В 60-е гг. Евфимий Турков был уже уставщиком монастыря, в обязанности которого входило наблюдение за правильностью церковных служб, пополнение синодиков, а в 1571—1572 гг. он был назначен монастырским казначеем. После возведения игумена Леонида Протасьева в епископы Рязанские братия монастыря и царь Иван Грозный просили Евфимия занять место настоятеля, но он отказался, сославшись на «худой разум» и «недостоинство». Игуменом Иосифо-Волоколамского монастыря был поставлен Тихон Хворостинин, управлявший обителью с 1573 по 1575 г., когда он стал архиепископом Казанским. В Духовной грамоте Евфимий Турков пишет, что согласился стать настоятелем монастыря, чтобы «не преслушати царьскаго повелениа», и был поставлен на игуменство 26 июля 1575 г. митрополитом Антонием.
Евфимий Турков оказался дальновидным и предприимчивым руководителем монастыря, много сделавшим для приумножения экономического могущества и роста духовного авторитета обители. Во время игуменства Евфимия царь Иван Грозный неоднократно посещал монастырь (в сентябре 1575 г., феврале и июле 1576 г., мае и декабре 1579 г., июле и сентябре 1581 г.) и пожертвовал ему более 8 тысяч рублей. В составленном Евфимием Турковым Обиходнике описывается церемониал приема и распорядок пребывания царя в монастыре. Во время опричнины монастырь использовался как место заключения и ссылки неугодных правительству лиц, в частности, там содержался соратник Сильвестра протопоп Симеон. Богатые вклады в монастырь делали царь Федор Иванович и Борис Федорович Годунов. В 1587 г. Евфимия Туркова на посту игумена Иосифо-Волоколамского монастыря сменил Варлаам Белковский, но он не справился с обязанностями, и Евфимию пришлось вернуться на игуменство и управлять монастырем последние пять месяцев жизни.
Будучи игуменом монастыря и книжным человеком, Евфимий делал все, чтобы сохранить и упрочить литературные традиции иосифлянской школы. Он собирал и переписывал книги, выступал в роли редактора и справщика, следил за составлением сборников своих учеников, писал предисловия к книгам (см. подробнее: Дмитриева Р. П. Волоколамские четьи сборники XVI в. // ТОДРЛ. Л., 1974. Т. 28. С. 212—215).
После смерти новгородского архиепископа Феодосия (1563) Евфимий, следуя развитому в монастыре обычаю почитания наставника, написал его житие, которое, по словам В. О. Ключевского, представляет собой «исполненный задушевной скорби рассказ о последних днях учителя» (см.: Ключевский В. О. Древнерусские жития святых как исторический источник. М., 1871. С. 296—297). В 1569 г. скончался «духовный брат» Евфимия Феодосии Плещеев, которому он посвятил краткое житие-некролог. После установления в 1579 г. местного празднования памяти Иосифа Волоцкого, приуроченного к столетию основания монастыря, Евфимий Турков переработал Житие святого, составленное Саввой Крутицким, и, по предположению А. А. Зимина, создал свою, особую редакцию этого памятника (см.: Зимин А. А. Рукописи Евфимия Туркова и письмо Марины Турковой // Лингвистическое источниковедение. М., 1963. С. 136—139). В один из сборников Евфимия входит текст Надгробного слова Иосифу Волоцкому со следами его редакторской правки и указанием на автора этого сочинения — Досифея Топоркова.
В литературном отношении наибольший интерес представляют произведения Евфимия Туркова, написанные в 60—80-е годы XVI в. и включенные в составленный им Канонник. Это Духовная грамота и Исповедь, Канон на исход души, Канон за друга умершего, а также краткие некроложные заметки о волоцких монахах, современниках Евфимия.
Подготовленные к публикации Духовная грамота и Исповедь Евфимия Туркова принадлежат к жанрам древнерусской литературы, особо популярным в XIV—XVI вв. Духовными грамотами назывались на Руси завещания князей и иерархов Церкви, а также частных лиц. В отличие от светских завещаний, где в центре находились вопросы имущественного порядка, духовные грамоты иерархов Церкви создавались как произведения религиозно-нравственного, назидательного характера, завещания игуменов часто приближались в жанровом отношении к монастырским уставам.
Духовная грамота и Исповедь Евфимия Туркова занимают особое место среди произведений писателей-иосифлян. Во-первых, потому что здесь нет стремления автора к строгой регламентации жизни монахов. Хотя автор, уничижая свой талант, называет созданное им «грубыми стихами», перед нами образец высокой церковной поэзии, произведение ритмической прозы, сотканное из проникновенных лирических пассажей, реминисценций из книг Священного Писания (в основном, Псалтири и Евангелия), творений отцов Церкви и знаменитых христианских проповедников на традиционные для иосифлянской литературы темы покаяния, исхода души и Страшного Суда.
