Батько дал довольно двусмысленный ответ: „Честь и достоинство революционера заставляют нас оставаться верными революции и народу, и распри Григорьева с большевиками из-за власти не могут заставить нас оставить фронт“. После того как направленные Махно в район григорьевского мятежа представители были перехвачены властями, окончательное определение махновцами своего отношения к Григорьеву затянулось до конца мая. В своём воззвании „Кто такой Григорьев?“ Махно подверг сокрушительной критике „Универсал“ мятежников: „Братья! Разве вы не слышите в этих словах мрачного призыва к еврейскому погрому?! Разве вы не чувствуете стремления атамана Григорьева порвать живую братскую связь революционной Украины с революционной Россией?“. При этом Махно возложил ответственность за случившееся на действия большевистских властей: „Мы должны сказать, что причины, создавшие всё движение Григорьева, заключаются не в самом Григорьеве. <…> Всякое сопротивление, протест и даже самостоятельное начинание душились чрезвычайными комиссиями. <…> Это создало в массах озлобление, протест и враждебное настроение к существующему порядку. Этим воспользовался Григорьев в своей авантюре. <…> Требуем к ответу коммунистическую партию за Григорьевское движение“.
Однако уже 25 мая Совет обороны Украины по указанию Ленина и Троцкого принял решение „ликвидировать махновщину в сжатые сроки“. Приказом от 4 июня 1919 года Украинский фронт и Украинская советская армия были расформированы, причём 2-я Украинская армия была преобразована в 14-ю армию РККА и оставлена в составе Южного фронта. 7 июня 14-ю армию возглавил К. Е. Ворошилов.
6 июня председатель РВСР Л. Д. Троцкий издал приказ, в котором объявил начальника 7-й Украинской советской дивизии Н. И. Махно вне закона „за развал фронта и неподчинение командованию“.
Его начальник штаба и семь командиров были расстреляны. Махно с наиболее преданными сторонниками скрылся, в то время как большинство махновцев продолжили бои с белыми войсками в составе 14-й армии.
После поражения григорьевского восстания атаман Григорьев с остатками своих отрядов встретился с махновцами в селе Камышоватое Елисаветградского уезда, рассчитывая на поддержку Махно. В ходе переговоров Махно настоял на объединении отрядов. Григорьев стал командующим объединёнными вооружёнными силами, а Махно — председателем революционного совета. Григорьев, таким образом, вошёл в подчинение Махно. Был создан новый штаб „партизанско-повстанческой армии“, в который вошли преимущественно махновцы.
Летом 1919 года повстанческая бригада, развёрнутая в стрелковую дивизию РККА, была разгромлена деникинцами, после чего остатки повстанцев отошли в Херсонскую губернию.
В середине сентября 1919 года подразделения повстанческой армии, насчитывающие до 20000 бойцов и большой обоз с ранеными, были вытеснены под Умань, где столкнулись с подразделениями Армии Украинской Народной Республики. Так как обе стороны не проявили враждебности друг к другу, было принято решение приступить к переговорам о начале военного сотрудничества. 20 сентября в штабе армии УНР в Жмеринке по итогам переговоров было подписано соглашение о сотрудничестве, по которому:
• стороны обязались совместно бороться против белогвардейцев;
• армия УНР передавала РПАУ 125000 патронов бесплатно и ещё 575000 патронов за 50000 карбованцев;
• для отдыха и реорганизации РПАУ ей предоставлялась территория в районе села Текуча (южнее Умани);
• РПАУ передавала в военные госпитали УНР более 3000 своих раненых и больных бойцов.
21 сентября Махно приказал своим подразделениям перегрупироваться так, чтобы быть готовыми к совместным с УНР боевым действиям против белогвардейцев. Однако уже к 25 сентября повстанческие части фактически попали в окружение в районе Ольшанка — Островец — Роговая и потеряли связь с войсками УНР. Через несколько дней активных боёв махновцы прорвали окружение под Перегоновкой и начали пробиваться на Екатеринославщину.
По данным начальника штаба Махно Виктора Белаша, армия Махно осенью 1919 года, находясь в тылу Вооружённых сил Юга России, состояла из четырёх корпусов. 1-й Донецкий имел 15500 штыков, 3650 сабель, 16 орудий и 144 пулемёта; 2-й Азовский — 21 000 штыков, 385 сабель, 16 орудий и 176 пулемётов; 3-й Екатеринославский — 29 000 штыков, 5 100 сабель, 34 орудия и 266 пулемётов; 4-й Крымский — 17 500 штыков, 7500 сабель, 18 орудий и 154 пулемёта. В резерве штаба армии находились: пулемётный полк (700 пулемётов), бригада кавалерии (3000 сабель), обозные войска, трудовые полки, комендантские роты и эскадроны общей численностью 20 000 человек. Всего армия имела 103 тыс. штыков, 20 тыс. сабель, 1435 пулемётов, 84 орудия. Махновские формирования состояли из пехотных и конных полков, большинство из частей были сформированы в соответствии с красноармейскими штатами и реорганизации не подвергались. Новые полки создавались по их образцу.
