Международный женский конгресс, который проводился в то время в Москве, обратился к Троцкому с просьбой разрешить больной Спиридоновой выезд за границу, однако большевики отказали, мотивируя это тем, что эсерка опасна для Советской власти.
В феврале 1919-го был арестован, затем переведен под домашний арест недавний нарком юстиции в Совете народных комиссаров РСФСР Исаак Захарович Штейнберг. Время от выхода из правительства и до отъезда за границу он не терял зря: полемизировал с большевиками от имени немарксистских социалистов и народников, излагал свое понимание социалистической революции (как «великой человеческой страсти, поднимающей рядового человека до уровня исторического героя»). Часть левых эсеров в 1920 году решила отказаться от борьбы с советской властью и призвала своих единомышленников вместе с большевиками сражаться против белого генерала Петра Врангеля и польской армии маршала Юзефа Пилсудского. Лидером этой группы стал Штейнберг, получивший право создать Центральное организационное бюро партии левых эсеров. 16 сентября 1921 года он добился перевода Спиридоновой и Измаилович на подмосковную дачу под свое и И.Ю. Баккала, секретаря Центрального бюро партии эсеров, поручительство — под негласный надзор органов.
К этому времени крестьян на Тамбовщине, как и по всей России, лишили всяких политических и экономических прав, запретили торговать хлебом и стали забирать его силой. Широкий размах деятельности продотрядов вызывал у местного крестьянского населения взрыв недовольства. Население ответило коммунистам активным вооруженным сопротивлением. В 1918 году в восстаниях и партизанском движении против большевиков, продотрядов и комбедов приняло участие до 40 тыс. человек. Положение властей осложнялось частыми переходами красноармейцев (зачастую с оружием в руках) на сторону партизан.
В 1920 году Тамбовщину поразила засуха, и хлеба было собрано всего 12 млн пудов. Между тем продразверстка не была уменьшена, составив 11,5 млн пудов. Крестьяне взбунтовались. Восстание достигло максимального размаха к февралю 1921 года, когда численность повстанцев достигла 50 тыс. человек.
11 июня 1921 года Полномочной комиссией ВЦИК был издан приказ № 171 «О начале проведения репрессивных мер против отдельных бандитов и укрывающих их семей». Шесть пунктов приказа предусматривали расстрел, седьмой — предписывал исполнять предыдущие пункты «сурово и беспощадно». Против бунтовщиков, скрывшихся в лесах, командующий Михаил Тухачевский приказал применить отравляющие вещества (хлор марки Е56): «Леса, где прячутся бандиты, очистить ядовитыми газами, точно рассчитывать, чтобы облако удушливых газов распространялось полностью по всему лесу, уничтожая все, что в нем пряталось».
Боевые действия на Тамбовщине продолжались до лета 1922 года и постепенно сошли на нет. 16 июля 1922 года М.Н. Тухачевский доложил ЦК РКП(б): «Мятеж ликвидирован, Советская власть восстановлена повсеместно».
После подавления восстания тамбовских крестьян члены эсеровского ЦК и Центрального организационного бюро узнали о расстреле ревтрибуналом арестованных членов тамбовского комитета эсеровской партии. Эсеры заявили, что в ответ на физическое уничтожение членов партии социал-революционеров они оставляют за собой право развернуть террористическую деятельность. Видные чекисты требовали ответить эсерам немедленным уничтожением всей верхушки их партии и взятием заложников. То есть большевики были готовы к тому, чтобы воскресить и скоро, по большому счету, окончательно воскресили институт заложничества.
Практика репрессий стала значительно более жесткой и изощренной. К 1921–1922 годам их осуществлением против социалистов и анархистов занималось 6 из 10 центральных подразделений ОГПУ, в основном, унаследовавших структуру ВЧК.
Однако методы будущих политических процессов 30-х годов, где подсудимых подвергали длительному физическому и психологическому воздействию, делая их послушными марионетками, были невозможны, с одной стороны, потому, что в условиях гласного (точнее, полугласного) процесса, сам факт подобного насилия стал бы известен всему миру. С другой стороны, сама задача сделать «групповую марионетку», пригодную для использования на суде, из этих конкретных подсудимых эсеров, в силу их морально-психологических качеств и готовности к смерти, была попросту нереализуемой в 1922 году.
Кроме московского процесса ЦК ПСР, состоявшегося в июле-августе 1922 года, в декабре в Баку прошел суд Верховного трибунала по делу местных эсеров, обвиненных в поджоге нефтяных промыслов. Из переписки о ходе следствия совершенно очевидно, что все это дело с начала и до конца сфальсифицировано: следователи АзГПУ во главе с Л.П. Берия выбивали показания из обвиняемых в течение полугода. Несмотря на это, Политбюро ЦК РКП, извещенное С.М. Кировым за два дня до окончания процесса, «не возражало» против вынесения пяти смертных приговоров.