В 1943 году Поршнев начал работать в Институте истории АН СССР старшим научным сотрудником. С 1957 по 1966 год он заведовал сектором новой истории западноевропейских стран Института истории АН СССР, а затем возглавлял сектор истории развития общественной мысли. В 1946–1962 годах он был профессором Академии общественных наук при ЦК КПСС. В 1947 году Поршнев был заведующим кафедрой новой и новейшей истории МГУ и в дальнейшем преподавал на ней. В 1966 году он защитил монографию «Феодализм и народные массы» (1964) как диссертацию на соискание учёной степени доктора философских наук. Он был почётным доктором Клермон-Ферранского университета во Франции (1957). В 1949 году Поршнев был удостоен Сталинской премии 3‐й степени. Историк умер от инфаркта 26 ноября 1972 года в Москве.
Еще в школе Поршнев пришел к выводу, что «существующие книги описывают события, но не саму историю». Фронду он включал в контекст народных движений и сравнивал с английской революцией. На первом этапе Фронда – это «движение, протекающее под революционно-демократическими лозунгами и богатое революционными выступлениями масс», когда обиженная правительством Мазарини чиновная буржуазия сделала попытку «возглавить и развить народные революционные силы для буржуазной революции». Однако на втором этапе буржуазия, испугавшись народа, капитулировала и «пошла на сближение с абсолютизмом». Фронда, таким образом, была неудавшейся буржуазной революцией.
Поршнев пытался выработать общий «закон феодального общества», в котором главную роль должна была играть классовая борьба, которую он считал универсальным носителем энергии исторического процесса. Он утверждал, что «с того момента, как капиталистический уклад появился и более или менее созрел в недрах феодального общества, крестьянская борьба против феодальной эксплуатации уже не является такой бесперспективной, как прежде: налицо объективные экономические предпосылки для замены старого способа производства новым. Следовательно, с зарождением капитализма в недрах феодального общества крестьянские восстания приобрели новый исторический смысл: отныне они могли привести к отмене феодальной эксплуатации, хотя и не к отмене всякой эксплуатации. Отныне каждое крестьянское восстание потенциально содержало в себе возможность буржуазной революции, дело зависело только от готовности буржуазии смело его возглавить. Изменился не принципиальный характер крестьянских восстаний, наполняющих Средневековье, изменился их возможный исход. Но для этой победы буржуазия должна была отказаться от роли «среднего класса» и не только открыто стать на сторону народного антифеодального лагеря, но и возглавить его. Чем более капиталистическому укладу становилось тесно среди господствовавших феодальных производственных отношений, тем более стихийно возрождался союз буржуазии с крестьянством, из рядов которого она некогда вышла. Только руками крестьянско-плебейской массы буржуазия могла опрокинуть феодализм. Только под руководством буржуазии крестьянство в ту эпоху могло опрокинуть феодализм. Несмотря на долгие колебания, буржуазии и ее попытки цепляться за выгоды прежнего положения в феодально-абсолютистском мире, этот союз неумолимо складывался. Все сильнее становились влияния крестьянства на буржуазию, а буржуазии на крестьянство».
Поршнев отстаивал тезис о существовании системы международных отношений в Средневековье в позднейшие эпохи и утверждал, что без хлебных субсидий со стороны Московского государства Швеция не смогла бы вступить в Тридцатилетнюю войну. Касаясь начал человеческой истории, Поршнев искал признаки сосуществования Homo troglodytes и Homo sapiens в мифах, преданиях, верованиях, культах. Он писал об отражении сосуществования людей и неандертальцев в исторические времена в археологических памятниках, предметах искусства и в описаниях представителей зарождавшейся науки. Согласно поршневской теории, а вернее, гипотезы, люди появились благодаря изобретению языка, орудия суггестии (внушения), которое позволило им подчинить животных и другие человеческие группы своей воле, а также сопротивляться воле других людей. Поршнев полагал: «Историзм приводит к тезису: на заре истории человек по своим психическим характеристикам был не только не сходен с современным человеком, но и представлял его противоположность. Только если понимать дело так, между этими полюсами протягивается действительная, а не декларируемая словесно дорога развития».
