Нестабильность экономики и социальные конфликты люди того времени объясняли, как божью кару за неправедные действия незаконного, «безродного» царя — Бориса Федоровича Годунова. Борис, всячески стремясь сохранить власть, делал все, чтобы убрать потенциальных претендентов. Так, одного из самых близких по крови к Федору Ивановичу его двоюродных братьев — Федора Никитича Романова насильно постригли в монахи и сослали в дальний монастырь (неподалеку от Архангельска) под именем Филарет.
Широкое распространение получили слухи, что жив царевич Дмитрий, «чудесно спасшийся» в Угличе. В 1602 году в Литве объявился человек, выдававший себя за царевича Дмитрия. Он поведал польскому магнату Адаму Вишневецкому, что его подменили «в спальне угличского дворца». Покровителем Лжедмитрия стал воевода Юрий Мнишек.
Согласно официальной версии правительства Бориса Годунова человек, выдававший себя за царевича Дмитрия, был монах Григорий (в миру — мелкий дворянин Юрий Богданович Отрепьев). Юшка, как его звали в молодости, проявил незаурядные способности — знал латинский и польский языки, имел каллиграфический почерк, обладал редкой способностью быстро ориентироваться в конкретной обстановке. В молодости он был слугой Федора Никитича Романова, после ссылки которого постригся в монахи. В Москве он жил в расположенном в Кремле Чудовом монастыре (ныне не существует) и служил при патриархе Иове.
В 1604 году Лжедмитрий с помощью польских магнатов, навербовав две тысячи наемников и используя недовольство казаков, предпринял поход на Москву. Его поддерживали многие бояре и дворяне, недовольные Годуновым. Поддерживали Лжедмитрия и народные массы, связывавшие с ним надежды на избавление от гнета и улучшение своего положения.
Борис Годунов в борьбе со Лжедмитрием I допустил целый ряд ошибок. Не веря, что самозванца поддержит народ, он поздно объявил указ о том, кто стоит за спиной якобы воскресшего царевича Дмитрия. Проявив нерешительность, Годунов не возглавил поход против самозванца. Судьба Лжедмитрия решалась под г. Кромы: маршрут движения на Москву сознательно был избран через районы, где жило казачество и было много беглых крестьян. Под Кромами царские войска перешли на сторону самозванца.
Этому событию предшествовала неожиданная смерть Бориса Федоровича Годунова на 54-м году жизни. Еще утром 13 апреля 1605 г. он принимал послов. После обеда и небольшой прогулки кровь хлынула у него из носа и ушей, царь скончался. Спустя сутки состоялась церемония присяги новому царю — сыну Бориса шестнадцатилетнему Федору Борисовичу.
Лжедмитрий послал в подмосковное Красное Село. Из Тулы в г. Москву прибыли Никита Плещеев и Гаврила Пушкин. Они огласили послание самозванца с Лобного места 1 июня. В тот же день москвичи, при попустительстве боярского правительства, арестовали Фёдора II, его мать и сестру Ксению в Кремле, причём они содержались не в царских палатах, а «на собственном дворе Бориса»; новым царём был провозглашён Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича. Вместе с царской семьёй были арестованы и другие Годуновы, а также их родственники Собуровы и Вельяминовы[27]. Москву в это время, воспользовавшись ситуацией, фактически контролировал от имени «Дмитрия Ивановича» Богдан Бельский, двоюродный брат Марии Годуновой. Бельский всенародно поклялся москвичам, что именно он спас царевича Дмитрия в Угличе. Самозванец не мог ему доверять, как родственнику Годуновых, и вскоре заменил на присланного из Тулы Василия Васильевича Голицына.
Незадолго до вступления Лжедмитрия в Москву низложенный царь и его мать были задушены или зарезаны в своём кремлёвском доме. После ареста патриарха Иова, которого сослали в монастырь, на подворье Годуновых явился со стрельцами Василий Голицын и приказал убить Фёдора. При этом с ним были князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефидинов. Однако, по словам бывшего в то время в Москве шведа Пера Эрлесугнда-Петра Петрея, непосредственным исполнителем убийства был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву. Крепкий и сильный юноша, Фёдор оказал сопротивление убийцам, которые вчетвером едва справились с ним. Официально было объявлено, что Фёдор и его мать отравились; однако их тела, выставленные на всеобщее обозрение, имели следы борьбы и насильственной смерти, как свидетельствует Петрей: «и следы от верёвки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей».
Тела Фёдора и Марии Годуновых, вместе с извлечённым из гробницы в Архангельском соборе телом умершего 13 апреля Бориса Годунова, были захоронены по приказу Лжедмитрия безо всяких почестей во второстепенном московском женском Варсонофьевском монастыре. В 1606 году по распоряжению царя Василия Шуйского останки семьи Годуновых 20 бояр неся горб торжественно перенесли в Троице-Сергиев монастырь.
