Когда Пилат, обладавший не только гражданскими, но и военными полномочиями, повел воинов на зимнюю стоянку в Иерусалим, он решил, как пишет Иосиф Флавий, «для надругательства над иудейскими обычаями внести в город изображения императора на древках знамен». Иудейский Закон запрещает любые изображения людей, и правоверные иудеи толпой отправились в резиденцию прокуратора в городе Кесарии и умоляли его убрать изображения, но Пилат долго не соглашался, окружил просителей воинами и грозил перерубить их всех. Но иудеи легли на землю, обнажили шеи и объявили, что готовы скорее умереть, чем допустить нарушение Закона. Тогда Пилат приказал вернуть изображения в Кесарию. Еще один конфликт произошел из-за строительства водопровода. Пилат, как практичный римлянин, желая благоустроить Иерусалим, начал работы по проведению водопровода, который питался ключами недалеко от города. На строительство он употребил деньги храма. Но религиозные жители Иерусалима воспротивились даже этой полезной работе, они собирались толпами и тебовали, чтобы строительство было прекращено. При этом они поносили Пилата. Тогда прокуратор распорядился переодеть воинов, спрятать под платьем дубинки, и окружить толпу. А иудеем было приказано разойтись. Когда толпа не выполнила приказа, воины выхватили дубинки и начали избивать иудеев: по словам Флавия, как и шумевших мятежников, так и невинных людей. Многие были убиты и ранены. В этом эпизоде можно увидеть полное непонимание между римлянами и иудеями: даже когда власти хотели сделать что-либо полезное, они наталкивались на сопротивление правоверных иудеев, чей образ мыслей и социальная психология были совсем непохожими на римский менталитет.
Против римлян выступили и жители Самарии. Некий человек, выдававший себя, по-видимому, за пророка, повел людей на гору Гаризим, считавшуюся священной, и обещал показать, где зарыты священные сосуды Моисея. К нему примкнуло большое количество людей. Тогда Пилат послал отряды всадников и пехоты, которые перебили и взяли в плен большую часть собравшихся на горе. Самых влиятельных из пленников Пилат приказал казнить. Жестокие расправы вызвали потоки жалоб к наместнику Сирии и императору. Пилат был десять лет прокуратором Иудеи, но затем по многочисленным жалобам был отстранен императором от власти. До нас дошла выбитая по его приказанию надпись на латинском языке из Кесарии, в которой говорится, что Понтий Пилат, префект, построил для кесарийцев Тибериум, т.е. святилище императора Тиберия.
В этой надписи Пилат назвал не свою гражданскую должность прокуратора, а военную — префекта, которую, по-видимому, считал более важной.
В христианских источниках Пилат действует в связи с судом над Иисусом. В канонических Евангелиях после ареста и допроса в синедрионе первосвященники приводят Иисуса к Пилату с требованием осудить его на смерть (что было прерогативой римских властей). Позиция Пилата, описанная в Новом Завете, кажется нарочито смягченной: Пилат допрашивает Иисуса, но тот, согласно первым трем евангелиям, не отвечает ничего, за исключением вопроса Пилата: «Ты царь Иудейский?» Иисус отвечает — «Ты говоришь»221. Только в Евангелии от Иоанна приводится диалог Пилата и Иисуса. Иисус говорит прокуратору, что Царство Его не от мира сего.
Пилат выходит из своей резиденции и убеждает иудеев, что он не видит никакой вины за Иисусом. В Евангелии от Матфея дополнительно рассказывается, что жена Пилата посылает к нему с просьбой: «Не делай ничего Праведнику Тому, потому что ныне я во сне много пострадала за Него» (27:19). В рассказ, помимо представителей иудейской верхушки, введена толпа иудеев, которые кричат: «Распни Его!» Распятие было римской позорной казнью, которой подвергались рабы, разбойники и мятежники. Пилат в описании канонических Евангелий достаточно пассивен и нейтрален, он даже пытается освободить Иисуса по случаю праздника иудейской Пасхи, но толпа, настроенная первосвященниками и старейшинами, требует освобождения некоего Варравы, который, как сказано в Евангелии от Марка, во время мятежа совершил убийство (15:7). После настойчивых криков толпы Пилат отпустил Варраву; но перед этим он на глазах у толпы умывает руки и говорит, что он невиновен в крови Праведника Сего (Матфей 27:24). Сразу после этого эпизода в Евангелие от Матфея вставлена фраза: «И отвечая, весь народ сказал: кровь Его на нас и на детях наших». Фраза эта представляется поздней вставкой, весь народ не мог собраться перед преторием — резиденцией Пилата (римская охрана не допустила бы такого сборища), да еще при этом брать вину на потомков. Эта фраза противоречит предшествующему описанию въезда Иисуса в Иерусалим, когда жители города приветствовали его как мессию, провозглашая: «Осанна сыну Давидову! Благословен Грядущий во имя Господне! Осанна в вышних!» (Матфей 21:9).