Вернемся к трагическим событиям 1591 г. Борис, управлявший государством от имени недееспособного Федора, прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского, наделенного самыми широкими полномочиями. К этому времени и царевич Дмитрий, и его мать Мария Нагая фактически почти полностью лишились привилегий, которые имели как удельные князья, а все доходы, поступавшие в местную казну, контролировал все тот же Битяговский. Через несколько дней, 15 мая 1591 г., царевич Дмитрий был обнаружен мертвым. Согласно официальной версии, он нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной.
По всей столице тут же разнесся слух о том, что царевич Дмитрий был злодейски зарезан людьми, подосланными Борисом Годуновым.
Смерть Дмитрия Угличского и Московского сопровождалась бурными событиями. В Угличе произошло народное восстание. Угличане, подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим, разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и других боярских посланников. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия, допросившая сто сорок свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия сохранились до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой то ли ограничились простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую выборку, а возможно, и подвергли редактированию.
Тщательное исследование текста «обыска», т. е. следственного дела, проведенное российскими учеными, в значительной мере рассеивает подозрения относительно сознательной фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии. Основной материал переписан семью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную работу по подготовке следственных материалов к судопроизводству.
В подавляющем большинстве случаев показания свидетелей-угличан отличались краткостью, и подьячие, записав их, тут же предлагали грамотным свидетелям приложить руку. По крайней мере, двадцать свидетелей подписали на обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуальны, отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий.
В следственную комиссию вошли весьма авторитетные лица, придерживавшиеся, тем не менее, различной политической ориентации. А вот боярин Василий Шуйский был назначен руководить расследованием, скорее всего, по инициативе Боярской думы. Его, недавно вернувшегося из ссылки, считали едва ли не самым изворотливым и умным противником Годунова. Помощником Шуйского стал окольничий Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, хотя и доводился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе.
Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Вылузгине и его подьячих. В течение всего расследования и после него Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом выводов не пересматривала. Составленный ею «обыск» содержал не одну, а, по крайней мере, две версии гибели царевича Дмитрия.
Подозрения в насильственной смерти возникли в первый же день дознания. Наиболее энергично эту версию отстаивал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Он же назвал и убийц Дмитрия: сына Битяговского Данилу, его племянника Никиту Качалова и других участников преступления. Но, как ни странно, при этом свидетель не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Все его доводы рассыпались в прах, едва заговорили другие свидетели.
«Когда зазвонили в колокол, — говорила вдова Битяговского, — он, муж мой Михаил, и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник... Богдан». Поп Богдан был духовным наставником Григория Нагого и как только мог защищал царицу и ее братьев, утверждая, что те не причастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил перед Шуйским, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в набат. Таким образом, получалось, что в момент смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя в доме вдали от места преступления, а значит, имели стопроцентное алиби. Преступниками же их посчитали сбитые с толку люди.