша, «стрельцы требовали письменного царского обещания, что они [ «изменники»] будут казнены руками палача. Иначе когда бы то ни было стрельцы исполнят это сами. На все было изъявлено согласие, лишь бы только укротить бешеных!».
Пролив первую кровь, мятежники покинули дворец, но за его стенами бунт только усиливался. Группа стрельцов ворвалась в помещение Судного приказа, где «письма всяких дел передрали и обещалися уставить правду, а холопем боярским волю дати». Разоряя архив Холопьего стола, стрельцы пытались достичь двух целей, уничтожить кабальные записи на тех стрельцов, кто прежде был в холопах и «чтоб на них, служивых, з боярских дворов холопи не встали». Однако многие боярские люди были недовольны действиями восставших, а некоторые прямо говорили им: «Перестаньте более деяти злодеяния! Доколе нам молчать?», и даже грозили: «Лежать будет вашим головам на площади; до чего вы добунтуете? Русская земля велика: вам не овладеть». Видимо, с такими столкновениями связана разрядная запись о том, что 15 мая в Кремле мятежники «стреляли из ружья и побили боярских людей и лошадей многих, а иных переранили».
