Анархисты решительно разделились на сторонников и противников Советской власти еще в период заключения Брестского мира. Одни из них, признав необходимость мер, принимаемых большевиками для спасения революции, пошли по пути сотрудничества. Другие — готовились к борьбе, создавая отряды «черной гвардии». В прифронтовых городах Курске, Воронеже, Екатеринославле анархисты выступили с оружием в руках. В Москве участились налеты на богатые особняки. Весной 1918 года большевики провели крупные операции в Москве, Петрограде, Воронеже, Вологде, Самаре, Саратове, Смоленске, Тамбове и других городах по разоружению анархистов. Тем самым Советское правительство показало, что может говорить силой с представителями как правого, так и левого крыла анархистского фронта.
Осенью 1918 года логика классовой борьбы поставила анархистов перед дилеммой: принять большевистские реформы государственного строительства или встать на путь вооруженного сопротивления. Разгромив основные силы московского подполья, ВЦИК в 1919–1920 годах ликвидировал оставшиеся в других городах группы анархистов. Однако среди анархистов были руководители, которые с пониманием относились к Советской власти (А.А. Карасин, Я.А. Фурманов и др.). Эта группа «советских анархистов» стала активно помогать большевикам укрепляться.
Около двух месяцев Спиридонова снова была в гуще событий: выступала перед рабочими, редактировала партийный журнал «Знамя». Теперь левые эсеры стали относиться к большевикам так же, как сами большевики относились в 1917-м к Временному правительству и к демократическим социалистам. Они объявили себя совестью революции, неподкупной альтернативой режиму оппортунистов и сторонников компромисса. По мере уменьшения влияния большевиков в среде промышленных рабочих, левые эсеры становились для них все более опасными соперниками, ибо взывали к тем самым анархическим и разрушительным инстинктам российских масс, на которые большевики опирались, пока шли к власти, но, получив власть, стремились всячески подавить… По сути, «левые эсеры апеллировали к тем группам, которые помогли большевикам захватить власть в октябре и теперь почувствовали, что их предали».
Марусе суждено было пережить еще одну потерю. Прош Прошьян осужденный и отправленный в ссылку, по дороге заболел тифом и умер.
Сознавала ли она, что время дискуссий миновало? Или рассчитывала на свой авторитет? Нет, Маруся понимала всю опасность своего положения. Близким она не раз говорила: «У меня есть предчувствие, что большевики готовят какую-то особенную гадость. Объявят, как Чаадаева, сумасшедшим, посадят в психиатрическую клинику — вообще что-нибудь в этом роде».
Действительно, ВЧК действовала все более резко. Вскоре после возвращения Дзержинского Свердлов попал в негласную опалу. Его отсылали из Москвы то в одну, то в другую командировку, пока испанка или загадочное столкновение с рабочими в Орле не свело его в могилу. Петерс тоже лишился места заместителя председателя ВЧК и получил назначение подальше от столицы. Не обременял себя какими-либо нормами права, Дзержинский требовал привилегии самостоятельно уничтожать врагов: «Право расстрела для ЧК чрезвычайно важно», — настаивал Феликс Эдмундович. Нарком юстиции Штейнберг одиннадцать раз ставил на обсуждение вопрос о деятельности ВЧК. Суть конфликта большевиков и левых эсеров заключалась в стремлении последних ограничить репрессивную активность ВЧК, что наталкивалось на сопротивление В.И. Ленина. Вождь мирового пролетариата хотел иметь «собственного Фукье-Тенвиля», такого же безжалостного, как генеральный прокурор времен французской революции, который отправил на эшафот французскую королеву, издевался над ней во время ее судебного процесса, ежедневно посылал на казнь самых знаменитых и высокопоставленных людей Франции. На одном из заседаний СНК во время спора с Лениным о компетенции ВЧК И. Штейнберг вне себя воскликнул: «Зачем тогда нам вообще комиссариат юстиции? Давайте назовем его честно „комиссариат социального истребления“, и дело с концом!»
Не только не вполне надежные левые эсеры возмущались самовластием ЧК. Нарком юстиции Николай Крыленко много позже отмечал: «ВЧК страшен беспощадностью своей репрессии и полной непроницаемостью для чьего бы то ни было взгляда». В 1925 году Крыленко обратился в политбюро: чекисты превышают данные им полномочия, не передают дела арестованных в суд, а выносят приговоры внесудебным путем — через особое совещание. Он предложил передать органы госбезопасности в наркомат юстиции, чтобы чекисты были под контролем юристов.
21 февраля 1918 года Совнарком утвердил декрет «Социалистическое Отечество в опасности!» Он грозил расстрелом как внесудебной мерой наказания «неприятельским агентам, германским шпионам, контрреволюционным агитаторам, спекулянтам, громилам, хулиганам». «Железный Феликс» следовал принципу: политическая целесообразность важнее норм права.