Показания свидетелей позволили выяснить еще один любопытный факт: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне, мертв пьян» после того, как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел преданным людям разыскать несколько ножей и палицу и подложить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила этот подлог. Городовой приказчик Углича Русин Раков свидетельствовал, что он взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать ее кровью оружие. Так Михаил Нагой был изобличен, несмотря на то что всячески отрицал свою вину.
Версия гибели царевича по неосторожности содержит два обстоятельства, каждое из которых подвергалось всесторонней проверке. Во-первых, болезнь Дмитрия, которую свидетели называли «падучей болезнью, немочью падучею». Судя по описаниям припадков и их периодичности, царевич действительно страдал эпилепсией. Как утверждали свидетели, «презже тово... на нем была ж та болезнь по месяцем беспрестанно».
Сильный припадок случился с Дмитрием примерно за месяц до его кончины, перед Великим днем. Как говорила мамка Волохова, царевич во время приступа «объел руки Андрееве дочке Нагова, едва у него... отнели». Андрей Нагой подтвердил это, сказав, что Дмитрий ныне в великое говенье у дочери его «руки переел, а прежде руки едал» и у него, и у жильцов, и у постельниц царевича. О том же говорила и вдова Битяговского: «Многажды бывало, как Димитрия станет бить тот недуг и станут его держать Ондрей Нагой и кормилица и боярыни, и он... им руки кусал или, за что ухватил зубом, то объест».
Последний приступ эпилепсии у царевича длился несколько дней. Он начался во вторник, а на третий день царевичу стало немного легче и мать взяла его к обедне, а потом отпустила на двор погулять. В субботу Дмитрий во второй раз вышел на прогулку, и тут у него внезапно приступ возобновился.
Второй важный момент. Согласно версии о самоубийстве, царевич в момент приступа играл с ножичком. Свидетели описали забаву подробнейшим образом: «...царевич играл через черту ножом, тыкал ножом, ходил по двору, тешился остроконечным ножом в кольцо». Правила игры были просты: в очерченный на земле круг игравшие поочередно втыкали нож, который надо было взять за острие лезвием вверх и метнуть так, чтобы он, сделав несколько оборотов, вошел в землю.
Следовательно, когда с царевичем случился припадок, в руках у него был остроконечный нож. Дворовые люди, стоявшие подле Дмитрия, показали, что он «набросился на нож». Василиса Волохова описала случившееся еще точнее: «... бросило его о землю, и тут царевич сам себя ножом поколол в горло». Остальные очевидцы утверждали, что царевич напоролся на нож, «бьючися или летячи» на землю.
Таким образом, все очевидцы гибели Дмитрия единодушно утверждали, что эпилептик проколол себе горло, и расходились только в одном: в какой именно момент это произошло — при падении или во время конвульсий на земле. Могла ли такая рана повлечь за собой гибель ребенка? На шее непосредственно под кожным покровом находятся сонная артерия и яремная вена. При повреждении одного из этих сосудов смертельный исход неизбежен. Прокол яремной вены влечет за собой почти мгновенную смерть, при кровотечении из сонной артерии агония может затянуться.
Поскольку после смерти Дмитрия Нагие сознательно распространили слух о том, что царевича зарезали подосланные Годуновым люди, боярин-правитель использовал первый же подходящий случай, чтобы предать распространителей «клеветы» суду. Таким поводом стал пожар Москвы. Обвинив Нагих в поджоге столицы, власти заточили Михаила и его братьев в тюрьму, а вдову Грозного насильно постригли и отправили «в место пусто» — на Белоозеро. Кто из современников в те дни мог знать, что через десять лет «убиенному младенцу» суждено будет стать героем народных чаяний?!
И хотя смерть Дмитрия вызвала многочисленные толки среди бедноты и знатных особ, все понимали: в Москве правит законный царь и династический вопрос поднимать бессмысленно. Но едва царь Федор умер и династия Калиты прекратила свое существование, имя Дмитрия должно было непременно восстать из небытия.
В период короткого междуцарствия после смерти Федора литовские «лазутчики» подслушали в Смоленске и записали молву, в которой уже можно было угадать все последующие события Смутного времени. Впрочем, толки ходили очень противоречивые. Одни говорили, будто в Смоленске были подобраны письма от Дмитрия, извещавшие жителей, что «он уже сделался великим князем на Москве». Другие утверждали, что появился не царевич, а самозванец, во всем очень похожий на покойного князя Дмитрия. Сам же Борис будто бы хотел выдать самозванца за истинного царевича, чтобы добиться его избрания на трон, если не захотят избрать его самого.