Ученый не скрывал радости от смерти Мао Цзэдуна и ареста «Банды четырёх». В 1979 году, после начала процесса над «Бандой четырёх», Гу Цзегану была заказана передовая статья в газету «Гуанмин жибао» на тему исторической критики. В том же году историк принял участие в дискуссии о древнейшем названии китайской этнической общности Ся, или Чжунхуа. В апреле 1980 года Китайское историческое общество избрало его своим председателем. 25 декабря 1980 года Гу Цзеган скончался в Пекине от ишемического инсульта. Библиотека Гу Цзегана, насчитывавшая более 46 тысяч томов, была сохранена в Информационном центре Академии общественных наук Китая.
Гу Цзеган первым предложил теорию стадийного формирования историографии китайской древности. Он полагал, что чем позже появляется мифологический персонаж в литературных текстах, тем к более древнему периоду относится его деятельность. А чем позже сложился миф, тем более детальным он является и тем более могучим изображается его главный персонаж. Причины искажения древней китайской истории Гу Цзеган видел в четырех идолах конфуцианства: идол расового единства китайской нации и ханьцев как её основы; идол исторической непрерывности китайской цивилизации; идол монархии как единственный политический принцип; идол конфуцианского канона как единственной основы науки и образования. Очистка информации древних текстов от влияния «идолов», по мнению ученого, позволяет создать истинную картину древней истории Китая. Он считал, что одному человеку не под силу охватить все аспекты древней истории Китая, а комплексное исследование палеографии, исторической лингвистики, религии, общества и этноса – это мечта о далёком будущем. Историк чаще ставит вопросы, чем дает ответы. Конфликты и интеллектуальное недовольство Гу Цзеган считал важной составной частью процесса познания, поскольку они стимулируют поиск решений проблемы. В автобиографии 1926 года ученый утверждал, что прогресс в Китае исходил не из имперского центра и высокой культуры правящих меньшинств, а от простого народа, не отравленного официальным конфуцианством, и представителей этнических меньшинств с периферии. В соединении необразованного ханьского большинство и периферийного этнического многообразия он видел возможность обновления страны. Главную задачу правительства ученый видел в «перенесении периферии в центр» посредством мобилизации масс и подъёма их культурно-образовательного уровня. Ши Ху и другие историки обвиняли Гу Цзегана в том, что он отверг академическую науку в пользу древнекитайской мифологии.
В январе 1933 года, отвечая на вопросы анкеты шанхайского журнала «Дунфан цзачжи» «Каким господин мечтает видеть будущий Китай? Какие мечты у господина относительно собственной жизни?», Гу Цзеган заявил, что мечтает о тех временах, когда в Китае не останется наркоманов, будет ликвидирована деспотическая семейная система, будет поощряться миграция и каждый получит профессию, а интеллигенция «пойдёт в народ». Ученый считал, что марксизм – «это не приправа, которую можно добавлять в любое блюдо» и он не настолько применим к области древнейшей хронологии или биографии, чтобы во имя него отказаться от принципов текстологии и других вспомогательных дисциплин. Он полагал, что задачей историка является не установление истины, а воссоздание комплексной картины изменений исторического сознания. Историк утверждал, что историческое исследование всегда политически обусловлено вследствие социального заказа и личных убеждений ученого. Но он протестовал против монополизации политического дискурса государством для продвижения определённой доктрины в массы, что имеет катастрофические последствия для исторической науки.
Гу Цзеган является автором следующих работ: «Гуцзи каобянь цункань (Собрание исследований о древних книгах)» (1955), «Цинь-Хань-ды фанши юй жушэн» («Знахари и ученые конфуцианцы периодов Цинь и Хань») (1957) и др.
