Выступавшие отмечали, что «по общему отзыву свидетелей Мария Спиридонова в своих выступлениях на митингах позволяла себе нападать на Советскую власть, называя ее контрреволюционной, а представителей ее — Зиновьего и Троцкого — палачами…». Наиболее авторитетным свидетелем стал Николай Бухарин, утверждавший, что «все речи Спиридоновой поражали своей логической несообразностью, были сплошным истерическим криком и свидетельствовали о ее полной неуравновешенности». В письмах, переданных на волю, Маруся ругала Н. И. Бухарина, считая его «доносчиком», искажавшим ее высказывания на митингах: «Я действительно была „эмоциональна“», я кричала «сплошным криком». Ведь это хулиганство, грабеж народа и его святых революционных прав …Немудрено быть «эмоциональным», говоря о тысячах расстрелянных крестьян.
Трибунал принял во внимание «диагноз» Бухарина и других свидетелей и постановил «изолировать Спиридонову от политической и общественной деятельности на 8 месяцев посредством заключения ее в санаторий, с представлением ей возможности здорового, физического и умственного труда».
Таким образом, по причине полного отсутствия какого-либо серьезного обвинительного материала суд приговорил Спиридонову к «изоляции».
Обвинения в истеричности и «полной неуравновешенности» указывали направление мыслей большевистской верхушки — Спиридонову было решено признать помешанной. Мысль упрятать неудобную революционерку в психушку пришла в голову злопамятному Дзержинскому. Он приказал начальнику секретного отдела ВЧК: «…снестись с Обухом и Семашко (то есть с московским комитетом здравоохранения и Наркомздравом) для помещения Спиридоновой в психиатрический дом с тем условием, чтобы оттуда ее не украли или не сбежала. Охрану и наблюдение надо бы сорганизовать достаточную, но в замаскированном виде. Когда наметите конкретный план, доложите мне».
А Марусе действительно 2 апреля удалось бежать из-под стражи. Перейдя на нелегальное положение, Спиридонова вернулась к партийной работе и возглавила меньшинство ЦК, выступавшее за активное противодействие политике РКП(б).
В начале 1919 года партия левых эсеров окончательно ушла в подполье. Резко уменьшилось количество ее местных организаций и численность партии в целом. В мае 1920 года Дзержинский с удовлетворением констатировал, что эта партия «положительно разгромлена ЧК» и «для нас неопасна». Правда, на этот раз шеф тайной политической полиции поспешил с выводами — ПЛСР было суждено погибнуть не ранее конца 1922 года, хотя, обескровленная арестами и раздираемая внутренними противоречиями, партия образца 1920 года являлась лишь бледной тенью того мощного 150-тысячного отряда решительных бойцов, каким она была в 1918 году.
В начале 1919 года в Минске вновь арестовали, но вскоре выпустили Александру Измаилович. В конце этого же года — новый арест. Из внутренней тюрьмы ВЧК бывшую каторжанку отвезли в хорошо знакомую ей со времен самодержавия Бутырку. И еще одно дежавю — во время акции протеста помощник коменданта тюрьмы Попкович стрелял в Александру из револьвера. И как некогда царский полицмейстер Норов — промахнулся.
В октябре 1920 года Советское правительство легализовало левоэсеровское большинство. Меньшинство же продолжало антисоветскую деятельность. Сращивание двух первых советских партий, стоявших у истоков созданного ими Советского государства — большевиков и левых эсеров, так и не состоялось.
На свободе Спиридонова провела чуть больше полугода. В октябре 1920-го она была задержана чекистами, что вовсе не свидетельствовало об их профессионализме. В это время она была тяжело больна. На болезнь легких и цингу наложились дизентерия и брюшной тиф. В руки чекистов женщина попала совершенно беспомощной и даже вряд ли осознающей происходящее. Задержан был и дежуривший в это время у постели больной Б. Камков. Некоторое время Маруся провела в лазарете ВЧК, а затем по причине «крайней неуравновешенности» ее согласно заключению врачей, перевели в Пречистенскую психиатрическую больницу. Сделали это, вероломно подсыпав Спиридоновой снотворное. Предвидя резонанс, который вызовет подобная внесудебная акция у все еще существующей несоветской общественности, чекисты решили соблюсти внешние приличия. Они привлекли к обследованию известного всей Москве психиатра профессора П.Б. Ганнушкина. Его диагноз гласил: «Истерический психоз, состояние тяжелое, угрожающее жизни».
Спиридонова стала первой инакомыслящей, подвергшейся воздействию советской карательной психиатрии. В отчаянье Маруся ответила единственным оставшимся у нее способом — объявила голодовку, длившуюся 14 дней. Рассматривался вопрос о насильственном кормлении. В кошмарах, в бреду она кричала: «жандармы, казаки!» Сотрудники ЧК сливались в ее сознании с ее мучителями царского времени. Для ухода за подругой под честное слово освободили Александру Измаилович. Саня заботилась о больной, защищала Марусю от принудительного кормления и заявляла, что в случае применения насилия обе они покончат с собой.
