После подписания 21 марта 1800 года Константинопольской конвенции и условного принятия Византийской конституции Томара, не дожидаясь ратификации Павлом I первой и одобрения второй, сообщил об отмене Временного плана Теотокису, который в свою очередь, ни слова не сказав Ушакову, разослал по островам циркулярное письмо с этим известием. Ушаков, при всем своем недоверии к Теотокису, все же полагал, что может в борьбе за Временный план рассчитывать на поддержку Сената. Когда его глава распространил по островам письма Томары, адмирал вознегодовал. Позиция Томары стала известна Сенату и была воспринята как отстранение Ушакова от управления.
Вскоре Константинопольская конвенция получила одобрение Сената.
Так решилась судьба Временного плана, автором которого считают Ушакова. Порта, нобилитет, английская дипломатия и, не в последнюю очередь, В.С. Томара совместными усилиями практически дискредитировали план и приняли новый.
Личные чувства, как и всякий человек, Ушаков старался скрыть, хотя и был, как утверждают, весьма вспыльчивым, но отходчивым человеком. Тем драгоценнее те немногочисленные материалы, в которых они раскрываются. Среди них, как утверждает А.М. Скаловская, – исключительно интересные по откровенности и эмоциональной насыщенности письма Ушакова Н.А. Тизенгаузену первой половины 1800 года. Томара называл Тизенгаузена «любимым наперсником» адмирала-Ушаков и сам говорил о своем к нему доверии, делился с ним своими помыслами и переживаниями. Он исполнял множество самых важных поручений российского адмирала в основном в политической сфере деятельности.
Отмена Временного плана и принятие Византийской конституции побудило Ушакова к грустным размышлениям о будущем островов, о бедах, которые принесет ионическим грекам аристократическая диктатура, об ответственности нобилей за неизбежный взрыв народного негодования. «Что делать с неразумными людьми, когда они не чувствуют то худое, что делают? Всему этому виноваты три или четыре человека из первых, но чем виноват весь народ за бездельничество немногих, за что многие тысячи страдать будут только за них? Первый план был сделан сходно с моим желанием и, по мнению моему, с лучшей выгодой для их миролюбия между собою» (цитата по А.М. Скаловской).
Дворянство, немногие, продолжает адмирал, «только искали себе преимущества по несносной гордости венециян». Несколько членов Сената тайно подстрекали депутатов в Константинополе к перемене конституции, забрасывали их просьбами о том. То была интрига, направленная непосредственно против него самого, Ф.Ф. Ушакова, грозящая ему царской немилостью: «Следовательно, эти просьбы были против меня, а не против кого другого. Они и до государя императора, уповаю, доходили в таком виде, следовательно, во вред мне. Но я презираю дерзость этих малого числа людей и стараюсь и ищу благоденствия многих. Добрая и верная служба ничем вознаграждена быть не может, кроме как чувствованием спокойной совести. Вы читали Велизера, помните его наставление и последуйте оному и моему примеру» (цит. по А.М. Станиславской).
Адмирал неоднократно в письмах жаловался на зависть, выражал надежду, что когда-нибудь император узнает правду о его подвигах. Но, конечно, он не мог не понимать, что завистники завистниками, а награды за столь значительные дела, как Корфу и итальянские операции, давал (или не давал) сам Павел I. В ожидании, что жалобы нобилей дойдут до Павла I, что нелюбовь к нему императора быть может перейдет в открытую опалу, Ушаков и припомнил другие схожие исторические фигуры – Юстиниана I и Велизария.