Но всё это произошло позже, Гагемейстер же прямо с Ситхи вновь отправился в Калифорнию, откуда вернулся 3 октября совсем больным. Все пять месяцев его отсутствия Яновский выполнял обязанности главного правителя и "управлял незыблемо на заведенном порядке во всех отношениях". Через три недели произошла формальная передача должности, а 27 ноября "Рыльск" под командованием капитан-лейтенанта Дохтурова поднял якоря. На борту барка в качестве пассажира отправился в свой последний вояж Александр Андреевич Баранов. Узнав что Нанук уезжает навсегда многие вожди приехали проводить его. Прибыл с Ситхи во главе большой свиты даже старый враг Катлеан. А старый друг, вождь хайда Кау, из-за болезни приехать не смог и прислал своего сына того же имени, ему-то и подарил правитель кольчугу, которую почти не снимал столько лет. Приехали так же десятки других вождей атене, нутка, ковичан, чинук, чехалис и множества иных племён. Это не был патлач, вожди приехали проститься с тем, кто смог подняться над всеми.
В пути открылась течь и, для ремонта, была сделана остановка в Батавии(Джакарта). Продлилась она 36 дней и всё это время Баранов жил на берегу в гостинице. Непривычный тропический климат вызвал жестокую лихорадку но Александр Андреевич требовал скорейшего отплытия, надеясь что морской воздух принесёт ему облегчение. Но этого не случилось. 16 апреля 1819г, спустя четыре дня после выхода из Батавии Правитель скончался. Похоронен он был по морскому обычаю в водах Зондского пролива.
Гагемейстер по прибытии в Петербург ушёл в отставку по болезни и лишь в 1828г. вернулся на службу, для того чтоб ещё раз посетить берега Америки. Он. умер в 1833г. в чине капитана 1-го ранга, перед отправлением в свою пятую кругосветку.
Смерть человека барановского масштаба всегда вызывает всевозможные кривотолки. Вот и теперь поползли слухи, что будто бы документы, которые он вез в Петербург для отчета о своей 28 летней деятельности на посту главного правителя, исчезли, а храниться они могли только у капитана корабля, то есть у Гагемейстера. Честный Баранов и его отчеты, кого-то явно не устраивали в ГП. Петербургское правление РАК составляло подложные отчеты. РАК получала огромные прибыль от колоний, а показывало в отчетах, что терпит убытки. Появление Баранова в Петербурге было очень опасно и могло привести к разоблачению деятельности верхушки РАК, поэтому уничтожение или сокрытие документов и отчетов Баранова было выгодно. Следовательно Александр Андреевич был отравлен. Василий Петров написал на эту тему целый документальный детектив. В этих трудах замалчивают, что для 72-хлетнего больного человека резкая перемена климата и тяжелое морское путешествие с пересечением экватора не могло пройти бесследно. А воровство, несомненно присутствующее, по сравнению, например, с укрыванием доходов 1808-12гг. было вполне гомеопатическим. Как доказал в своей работе, уклончиво названной "Неофициальные финансовые операции РАК", Н.Н.Болховитинов, с 1799 по 1816г. на поставках в колонии было украдено всего 1067095руб, то есть менее 3,5% от незарегистрированных доходов с трансатлантической торговли. Во всех иных "неофициальных операциях" документы имеющие место быть у Баранова никакой роли играть не могли.*(2)
Наши современники так же нередко упрекают Баранова в намеренной жестокости, что не верно. Александр Андреевич был суровым и требовательным начальником, соответствующим времени и условиям в которых он жил. Расширяя и укрепляя, по мере сил, российские владения в Новом Свете и защищая людей, находившихся под его опекой, он не щадил ни себя ни других. Его принцип "народ для империи, а не империя для народа". Подобные представления вообще характерны для российского общества, а Баранов был большим патриотом. Труд, здоровье, жизнь отдельных людей и целого поколения туземных и русских работников, своей жены, сына и дочерей были принесены им в жертву интересам государства. Баранов был сыном своего времени и общества и точно выполнял возложенные на него этим обществом обязанности. Не столько для личного обогащения и даже не для выгод компании, сколько ради интересов империи он взял на себя нелегкое бремя руководства российскими колониями в Новом Свете. Баранов писал: "Что же до моего об общем благе, выгодах компании и пользах Отечества старании, кое последнее принял я за главный предмет, с самого начала моего вступления в правление предпочтительно пекся, нежели о частных и того меньше собственных моих выгодах, не обнадеживал я ни языком, ни бумагами, но доказал и доказываю поднесь прямою деятельностью". И в этих его словах нет ни капли лжи или самолюбования.
Выдающийся исследователь Аляски Лаврентий Алексеевич Загоскин вообще считал, что Русская Америка, "…эти полтора миллиона квадратных верст материка …есть подарок России от первого главного правителя колоний, впоследствии коллежского советника - Александра Андреевича Баранова… человека, обрекшего себя на 28-летнее отлучение от родины, им пламенно любимой, в край совершенно новый и дикий в ту пору для всей Европы".
