Главное для него было, как всегда, подготовка войск. Прежде всего следовало подтянуть дисциплину, заметно упавшую за время наместничества Потемкина и особенно после его смерти. Так, Суворов заметил, что солдаты Ряжского пехотного полка в Херсоне совсем не знают службы, а время проводят, торгуя рыбой и мелочевкой. На несколько недель он занялся ими. Александр Васильевич раздал в роты свои военные наставления (по-видимому, это была «Наука побеждать», скорее всего уже законченная в то время) с требованием, чтобы солдаты заучили их наизусть, и целыми днями гонял их на учение и занимался их внешним видом и строевой выучкой. Преимущественное внимание придавалось ночным тревогам и штурмам. За это время Суворов никого не наказал и даже не выбранил. Результатом было отличное состояние полка и всеобщая любовь солдат к командующему.
Подобным же образом ему удалось пресечь дезертирство и грабительство на турецкой стороне. При этом, правда, не обошлось без наказаний, но они были чрезвычайно мягкими: мародеры получали не больше 15 палок.
В Херсоне продолжалась и война с госпиталями и интендантами за здоровье солдат. Суворов нашел состояние госпиталей никуда не годным: «Строения сыры и куча больных». В городе насчитывалось 500 праздно шатающихся солдат-инвалидов, до сих пор не отправленных в отставку. Смертность только в полковых лазаретах (не считая госпиталей) составляла 1–4 человека в день. Особенно много больных — до 100 человек в полку — было в казачьих войсках, что, как говорилось в приказе Суворова, «совсем по их званию не соразмерно». Всего из 77 341 человек, поступивших под его начало, он застал здоровыми 51 484.
Александр Васильевич корень зла видел в небрежении, а то и в прямых злоупотреблениях полковых и ротных командиров. Он передавал свой разговор с одним из ординарцев: «Зыбин, что вы бежите в роту, разве у меня вам худо, — скажите по совести?» — «Мне там на прожиток в год 1000 рублей». — «Откуда?» — «От мертвых солдат». Суворов так и указывал в рапортах, что из-за невнимания к здоровью подчиненных со стороны полковых и ротных командиров умерло там-то столько-то. В этом он был не совсем прав: треть офицеров сами лежали больными.
На этот раз Суворов поостерегся закрывать госпиталя, ограничившись гигиеническими мерами. Правда, они мало помогали, и у Александра Васильевича порой опускались руки: «Жары продолжаются; надо терпеть еще неделю или две: Вышнего воля». С другой стороны, только его усилия еще как-то спасали положение; ординарец Суворова писал про его заботы Хвостову: «Сие самое спасает здесь человечество; посудите, что было бы без того».
Вскоре Суворов обнаружил еще одну причину болезней — недоброкачественный провиант: «Тайная причина [смертности] не жар, а… гнилого провианта позднее действие…» Он подал рапорт в Военную коллегию; дело дошло до Екатерины II, которая в сердцах прислала записку: «Белецкого и Полоцкого полков полковников… провиант кто подрядил, кто в смотрении имел, провиантского штаба провиантмейстера или комиссионера прикажите судить… и на каторгу сошлите тех, кои у меня морят солдат, заслуженных и в стольких войнах храбро служивших. Нет казни, которой те канальи достойны». Состоялся осмотр провиантских магазинов, но неизвестно, чем закончилось следствие. Кажется, у провинившихся нашлись влиятельные защитники; Суворов писал Екатерине II: «Кого бы я на себя не подвиг, мне солдат дороже себя; лучше его я имею способы к самоблюдению».
1793 год возродил в Суворове надежды на войну с французами. Казнь Людовика XVI повергла в ужас все дворы Европы; Екатерина II несколько дней не могла прийти в себя. Войну Французской республике объявили Англия и Голландия, что значительно увеличило материальные и финансовые ресурсы коалиции. Австрийцы провели успешное наступление, Кобург занял Валансьен. Суворов послал боевому товарищу поздравительное письмо. Кобург в ответ писал, что Валансьен сдался после штурма внешних укреплений «на манер храбрых русских»; называл Суворова «профессором, вспомнившим своего ученика» и извещал, что поход на Париж придется на время отложить, главным образом потому, «что херсонский губернатор не с нами». Эти, вполне искренние, комплименты только растравляли душу Суворову.
Успехи союзников оказались временными. Нечеловеческая энергия Дантона и «организатора побед» Карно спасла республику. На границах Франции, словно из-под земли, выросла полумиллионная армия. Австрийцы и пруссаки вынуждены были отойти на зимние квартиры, а в 1794 году другой старый знакомый Суворова, генерал Дюмурье, занял Голландию, ставшую Батавской республикой.