Это решение спутники-конкистадоры встретили язвительными насмешками: они-то рассчитывали в конце похода в Перу обрести славу и золото. Мартинес де Ирала сумел успокоить страсти и повел отряд обратно к Ла-Канделарии, где они нашли корабли, которые когда-то оставили на реке и которые до сих пор, как ни удивительно, дожидались их в укромной бухточке на реке Парагвай, хотя с момента расставания минуло восемнадцать месяцев. По возвращении в Асунсьон в 1549 году Мартинес и его люди обнаружили, что город охвачен подобием гражданской войны. Франсиско де Мендоса, исполнявший обязанности губернатора, уверял жителей, что Мартинес и его спутники погибли, поэтому теперь он законный аделантадо и может поселиться в доме Мартинеса на Пласа-де-Армас. Но Мендосу быстро оттеснил Диего де Абреу, ворчливый капитан из Севильи, который, как и многие конкистадоры, отплыл в Индии с Педро де Мендосой; он схватил Мендосу-младшего, велел того казнить и провозгласил себя правителем. Но вскоре стало известно, что Мартинес де Ирала не просто жив, а возвращается в Асунсьон. Какое-то время спустя Мартинес и вправду встал лагерем недалеко от города, и к нему тут же присоединилось большинство горожан-испанцев. В конце концов с Абреу осталось всего пятьдесят человек, в основном из числа близких друзей и родственников. Все они чуть погодя сбежали в близлежащий лес, даровав Мартинесу де Ирале бескровную победу, и аделантадо вновь занял собственный дом на Пласа-де-Армас.
Скоро в Асунсьон вернулся и Нуфло де Чавес, привезя с собой из Перу первых овец и коз, которых увидел Парагвай. С Чавесом прибыли и несколько конкистадоров из Лимы: номинально они выступали телохранителями Чавеса, однако у них была тайная инструкция вице-короля — поднять восстание против Мартинеса де Иралы. Этот план был искусно сорван самим аделантадо, который арестовал главных заговорщиков и казнил двоих из них, Камарго и Мигеля Уррутию. Нуфло де Чавес доказал свою непричастность к заговору и вскоре после этого женился на дочери Франсиско де Мендосы.
Далее Мартинес де Ирала затеял преследование Диего де Абреу. Того изловили и убили в близлежащем лесу. После этого Мартинес посвятил все усилия исключительно развитию большой, но пока не имевшей границ колонии. В 1553 году он было основал форт в Сан-Хуане, где река Парана впадает в реку Уругвай, но беспрерывные нападения индейцев вынудили забросить этот форт два года спустя. Порой даже обычно миролюбивые гуарани принимались вести себя агрессивно, о чем свидетельствуют депеши о съедении ими испанского солдата. С другой стороны, порой индейские вожди обращались к Мартинесу с просьбами; например, в 1555 году несколько касиков гуарани попросили о помощи против бразильских тупи, которые постоянно им досаждали, науськиваемые, как предполагали вожди, португальцами. В итоге Мартинес де Ирала повел своего рода крестовый поход на тупи и истребил многих из них, прежде чем они согласились признать власть императора Карла; пышную, но варварскую церемонию устроили возле прекрасных водопадов Игуасу.
На обратном пути с церемонии испанцев завел в ловушку переводчик-метис Эрнандо Диас, уверявший, будто пороги на реке Парагвай легко преодолеваются на каноэ. Все оказалось куда хуже, и многие индейцы и испанцы утонули. Более того, некоторые из тех, кто отправился с Мартинесом де Иралой, заболели, и пришлось организовывать специальную спасательную экспедицию на лодках; за нее отвечал Алонсо Энсинас, идальго из Эстремадуры, которого сопровождала группа крепких туземцев. Эти лодки благополучно избежали опасных порогов, как и больные люди на них, но берега реки выглядели крутыми, лесистыми и негостеприимными.
Коварного Эрнандо Диаса, конечно, приговорили к смерти. Но в ночь перед повешением он сбежал в Бразилию. Там Диаса осудили, к слову, за другие преступления и высадили на необитаемом острове, но и оттуда он сумел бежать. Что им двигало, сказать затруднительно.
Не сумев основать новый порт в устье Рио-Плата, Мартинес де Ирала решил построить город на пути на север, в Бразилию, на реке Парана. Здесь он столкнулся с интересами португальцев. Тем не менее его заместитель, Гарсия Родригес де Верагуа, основал новое поселение Вилья-де-Онтиверос. К малочисленному испанскому отряду вскоре присоединился зять Мартинеса Педро де Сегура, а также некоторые бывшие сторонники мятежного капитана Диего де Абреу. И тут, к всеобщему удивлению, некий англичанин Николас Колман, поразил всех как «самый решительный и дерзкий среди всех присутствующих, как он всегда поступал; видя, что капитан Педро де Сегура намерен отослать часть своих людей на самодельный плот, он решил провести ночь на борту и тайно пробрался на плот». Когда плот было тронулся, появились более сотни больших каноэ, полных индейцами. Испанцы отталкивали их шестами и палили из аркебуз, а индейцы в ответ стреляли из луков, убив одного солдата и нескольких индейцев-союзников. Тем временем Мартинес де Ирала занимался возведением храма, который впоследствии стал собором Парагвая.
