Первая неприятность приплыла на шлюпе "Нева". Судно должно было перейти в его, Баранова, подчинение. Это хорошо. Но по утверждению приказчика Костромичёва шлюп стар и гнил, требует постоянных починок. А самое главное, Лисянский привёз императорский указ об амнистии разжалованных в матросы офицеров: Вальронда, Обольянинова и Коковцева. Сейчас они в вояжах, но до осени все побывают на Кадьяке или на Сандвичевых островах и тогда компанейская флотилия лишится трёх лучших своих капитанов. Александр Андреевич пытался уговорить офицеров с "Невы" остаться в Америке хоть бы год и сулил золотые горы, но ни сам Лисянский, ни лейтенанты Арбузов и Повалишин, ни мичмана Коведяев и Берг не соглашались "вступить в услужение купцам". Превеликими трудами удалось уговорить их сходить на Прибыловы о-ва, обещая за это отправить "Неву" с грузом в Россию и позволить т.о. завершить кругосветку. Да и оставлять при себе слишком крупное судно, да ещё и гнилое, имея на балансе 11 при нехватке мореходов было незачем. Хозяйственная душа правителя рвалась когда пропадал товар. Заставить отправиться туда барки "Иркутск" и "Мангазея" он даже не пытался. В отличие от Лисянского кап-леи Острожный и Бабенко не обязывались выполнять указания Баранова. Сдал груз- принял груз и всё. Кроме того по классу судовождения они значительно уступали Лисянскому, даже имея более мореходные корабли.
Вторую новость, поближе к осени, прислал Медведников. Перед выходом главной партии, Баранов в своих инструкциях Тараканову от 15 июля обращал его внимание на необходимость строгого соблюдения всех мер предосторожности. Кусков должен был лично следить, чтобы у дозорных всегда было оружие наготове, чтобы содержались в исправности "ружья, пистолеты, орудия и снаряды", а в противном случае "взыскивать со строгостию и виновных наказывать неупустительно". Более того, Александр Андреевич считал необходимым "скрывать еще от неприязненности мира удаляющихся бывших врагов Ситхинских и протчих народов первое движение партиею и судами дабы разстроить их в предразсудках … и в покушениях зловредных", а потому рекомендовал "назначить судам и партии первым рандеву зборным местом на другой стороне под мысом здешнего острова Ситхи Александровскую Гавань или возле ея". Таким образом партия должна была выйти на промысел незаметно для тлинкитов, всё ещё остававшихся потенциально опасными, несмотря на готовящееся примирение с Катлианом. Предосторожности эти оказались нелишни. Индейцы могли ещё смириться с утверждением пришельцев в крепости на месте родового гнезда киксади, но не с проникновением чужаков в их заповедные охотничьи угодья. Они чинили "беспрестанные препятствия" таракановской партии в Кековской бухте и в Хуцновском проливе. Медведников писал: "Они вооружены от бостонцев лучшими ружьями и пистолетами и имеют фалконеты. Всюду в проливах выстроили крепости … Произведенное уже единожды Американцами зверство научило всех крайней осторожности. Пушки наши всегда заряжены, везде не только часовые с заряженными ружьями, но и в комнатах у каждого из нас оружие составляет лучшую мебель. Всякую ночь по пробитии зори сигналы продолжаются до самого утра, ходят дозоры по всем постам, словом: вся военная дисциплина и мы всякую минуту готовы принять дорогих гостей, которые пользуясь ночною темнотою и ненастьями привыкли делать нападения свои … Есть много тысячныя в проливах жила, которыя хотя и кажут вид спокойный, но не дают еще аманатов."