После отбытия Ушакова, со второй половины 1800 года Республика вступила в этап все более обострявшегося социально-политического кризиса. Переплетался национальный и сословный протесты. Ионические греки не принимали сюзеренитета султана, установленного Константинопольской конвенцией. Не принимали они и реставрации неограниченного политического господства наследственного дворянства, что составляло суть Византийской конституции. Деревня и город, крестьянство, городской плебс, буржуазия действовали солидарно, объединились в борьбе против привилегий нобилитета
По островам в июне-августе 1800 года прокатилась волна народных выступлений. Вспыхнуло восстание на о. Корфу. Крестьянские отряды заняли главный город острова, который в дальнейшем фактически отпал от Республики; Сенат потерял над ним контроль. Ещё более серьезный характер приняло народное движение на Кефаллинии, где 12 августа 1800 года вооруженные крестьянские отряды на время заняли главный город Аргостолион. В движении на Кефаллинии проявилось недовольство нарушением порядков, установленных Временным планом. В дальнейшем в Аргостолионе и его области восстановилась власть сторонников Византийской конституции, но остров разделился на две части – в отличие от Аргостолиона, второй по значению город Ликсури и его округ стали опорным пунктом несогласных. В 1800–1802 гг. на острове фактически шла гражданская война.
Демократическая составляющая антифеодального движения на островах с ходом событий 1800–1802 гг. становилась всё заметнее. Высшей точкой его был созыв народного представительства о. Корфу в октябре 1801 года. Вслед за тем вмешательство великих держав в 1802 году положило конец народному выступлению против сюзеренитета султана и господства нобилитета.
20 сентября 1800 года в Константинополь пришла ратификация Павлом I конвенции России и Турции о статусе Ионических островов. Подписанные документы 1 октября Томара разменял с реис-эфенди под гром пушек кораблей русской эскадры и турецких береговых батарей, салютовавших торжественному акту. После обмена ратификациями депутаты в Константинополе (Н. Граденигос Сикурос ди Силлас, А.М. Каподистрия, Т. Сикурос, А. Левкокилос) приняли звание чрезвычайных послов и полномочных министров Республики при Порте и получили торжественные, пышно обставленные аудиенции 13 октября у каймакам-паши и 23 октября у самого султана; принял их и патриарх Григорий V. Русские торговые корабли и турецкие батареи константинопольской пристани отдали салют флагу новой Республики Семи Соединенных островов.
Чествовали первое греческое государство и в Санкт – Петербурге – аудиенция у императора, приемы у руководителей Коллегии иностранных дел, награждения – обо всем этом с гордостью сообщали Сенату депутаты Орио и Кладана.
Молодая Республика заняла своё место на европейской сцене, вошла в число европейских государств. В Константинополе Республика имела своего представителя А. Левкокилоса. Амьенский договор 1802 года подтвердил её международный статус. Таким было политическое наследие действий соединённых русско – турецких эскадр в Средиземном море.
В 1802 году для успокоения населения на острова Россией с согласия Турции и Франции были направлены немногочисленные войска и полномочный представитель Александра I Г.Д. Мочениго, уроженец островов, состоявший на российской дипломатической службе. Рядом политических акций Мочениго показал классовую, дворянскую ориентацию политики Александра I, его враждебность демократическому движению на островах. Но позиция России в политических проблемах Республики обнаружила также и готовность Александра I к частичному компромиссу с местными буржуазными кругами. Плодом подобных попыток была относительно либеральная ионическая конституция 1803 года – результат совместной деятельности и русских, и ионических правительственных кругов. В это же время близкие к императору сановники помышляли о необходимости изменений – хотя и умеренных, ограниченных – в самой России.
Содействие России Ионической республике в 1802–1807 гг. было широко и многообразно. Тогда заметно улучшилось её экономическое положение, чему в значительной мере дал стимул спрос, предъявлявшийся русскими военно-морскими и сухопутными силами, которые в это время находились на островах под командованием вице – адмирала Н.Д. Сенявина. При покровительственных мерах России развивалась ионическая торговля в Черном море. Мочениго в сотрудничестве с И. Каподистрией, в эти годы видным деятелем Республики, старался всеми мерами содействовать развитию просвещения на островах. Первые шаги в этом направлении сделал Ушаков.