Градоначальник Кишинёва Карл Шмидт, потрясённый случившимся, явился в Еврейскую больницу, чтобы выразить сочувствие пострадавшим, оказал материальную помощь (в одесской пекарне заказал хлеб для больницы, отдал ей весь личный запас дров). В Еврейской больнице ему были рады, главный врач Моисей Слуцкий обнял его как брата. В своей книге «В скорбные дни. Кишинёвский погром 1903 года» (Кишинёв. Типография М. Авербуха, 1930) он пишет: «С прекращением погрома в городе наступило сравнительное спокойствие. Но не то было в больнице. Полиция подбирала всех убитых, валявшихся на улицах, во дворах и разгромленных домах, и доставляла их в больницу, а обитатели этих домов, особенно на окраинах, разбежавшиеся по всему городу и возвратившиеся после окончания погрома в свои жилища, находили там тяжело раненных, которые в разгар погрома не могли быть доставлены в больницу, и направляли туда же. И весь медицинский персонал и прислуга больницы продолжали без перерыва работу… Многие в изнеможении падали с ног и засыпали, где попало…»
Погром надломил силы Карла Шмидта. Атмосфера в городской Думе сгустилась. Новый гласный (выборный заседатель с правом голоса) Крушеван обличал и Думу, и Управу и особенно Шмидта в бесхозяйственности и злоупотреблениях. Будучи человеком чести, Карл Шмидт не стал терпеть незаслуженных оскорблений и, не закончив своих полномочий на посту городского головы, 14 сентября 1903 года подал в отставку. И Дума вынесла позорное решение: отставку приняла.
Судебный процесс по делу о погроме (начался в ноябре 1903-го и тянулся более года) вёлся в Особом присутствии Одесской Палаты, он был по распоряжению министра внутренних дел Плеве закрытым и в прессе не освещался. Редакции газет, нарушившие запрет, были строго предупреждены. Несмотря на принятые правительством меры, в прессе появились правдивые сообщения о погроме. По рукам ходило послание Льва Толстого, в котором он выражал ужас перед случившимся и заявлял, что виновником «Кишинёвского преступления» были «правительство и его духовенство». Особенно сильное впечатление произвела статья В.Д.Набокова (сына бывшего министра юстиции) «Кишинёвская кровавая баня», напечатанная в «Праве». Отец будущего писателя за неё был лишён звания камер-юнкера, но это его не отрезвило, и во время слушания дела Бейлиса он поехал в Киев, и его блестящие отчёты о ходе процесса постоянно печатались в «Речи». Многие полагали, что погром был санкционирован как средство борьбы с участием евреев в революционном движении, ведь даже сионизм был объявлен в 1903 году министром Плеве «противоправительственным движением».
Отец Иоанн Кронштадтский, причисленный ныне к лику святых, поначалу резко осудил погромщиков, осквернивших праздник христовой Пасхи («Слово о кишинёвских событиях»), но уже в письме «христианам Кишинёва» от 23 мая 1903 года он публично извинился за «Слово…». Доктор Слуцкий в своей книге пишет, что престарелого протоиерея посетил кишинёвский подрядчик Пронин и убедил старика в том, что «в погроме виноваты сами евреи». О том же трубила и официальная печать. Как тут не поверить! Тем более что спустя три года о. Иоанн благословил «Союз русского народа» и вступил в него. Кишинёвское отделение этой организации возглавил тот же Пронин.
Следствие велось так, чтобы замести все следы предварительной организации погрома. Суду в 1903 году были преданы только наёмные убийцы или добровольцы разбоя из простонародья – всего 400 человек. Во время судебных прений гражданским истцам из лучших представителей адвокатуры удалось доказать, что на скамье подсудимых сидят пешки, слепые орудия преступления, а подстрекатели и организаторы не привлечены к суду. Крушеван в это время находился в Петербурге, где на него было совершено покушение. И хотя он отделался лёгким испугом, в глазах юдофобов он стал настоящим героем. Пронина допрашивали, он вертелся как на угольях, показания давал лживые. Суда избежал, во всём обвинив евреев. Якобы они были вооружены и этим возбудили гнев толпы.
Адвокат Карабчиевский доказывал иное: «Весь Кишинёв был превращён во время эксцессов в громадный цирк древности, где пред глазами любопытных зрителей из администрации и армии, перед празднично одетою толпой, сгонялись на арену с одной стороны безоружные жертвы, а с другой на них напускались разъярённые звери, пока не последовал сигнал: конец! – и ужасающее зрелище сразу прекратилось». Сигнал последовал из Петербурга на третий день. И сразу всё стихло.
