Сэр Эдвард Монтагу, его дальний родственник, сделал его своим секретарем (1660), и Сэмюэл сопровождал его, когда Монтагу командовал флотом, вернувшим Карла из изгнания. Еще до окончания этого года Пэпис был назначен секретарем актов в военно-морском ведомстве. Он изучал военно-морские дела так усердно, как только позволяло его увлечение женщинами, а поскольку его начальники тоже были преданы этому древнему виду спорта, то вскоре он стал знать военно-морские подробности лучше, чем адмиралы (Монтагу и герцог Йоркский), которые зависели от его информации. Во время войны с голландцами (1665–67) он с заметной компетентностью руководил снабжением флота продовольствием, а во время чумы оставался на своем посту, когда большинство правительственных чиновников разбежались. Когда (1668) военно-морское ведомство подверглось нападкам в парламенте, Пэпису было поручено защищать его, и его трехчасовая речь в общине принесла ведомству незаслуженное оправдание. Затем Пепис составил для герцога Йоркского два документа, разоблачающих некомпетентность флотских служащих, и эти бумаги сыграли свою роль в реформировании флота. Он много работал, обычно вставая в 4 утра, 52 Но он следил за тем, чтобы его жалованье в 350 фунтов стерлингов в год дополнялось подарками, комиссионными и другими привилегиями, некоторые из которых сейчас можно назвать взятками, но в те любезные дни они считались законным дополнением. Его собственный начальник, лорд Монтагу, объяснил ему, что «богатым человека делает не жалованье в каком-либо месте, а возможность получать деньги, пока он там находится». 53
Все недостатки Пэписа раскрываются в дневнике с непритязательной и относительно полной откровенностью. Почему он вел его так честно, неясно. Он тщательно скрывал его при жизни, писал по собственной системе стенографии, используя 314 различных знаков, и не принял никаких мер для его посмертной публикации. По всей видимости, ему доставляло удовольствие так пересматривать свои повседневные дела, физиологические нарушения, супружеские ссоры, флирт и адюльтеры; тайно перечитывая записи, он мог испытывать такое же тайное удовлетворение, какое мы получаем, глядя на себя в зеркало. Он рассказывает, как жена подстригла ему волосы и «нашла у меня на голове и теле около двадцати вшей… больше, чем у меня было, я полагаю, за эти двадцать лет». 54 Он научился любить свою жену, но только после многих ссор, некоторые из которых «досаждали» ему «до кишок»; часто, по его собственным словам, он был груб с ней; в одном случае он «дернул ее за нос»; 55 В другой раз «я нанес ей такой удар по левому глазу, что бедняжка вскрикнула и испытала сильную боль, но дух ее был таков, что она пыталась укусить и поцарапать меня; но я, жеманничая с ней, заставил ее уйти, плача». 56 Он приложил припарку к ее глазу и отправился к любовнице. Он вернулся домой к ужину, затем вышел на улицу, нашел «жену Бэгвелла… и увел ее в пивную, и там я много с ней возился, а потом ушел к другой и пытался ее приласкать, но она не захотела, что меня и раздосадовало».
Удивительно, какой энергией обладал этот человек — каждые несколько месяцев новая любовь; он преследовал женщин, пока они не отталкивали его булавками. 57 Он признавался в «странном рабстве, в котором я нахожусь перед красотой». 58 В Вестминстерском аббатстве «я слушал проповедь и провел (да простит меня Бог) большую часть времени, глядя на миссис Батлер». 59 С особым вожделением, почти с величавостью, он смотрел на леди Каслмейн; увидев ее во дворце Уайтхолл, «я пресытился, глядя на нее». 60 Ему пришлось довольствоваться ее нижними юбками, висевшими на веревке; «мне было приятно смотреть на них»; 61 и «вернулся домой, чтобы поужинать и лечь в постель, воображая, что с большим удовольствием занимаюсь спортом с миссис Стюарт [леди Каслмейн]». 62 Но его вкус не ограничивался придворными красавицами. Соседка, миссис Диана, проходила мимо его двери; он затащил ее «в мой дом наверху, и там долго с ней болтал». 63 Он взял с собой в Ламбет миссис Лейн, но, «утомившись от ее общества», решил «никогда больше не делать этого, пока я жив». 64 Однажды жена застала его обнимающимся с девушкой; она пригрозила уйти от него; он успокоил ее клятвами и бросился к своей последней любовнице. Он соблазнил служанку своей жены, Дебору Уиллет; ему нравилось, когда она расчесывала ему волосы; но жена настигла его во время его исследований; он дал новые обеты; Дебора была уволена; Пепис навещал ее в рамках своей дневной работы.
Его вожделение продолжалось даже тогда, когда его зрение отказало. Его привычка читать и писать при свечах начала ухудшать зрение в 1664 году. Но в последующие критические годы он работал особенно усердно, несмотря на прогрессирующую болезнь. 31 мая 1669 года он сделал последнюю запись в своем дневнике:
