В 1926 году началась публикация сборников «Гу-ши-бянь» («Критика древней истории») под редакцией Гу Цзегана, завершенная в 1941 году. Всего было опубликовано 7 томов. Там исследовались наиболее сложные проблемы древней истории, философии и источниковедения Китая. В результате публикации 1‐го тома «Гу-ши-бянь» Гу Цзеган получил всекитайскую известность. Он был приглашён в университеты Шанхая и Сямэня, совмещая курсы лекций и работу в древлехранилищах. В 1927 году он стал профессором и деканом исторического факультета университета Сунь Ятсена в Гуанчжоу. В феврале 1929 года он вернулся в Пекин и занял место научного сотрудника Гарвард-Яньцзинского института и в 1931 году стал читать лекции на историческом факультете Пекинского университета. Его лекции для Пекинского университета в 1950‐х годах были опубликованы под названием «Краткая история династии Хань». В 1936 году Гу Цзеган был избран деканом исторического факультета Яньшанского университета и главным редактором исторического журнала Пекинского университета. В 1937 году он был избран председателем Общества фольклористов. После начала японо-китайской войны Гу Цзеган был эвакуирован в Суйюань, а далее отправился в Ланьчжоу, будучи назначен главой инспекции образования китайского северо-запада, финансируемой Англией. В 1938 году он стал профессором Юньнаньского университета в Куньмине, а в 1939 году – профессором Университета Цилу в Чэнду. В марте 1941 года Гу Цзеган назначен председателем вновь основанного Общества по изучению границ Китая. В июне 1941 года его перевели во временную столицу Китая – Чунцин, где Гу Цзеган стал заместителем главного редактора журнала «Вэньши» и работал в эвакуированном из Нанкина Университете Чжунхуа, где в 1942 году был избран ординарным профессором. В 1944 году он стал профессором эвакуированного Фуданьского университета, а в 1946 году был командирован в Пекин (тогда Бэйпин) для оценки ущерба, который нанесли японские оккупанты Национальной библиотеке. Он также возглавлял издательство «Великий Китай» в 1946–1953 годах. В 1946 году Гу Цзеган стал сотрудником в Институте социального образования, а также был избран деканом исторического факультета университета в Ланьчжоу. В 1948 году он переехал в Шанхай и был действительным членом Академии наук Китая по отделению гуманитарных наук. В 1949–1950 годах Гу Цзеган был членом комитета по культурным реликвиям Шанхая и городского отделения Общества новой истории. В 1950 году он был избран членом провинциального собрания народных представителей от Сучжоу. В 1951 году Гу Цзеган участвовал в идеологической кампании «Против трёх зол» (империализма, феодализма, бюрократического капитала). В 1952 году он вернулся на штатную должность в Фуданьский университет и был избран председателем шанхайского отделения Китайского исторического общества.
В 1953 году был закончен «Атлас истории Китая», одним из главных консультантов и редакторов которого был Гу Цзеган. В августе 1954 года Гу Цзеган был переведён на должность научного сотрудника Института истории Академии наук в Пекине, который оставался основным местом его работы до конца жизни. В феврале – марте 1955 года Гу Цзегану пришлось участвовать в кампании Академии наук по критике работ историка Ху Ши. В ходе этой кампании Гу Цзеган утверждал, что не признавал «феодальной историографии» и стремился к раскрытию объективной истины, а текстологические исследования, за которые его критиковали, не имеют с «феодальными пережитками» ничего общего. После этого от него потребовали «разоблачения» и «самокритики» в письменном виде, осуждения Ху Ши и подвергли проработке на бюро Единого фронта 26 марта 1955 года. В 1956 году было ликвидировано общество «Юйгун».
Во время «Великой пролетарской культурной революции» Гу Цзеган был объявлен «буржуазно-реакционным академическим авторитетом». 25 августа 1966 года квартира учёного была разгромлена хунвэйбинами-школьниками, погибло много писем и фотографий, а 29‐го числа группа культурной революции Академии наук опечатала библиотеку Гу Цзегана и тем спасла её от уничтожения; однако пользоваться книгами стало на долгое время невозможно. Травля ученого прекратилась только в 1971 году, когда премьер Госсовета Чжоу Эньлай предложил осуществить современное издание «24 династических историй». 1 января 1972 года Гу Цзеган был назначен главой комитета по современному изданию «24 династических историй», которое завершилось в 1978 году. Учёному были возвращены конфискованные рукописи и библиотека. Также он был избран в ВСНП.
