На свободе Маруся пробыла недолго. 18 февраля 1919 года ее вновь арестовали. В этот раз никакого снисхождения не было. Из письма А. Коллонтай, хлопотавшей за Спиридонову Дзержинскому, Свердлову и Каменеву, известно, что ее держали в ужасных условиях — в караульном помещении Кремлевской казармы, в холоде, в махорочном дыму, шуме и гаме; уборная была общая с солдатами. Каменев признавал, что условия возмутительные, но помочь не брался.
Находясь в заключении, Спиридонова не раз пыталась связаться с «волей», с товарищами по партии. Она писала письма и через освобождаемых из-под ареста левых эсеров или своих, как ей казалось, распропагандированных охранников, направляла их по известным ей конспиративным адресам. Письма эти, как правило, попадали в ВЧК, где после тщательного анализа часть из них отправлялась по указанным Спиридоновой адресам, а другие использовались против нее при ведении следствия. В письмах этих, находящихся при следственных делах, излагаются ее взгляды на политику советской власти и партии большевиков, а также рассматривались вопросы о положении рабочего класса, крестьянства, о нарушениях прав человека в Советской России и обсуждались другие острые моменты того времени. В «Открытом письме ЦК партии большевиков» она обвинила своих противников в уничтожении власти Советов, власти трудящихся, осудила «красный террор»: «Вы скоро окажетесь в руках вашей чрезвычайки, вы, пожалуй, уже в ее руках. Туда вам и дорога», назвала политику Ленина, Свердлова, Троцкого «подлинной контрреволюцией».
В начале 1919 года из тюрьмы в Киеве, где она содержалась после покушения на генерала Эйхорна, была освобождена Ирина Каховская. Узнав по прибытии в Москву подробности преследований левых эсеров, она написала открытое письмо председателю Верховного Революционного трибунала Карлу Данишевскому: «Мне лично пришлось клятвенно убеждать германских солдат, указывавших мне на ужасы большевистского режима, в неправде всего того, что печатали о вас в их немецких газетах и что, как я теперь лично убедилась, является бледным отголоском того ужаса, который вы творите в действительности. Приехав в Москву, я застала почти всю Московскую организацию в тюрьме: остатки ее с трудом собирали силы. Все доходившие до нас из буржуазных и монархических газет вести о разгроме крестьянских восстаний, о вашей чудовищной аграрной политике, о Петроградских событиях (расстрел матросов, вышедших на мирную демонстрацию под левоэсеровскими лозунгами), о вашем политическом и моральном разврате и палачестве — я и мои товарищи по работе отметали с презрением как злобную клевету врагов против наиболее могущественной в России, истинно социалистической партии <…>. Ненавистью к вам залита сейчас уже вся Украина: там темнота народа отождествила вас с евреями, и за ваши чудовищные дела, за неистовства ваших чрезвычаек расплачивается ни в чем не повинное еврейское население <…>. Получив возможность отправить письмо М.А. Спиридоновой, я написала ей о своих сомнениях как ответственному представителю партии и моему личному другу. Письмо попало в ваши руки <…>. Я убедилась в том, <…> что спасти революцию может лишь уничтожение вашей диктатуры и передача власти в руки Советов, свободно избранных трудящимися <…> …После самого критического и тщательного анализа работы Партии Левых с.-р. я убедилась, что все, что вы пишите и говорите о ней, сплошная клевета <…>. Я лично считаю за честь бороться в ее рядах и нести ответственность за все ее выступления. Письмо это будет опубликовано в нашей печати».
Это заявление Каховской еще раз доказало, что партия левых эсеров опасна; большевикам следовало принимать чрезвычайные меры.
Первый арест Ирины чекистами в середине мая 1919 года, однако, оказался недолгим, продлившись около двух месяцев: ее освободили вследствие вмешательства Ленина, после того как руководство большевиков узнало об ее намерении организовать покушение на Деникина. В тюрьме она не теряла время зря: именно тут Каховской были написаны достаточно известные мемуары об убийстве Эйхгорна и о подготовке покушения на командующего Добровольческой армией.
В феврале-марте 1919 года выпущенная было на свободу Мария Спиридонова по обвинению в антиправительственном заговоре в Москве была арестована вместе с почти всей левоэсеровской верхушкой и почти двумястами партийными активистами. Чекистами было ликвидировано до 45 местных партийных организаций левых эсеров (в Пскове, Туле, Казани, Брянске, Орле, Гомеле, Астрахани и др.).
24 февраля состоялся суд Московского ревтрибунала, обвинивший Спиридонову в «контрреволюционной агитации и клевете на Советскую власть». Характерно, что на суде «не было сказано со стороны обвинителей ни слова о каком-либо заговоре, но делался упор на то, что на московских рабочих митингах Спиридонова говорила по 3 часа, а им, представителям правительственной партии, давали говорить только по 10–15 минут».
