Трех священников в Херсоне распяли на крестах, в Юрьеве семнадцать священников, предварительно переодев их в женскую одежду и отрезав носы и уши, зарубили топорами, в Богодухове у монахинь отрезали груди, столкнули в могилу, сверху столкнули старика-монаха и под крики о «монашеской свадьбе» живых засыпали землей.
В страшной опасности находилась в те безумные дни и тихая Зосимова пустынь. Ее в любой момент могли ограбить, поджечь, закрыть, ликвидировать; над монашествующими - сотворить какие угодно издевательства. И лишь по молитвам старцев, игумена Германа и отца Алексия, маленький монастырь продолжал существовать. После суетных, нервных и тяжелых московских дней старец вновь вернулся в затвор, навещать его разрешалось лишь с личного дозволения Патриарха. В июле 1919 года это право было передано наместнику Троице-Сергиевой лавры архимандриту Крониду. Монах Симон так писал об этом: «Он, о. Кронид, ставит вопрос так: или принимать всех, и тогда затвор побоку, или оставаться в затворе и не принимать никого, кроме братии. Старец выбрал последнее. Таким образом, мирские не имеют более доступа к о. Алексию». Такое изменение было в том числе связано с тем, что 28 февраля 1919 года отец Алексий принял постриг в Великую схиму без перемены имени. А конец года принес печальную новость - 22 октября от сыпного тифа скончался сын старца, Михаил Федорович.
Во время Гражданской войны гонения на религию в Советской России не то чтобы ослабли, а отошли на задний план - они не входили в перечень первоочередных задач, стоявших перед новым государством и его правителями. Но начиная с 1920-х борьба с «церковниками» развернулась снова. Теперь власть сделала ставку на «обновленцев» -представителей Церкви, предлагавших провести в ней широкие либеральные реформы. Фактически это был расчетливый проект по взрыву Церкви изнутри, руками ее же людей. В какой-то момент это сработало - в конце 1922 года в руки обновленцев перешли 80 процентов православных храмов России. Обновленцы обнаглели до такой степени, что провели в храме Христа Спасителя собственный «собор», на котором «низложили» Патриарха Тихона. Одновременно они повели ожесточенную борьбу с монастырями.
Зосимова пустынь пала как раз жертвой обновленческой реформы. Еще в 1920-м она была преобразована в сельскохозяйственную трудовую артель, но общий уклад жизни оставался при этом неизменным. Теперь же последовал четкий приказ - пустынь закрыть... Своего рода прощанием со старой Зосимовой пустынью стали похороны почившего 17 января 1923 года игумена Германа (Гомзина). К счастью для него, он не увидел разгрома и ликвидации обители, на создание которой положил жизнь. На похоронах отец Алексий с любовью молился об упокоении души своего духовника и друга, некогда встретившего его в монастыре.
6 мая 1923 года Зосимова пустынь была закрыта. У насельников изъяли личные вещи и выселили - кого куда. С дорогих отцу Алексию икон сняли серебряные ризы, не разрешили ему забрать книги из собранной им библиотеки. Что испытывал в тот день старец, одному ему ведомо. Овдовевшая дочь звала его в Москву, в дом в Докучаевом переулке, но он, 77-летний и больной, видимо, не желал становиться обузой для бедствующих родных, да и обстановка большого города после стольких лет, проведенных в монастыре, была для него мучительной. В итоге его позвала к себе его духовная дочь Вера Тимофеевна Верховцева (1862-1940), которая как раз переезжала из Сергиева Посада в Саров. Освобождался ее дом - маленький, деревянный, двухкомнатный, по адресу улица Пионерская, 9 (до наших дней не сохранился). Туда и перебрался старец вместе со своим преданным келейником отцом Макарием (Моржовым). Это было вечером 8 мая.
Средства на жизнь батюшки собирали соборно - его духовные чада давали кто сколько может. Отец Алексий глубоко ценил эту заботу и, если ему что-нибудь привозили, кланялся со словами:
- Я ведь теперь нищий, живу подаянием, меня добрые люди кормят, а сам я уже не могу работать.
До 1925 года старец еще мог ходить по домику, затем сидел в кресле или полулежал; с 1927-го он только лежал, с трудом приподнимал голову и шевелил пальцами правой руки. Несмотря на тяжелое состояние, он старался вычитывать все дневные службы, клал земные поклоны, а когда не смог этого делать, сокрушался: «Какой же я монах, если не исполняю монашеских правил!..» За всё смиренно благодарил келейника, который с любовью нес свое послушание. Когда к нему приехал однажды Святейший Патриарх Тихон, отец Алексий страшно смущался того, что принимает его полулежа, и все время пробовал спустить не повинующиеся ему ноги с постели на пол, но Патриарх каждый раз укладывал их обратно.
Когда в Церкви начались разногласия по поводу так называемой «декларации митрополита Сергия» -документа, призывающего верующих считать СССР своей родиной и делить с ней все радости и горести, - старец определенно высказал свое мнение:
