Через неделю он получил приказ Баранова сдать командование первому помощнику лейтенанту Унковскому. Этот приказ поверг в шок офицеров "Иркутска", высоко ценивших своего командира. На экстренном офицерском собрании они решили не подчиняться и самовольно покинуть Америку. Приготовления к отходу начались тотчас после собрания. "В то же время в доме правителя крепости уж целый день происходила попойка по случаю примирения правителя с г-ном Хантом…".
На рассвете 25 июня "Иркутск" начал выходить на внешний рейд. Баранов, оторвавшись от возлияния, приказал открыть огонь крепостной артиллерии. Несколько направленных в угон ядер не причинили барку вреда и он благополучно добрался до Макао, а затем и до Кронштадта.
По жалобе Баранова правление РАК неоднократно добивалось осуждения лейтенанта Лазарева, но Морское министерство дважды официально отвергало обвинения и наконец полностью его оправдало. Только что завершился суд по бунту Наплавкова и Баранов, своим поведением, ещё более дискредитировал Компанию. Кроме того в период 1809-16гг. он не подавал в ГП финансовых отчётов , что весьма тревожило директоров, как и слухи о "частых подгулах" престарелого правителя. Поэтому правление предписало капитан-лейтенанту Гагемейстеру, направленному на "Ст.-Петербурге" в 1816г, на месте исследовать деятельность Баранова и при необходимости принять от него управление колониями.
Эта кругосветка оказалась самой тяжёлое из четырёх, совершённых Леонтием Андриановичем. Вышедший 8 сентября из Кронштадта барк сильно потрепало в Северном море, а во время короткого шторма близ экватора он потерял бушприт. В Рио "Ст.-Петербург" пришёл только 27 января с донельзя измотанным экипажем. Открывшаяся течь заставила их в течение месяца почти безостановочно работать на помпах. Ремонт носовой части занял три месяца и так как идти вокруг Горна было уж поздно, пришлось отправляться восточным маршрутом. Ещё месяц отстаивались в Капштадте, дожидаясь муссона, а потом почти полгода шли Индийским и Тихим океанами. Мастера на верфи схалтурили и Гагемейстер не решался поднять всю парусину. До Новороссийска "Ст.-Петербург" добрался лишь к 20 ноября.
Прошло почти два месяца, прежде чем Леонтий Андрианович решился объявить Баранову о его отставке. В течение этого времени Гагемейстер осуществлял неофициальную ревизию состояния дел в колониях, поражаясь тому, какую огромную ответственность он должен будет взвалить на себя. Кроме того напряжение последнего года пагубно отразилось на его здоровье. В то же время и оставить вверенные ему земли без главного правителя Леонтий Андрианович мог. По свидетельству Хлебникова, прибывшего незадолго до того из Охотска, лишь жалобы самого Баранова на здоровье и на долгое отсутствие преемника вынудило Гагемейстера принять на себя управление. Кирилл Тимофеевич указывал и на другую, более весомую причину: смена правителей произошла "для упреждения дальнейших беспорядков", которые наблюдались в последний период правления Баранова. "После смерти в 816 году Ивана Ивановича Баннера и Бакадорова дела в конторе пришла в разстройство".*(1)
Выход был найден в женитьбе старшего помощника "Великого Устюга" капитан-лейтенанта Семёна Ивановича Яновского на Ирине, дочери Баранова. Яновский обещал вскоре после женитьбы принять от Гагемейстера должность и тем избавить его от хлопот по управлению обширным краем. После этого брака можно было рассчитывать на повиновение промышленников, для которых слово каргопольского купца было законом. Также индейцы, по своему обыкновению приняли бы Яновского как зятя Баранова, то есть имеющего право наследования чуть ли не большее, чем родной его сын.
7 января 1818 года состоялось венчание Семена Яновского с Ириной Барановой в церкви "Св. Михаила", а 11 января Гагемейстер официально объявил о вступлении на пост главного правителя Русской Америки и предъявил соответствующие документы ГП, подтверждавшие его полномочия. "Гагемейстеру повиноваться во всем, что до должности каждого относится, под опасением в случае неисполнения сего определения строгого взыскания по законам".
Передача власти прошла спокойно, в деликатной форме, поэтому нельзя согласиться с утверждениями некоторых историков, что Гагемейстер жаждал ухода Баранова. Они были знакомы более 10 лет и уважительно относились друг к другу. Александр Андреевич даже просил графа Румянцева исходатайствовать награду своему будущему приемнику.
