После подписания Константинопольской конвенции продолжать борьбу за Временный план Ушаков не мог: это означало бы открытое сопротивление воле и решениям двора. Извещая Тизенгаузена о происшедшем, о победе нобилей, он писал ему со скрытой болью и с печальной нотой: «Депутаты их в Константинополе все наши дела и труды опрокинули и все переменили, сделали худо и весьма худо, но поправить уже не можно, потому полагаю лутче умолчать». Телесницкому и Тизенгаузену (он был тогда на Кефаллинии) адмирал строго-настрого предписывал, чтобы они «отнюдь никаких перемен в правлении не делали», чтобы «ни в какие перемены не входить и ничего вновь не учреждать». Тизенгаузен предложил было, чтобы Сенат послал новых депутатов в Петербург и Константинополь с ходатайством о восстановлении Временного плана (такие пожелания высказывали сами местные жители). Ушаков подобную мысль решительно отверг: «Паче всего посылки в Санкт-Петербург с новой просьбою ни под каким видом предпринимать не следует, и из таковой посылки, кроме вреда, ничего быть не может». Равно запретил он и препятствовать введению Византийской конституции («лутче теперь не делать никакую расстройку, дабы не замешался кто в противность высочайшему положению»). Тизенгаузену Ушаков предписал действовать на Закинфе через Генеральный совет и другие местные органы, не допуская «принуждения», не давая повода для клеветы. О себе он теперь говорил, что старается не участвовать в ионических распрях, что ни во что не вмешивается: «Я при всем чувствуемом оскорблении стараюсь об тишине… А я с обеих сторон хочу быть в стороне. Вас разумею я как себя, по моей к вам доверенности. Удаляйтесь от всяких мелочных дел, оставляйте их судебным местам. От мелочных просьб отходите политически, как я делаю». При безоговорочно отрицательном мнении о Византийской конституции и её институтах прямое сопротивление Ушаков считал безнадежным: «Провидению Божескому препоручить их (острова) должно, что угодной вышней власти, будь его святая воля. Я во всех моих делах чист и свободен, с тем их и оставляю».
А. М. Станиславская, исследовавшая вопрос дальнейших взаимоотношений Тизенгаузена и Ушакова утверждает, что остаётся неясным, как сложились их отношения после катастрофы Временного плана. В конце пребывания эскадр при островах Тизенгаузен тяжело заболел, и ему пришлось надолго задержаться на о. Закинф для лечения. Последнее из известных ей писем Ушакова Тизенгаузену удивляет своим холодным, строго официальным тоном, совершенно непохожим на недавнюю интимность.
Византийкую конституцию одобрял не только Генеральный совет Корфу, но и Генеральный совет каждого острова. И тут произошел сбой. Конституцию открыто отверг и осудил Генеральный совет Занте. Депутаты Макрис и Кладис заявили на ассамблее Совета, что депутаты в Константинополе не имели полномочий на её составление. Совет принял решение о направлении к российскому двору депутата Занте для выражения неодобрения Византийской конституции. Выбор пал на Макриса, который заявил на ассамблее, что он отправится в Россию «для блага бедных и для блага народа». Проект направления в Петербург депутатов не осуществился – Ушаков тому воспротивился. Сенат отказывался признать законными указанные выше решения Генерального совета. Участники волнений подкрепляли свою позицию ссылками на то, что их поддерживает Тизенгаузен, представитель Ушакова.
Открытая и бурная вспышка народного недовольства зрела и на других островах. Местные правительства Кефаллонии, Св. Мавры, Паксоса также приняли решения о направлении представителей в Петербург для протеста против Византийской конституции.
Уже когда осенью в Константинополе чествовали победителя Корфу, с островов шли тревожные вести о народных волнениях, турецкие сановники не знали, как быть, депутаты добивались решительных мер. Томара и Порта требовали от Ушакова оказать воздействие на население. Ушаков в особом обращении «по долгу дружбы моей к всему обществу сих островов» и как их освободитель и организатор управления призвал «все неприличные между собою распри и несогласности примирить», местным правительствам повиноваться Сенату, «а последнему строго следовать закону». Ушаков особо выделил «народ нижнего класса» – ему он рекомендовал «удержаться от всякого неприличного роптания» и «иметь совершенное послушание». В личном письме П. Булгарису (рассчитанном, однако, на ионическое общественное мнение) Ушаков сообщил о ратификации Павлом I Константинопольской конвенции и о том, что порядки, ею установленные, одобрены императором, и просил его не допускать «никого и ни до каких развратов».