Маленькая железнодорожная станция с ласковым названием Подлипки в ближнем Подмосковье в 1946 г. стала меккой советского ракетостроения. Старенький грязный артиллерийский завод № 88 забрали у артиллерийского управления Наркомата вооружений и передали вновь сформированному ракетному управлению для организации головного института. Номер института остался таким же, как у завода, 88. Рядом находился аэродром, на котором во время войны располагался полк ПВО. Ракетчики были ребята молодые, прихватили и аэродром с ангарами – в хозяйстве все сгодится. Вскоре на станцию прибыли вагоны, которые подогнали поближе к ангарам и что-то выгрузили под покровом ночи. Теперь-то уже можно сказать, что это был спецэшелон, прибывший из Германии, а из вагонов выгрузили и разместили в ангарах ракеты А-4, собранные нашими и немецкими специалистами в Тюрингии.
Завод с номером 88 с осени 1946 г. стал быстро меняться – новые хозяева, инженеры-ракетчики, насмотревшись в Германии на работу немецких специалистов, быстро внедряли немецкие новшества и даже пытались внедрить культуру производства. Будучи в Германии, советские специалисты быстро поняли, что производить ракеты без этой самой культуры производства невозможно! В НИИ-88 собрались очень способные люди: они быстро учились хорошему и нужному.
Еще в августе 1946 г. была определена главная цель работы НИИ на ближайшие два года: выпуск ракеты Р-1 (то есть Фау-2, но в советском исполнении). Главным конструктором изделия назначили С. П. Королева.
В мае 1947 г. некоторых немецких специалистов отправили на остров Городомля, что на озере Селигер. Через год колония немецких специалистов-ракетчиков на Городомле была объявлена филиалом № 1 НИИ-88, и в нем были собраны все немецкие специалисты института.
В 1949–1950 гг. у НИИ-88 строится еще один филиал, в Загорске. Здесь разместили базу для огневых испытаний двигателей ракет. Впоследствии этот филиал превратился в самостоятельный институт, НИИ-229.
Именно в Подлипках чаще всего собирались официальный Научно-технический совет (НТС) и полуофициальный, но более важный для советского ракетостроения Совет главных конструкторов.
В НИИ-88 было образовано ОКБ-2, занимавшееся двигателями. Руководил ОКБ-2 Алексей Михайлович Исаев. В отличие от Исаева Королев получил под свое управление только отдел под номером 3 в составе СКБ. Настоял на этом И. Д. Сербин, заведующий Отделом промышленности вооружения Управления кадров ЦК ВКП(б). Королеву «не забыли» его лагерного срока и потом еще долго помнили… Хотя фактически вся работа по ракетной технике, кроме двигателя, была сосредоточена в руках Сергея Павловича. Лишь в 1950 г. было организовано на базе 3-го, королёвского отдела ОКБ-1 и С. П. Королев стал полноправным главным конструктором.
Свою главенствующую роль в ракетостроении, а потом и в космонавтике Сергею Павловичу приходилось буквально вырывать у партийных бонз, которым не очень нравилось стремление Королева к самостоятельности. Не нравилась эта главенствующая роль Королева и В. П. Глушко. Глушко командовал другой организацией, ОКБ-456, и Королев с ним встречался на Совете главных конструкторов. Гораздо хуже Сергею Павловичу приходилось, когда ущемляющие, конфликтные ситуации происходили внутри НИИ-88.
Вновь сформированное в 1950 г. в НИИ-88 ОКБ-1 имело хорошую структуру. Сергей Павлович Королев формировал ее для того, чтобы предстоящая конструкторскому бюро работа по новой ракете Р-5 была эффективнее. При отделении ОКБ-1 от НИИ-88 оказалось, что структура КБ настолько удачна и надежна, что свободное плавание не доставило никаких лишних проблем!
Перестановки в НИИ-88 совпали с борьбой с космополитизмом. Однако ОКБ-1 от этого только выиграло. Благодаря борьбе с космополитизмом в ОКБ пришли специалисты, ставшие потом известными учеными и конструкторами. Отдел № 5, занимавшийся системами управления ракетой, возглавил, например, Михаил Кузьмич Янгель, а его замом стал Борис Евсеевич Черток, тот самый, который в Германии в 1945-м организовал институт «Рабе».
Нелегко складывались отношения С. П. Королева и М. К. Янгеля. Михаил Кузьмич, пришедший в НИИ-88 в 1950 г., быстро рос по службе. Через год он стал заместителем главного конструктора, то есть Королева. А в 1952 г. Янгеля неожиданно ставят директором института. Сергей Павлович оказался его подчиненным. Целеустремленному, честолюбивому Королеву, стремившемуся к самостоятельным решениям для быстрого продвижения вперед, это было как нож в спину. Конфликт руководителей грозил целостности института, поэтому в конце 1953 г. Янгеля перевели сначала на должность главного инженера НИИ-88, а затем он дал согласие на перевод главным конструктором нового ракетного ОКБ в Днепропетровске.