Со времени переворота и «чистки» 1418 г. позиция Парижского университета оставалась неизменной. Против идей Жерсона, торжествовавших в буржском королевстве, Университет укреплял своё влияние и могущество, опираясь на папскую власть. В свою очередь Св. Престол стремился опираться на Парижский университет и в борьбе с Соборами, и в борьбе с галликанской «схизмой».
Несмотря на противодействие Мартина V, новый Собор, предусмотренный Констанцским, собрался в Сиене в 1423 г. более или менее в срок. Французское духовенство, руководимое арманьякским епископом Сен-Флурским, явилось на него с широкой программой церковных реформ. Сопротивление Св. Престола не замедлило сказаться, и начался кризис. Делегация Сорбонны тем временем была ещё в пути, и представители французского клира, уже находившиеся в Сиене, имели наивность думать, что найдут в ней союзника, несмотря на политическую борьбу внутри Франции. В этом же смысле Иоанн Рагузский писал делегатам Университета: «Торжество или полная гибель Собора зависит от вас». Наконец делегация прибыла в составе шести человек, среди которых – архиепископ Руанский Роштайе, Шюффар (может быть, не кто иной, как хорошо нам известный «Парижский Буржуа») и Жан Бопер (которого мы увидим вторым по значению лицом на суде над Девушкой). По прибытии делегация немедленно сговорилась с папой, получив от него полное удовлетворение по привезённому ею списку университетских кандидатов на церковные должности. После этого Роштайе предложил всем вообще французским клирикам возвращаться домой, грозя им в противном случае «негодованием короля Франции и Англии». Собор был сорван. Арманьякское духовенство успело только продекларировать для буржского королевства восстановление галликанских вольностей.
От этого фактического выхода арманьякской Франции из подчинения римской власти у Мартина «несколько перехватывало дух», по выражению одного из современников. Протестуя против «этого мятежа против Церкви», этого «преступления и вечного срама», Мартин V писал Карлу VII: «Посмотри и подумай, есть ли тебе смысл при нынешних обстоятельствах нажить врагов в лице Церкви».
Аргумент «при нынешних обстоятельствах» был чрезвычайно серьёзный, французскую монархию не могла не тревожить поддержка, которую Св. Престол всё более оказывал англо-бургиньонам, и правительство Карла VII пошло было на уступки: в 1426 г. Режинальд Шартрский подписал в Риме конкордат, в значительной степени отменявший галликанские вольности. Но, как мы уже говорили, этот конкордат остался мёртвой буквой: вследствие противодействия клира и парламента оказалось невозможным ввести его в действие в «буржском королевстве». Формально конкордат истёк в 1431 г., во время процесса Жанны д’Арк, и возобновлён не был.
В последующие годы буржскому правительству пришлось многократно протестовать в Риме против назначения во Францию епископов, явно враждебных национальной монархии (в Сен-Мало, в Турне, в Лангре). Желю со своей стороны прямо писал папе Мартину V:
«Говорят, что достойно удивления, как Вы оказываете великие милости и такую поддержку партии, враждебной королю, и что ради этого Вы даже не желаете назначить кардиналом никого, кто мог бы в Риме защищать его (Карла VII) права… Откуда, Ваше Святейшество, возник слух, что если Вы не наведёте в этом порядка, то будет принято решение выйти из подчинения вам», – угроза, которую Желю сопроводил исторической справкой о «соблазне», произошедшем из-за «отделения греков от Римской Церкви».
В 1432 г. по просьбе самого французского духовенства Карл VII издал особый ордонанс, согласно которому церковные бенефиции могли предоставляться только лицам, рождённым во Франции и «верным королю».