Софья и ее окружение снисходительно относились к «потехам» младшего царя, видя в них обыкновенные чудачества, свойственные юному возрасту. Да и сама царица Наталья Кирилловна находила увлечения Петра пустыми забавами, мешавшими сыну приобщаться к государственным делам, Напротив, регентшу такое положение дел вполне устраивало, Отсутствие сводного брата на кремлевских церемониях позволяло ей без помех упиваться своей властью. С 1686 г. во всех государственных актах, содержавших царский титул, стало обязательным упоминание имени «великой государыни благородной царевны и великой княжны Софии Алексеевны всеа Великия и Малыя и Белыя Росии самодержцы». Это нововведение царица Наталья Кирилловна восприняла как оскорбление и прямо заявила теткам правительницы: «Для чего она стала писаться с великими государями вместе? У нас люди есть и того дела не покинут». В борьбе с влиянием ненавистной падчерицы царица рассчитывала на поддержку своих верных сторонников — видных деятелей Боярской думы: князей М.А.Черкасского, М.И.Лыкова, И.Б.Троекурова, кравчего князя Б. А,Голицына. Значительный политический вес имели и люди из их окружения, многие из которых не только занимали влиятельные посты в приказной администрации, но и имели думные чины. Дополнительную уверенность в своих силах придавало матери Петра возвращение из ссылки ее брат ьев.
Резкое обострение придворной борьбы произошло в начале 1687 г., когда князь В.В.Голицын во главе русского войска убыл в первый Крымский поход. Стан сторонников государыни-царевны всколыхнуло подметное письмо, обнаруженное в великий пост в церкви Казанской Богородицы на Красной площади. В нем содержались оскорбления в адрес правительницы и прямые угрозы ее приближенным. На заседаниях Думы глава Судного Московского приказа князь МАЧеркасский открыто «поносил» дела «голанта» Софьи. В отсутствие В.В.Голицына партии Нарышкиных удалось добиться решения об обязательных докладах князя царю Петру Алексеевичу о важнейших государственных делах. Старший из дядьев «второго» царя ЛК.Нарышкин открыто демонстрировал свое неуважение к правительнице и «к ним государям никогд а не являлся, и к руке не хаживал».
Вернувшийся из похода князь В.В.Голицын не скрывал своего неудовольствия усилением враждебной группировки. В беседе с начальником Стрелецкого приказа ФЛ.Шакловитым он сетовал: «Для чего де ее великую государыню [Наталью Кирилловну] и в девяностом году [1682] не убили, есть ли бы ее в то время уходили, ничего бы не было». Сама Софья реагировала на угрозу своей власти еще более решительно и выступала за самые радикальные меры. Среди ее ближних людей обсуждение планов устранения Нарышкиных стало одной из центральных тем закулисных переговоров. Через Шакло-витого царевна рассчитывала привлечь на свою сторону стрелецкий гарнизон столицы и руками «служивых» расправиться с противниками. В доверительных беседах с давним клевретом Милославских — командиром Стремянного приказа И.Е.Цыклером Софья, не таясь, призывала учинить убийство над ее младшим братом, но согласия так и не получила. В августе 1687 г. правительница поручила Шакловитому проведать среди стрельцов: если она пожелает венчаться царским венцом, «что от них в том будет, какая отповедь?».
Начальник Стрелецкого приказа собрал на своем загородном дворе группу пятисотенных и пятидесятников, которым предложил подать государям от имени всех стрельцов челобитную с просьбой о венчании Софьи Алексеевны на царство. Стрелецкие начальные люди колебались и говорили о своем неумении писать челобитную. Шакловитый заверил их, что прошение будет написано, и главное добиться его принятия. Стрельцы сомневались: «Послушает ли нас Петр Алексеевич?», на что Шакловитый предложил взять под стражу Л.К.Нарышкина и князя Б.А.Голицына и тем самым вынудить «второго» царя дать согласие. На вопрос стрельцов о возможном противодействии патриарха и бояр начальник Стрелецкого приказа сказал: «Патриарха можно переменить, а бояре — отпадшее, зяблое древо; разве постоит до поры до времени один князь Василий Васильевич Голицын». Так и не придя к окончательному решению, стрельцы, получив по 5 рублей, разошлись по своим слободам.
Через три дня представители полков вновь явились в дом Шакло-витого и сказали, «что они тому делу рады помогать и готовы, чтоб им написать челобитную». Однако Софья так и не решилась реализовать свой план, «чтоб не было братьям ее государским, великим государем, во гнев и в безчестье». Не последнюю роль в принятии такого решения сыграло холодное безразличие столичного гарнизона к разгоравшейся придворной борьбе. И все же сторонники регентши не оставляли своих усилий и предприняли меры для того, чтобы раскачать московских стрельцов, дабы были они «радетельны и верны» государыне-царевне и царю Ивану Алексеевичу. Шакловитый продолжил тайные беседы с наиболее верными стрельцами, коих набралось около десятка человек, готовых «уходить старую царицу, медведицу» и ее ближних людей.
