При Ушакове оживились связи России с греческими капитанами, с клефтами и арматолами материковой Греции. (Клефты – участники незаконных вооружённых формирований в Османской империи, борющиеся за свободу и православную веру, сами себя они называли паликарами – сильными молодцами. Арматолы – представители местного христианского населения (преимущественно греки), имевшие право на ношение оружия. По поручению османских властей они поддерживали порядок на местах, преследовали преступников, боролись с отрядами клефтов). В 1802–1807 гг. связи эти широко развернулись. Под эгидой России Ионические острова стали тогда центром складывавшегося греческого национально-освободительного движения, греческим национальным очагом.
Политическая необходимость проведения Итальянской кампании возникла в ноябре 1798 года, ещё до овладения крепостью Корфу. Дипломатическая и военная подготовка кампании продолжалась до середины апреля 1799 года. Соединённые русско – турецкие эскадры смогли начать кампанию только частью сил, остальные были не боеготовы. В конечном итоге содержание Итальянской кампании составили: действия сил эскадр по освобождению провинции Апулия и оказанию содействия войскам А.В. Суворова; действия эскадры в Адриатическом море (блокада и освобождение крепости Анкона); действия десантных войск русской эскадры при освобождении Неаполя; маневр основных сил союзных эскадр в Неаполь; поход союзных войск и занятие Рима; участие русских кораблей в блокаде Генуи в 1799–1800 гг.; переброска русских войск неаполитанской гвардии в Неаполь; действия эскадр по перехвату французских судов, следующих из Египта в 1800 году; подготовка к участию в овладении совместно с эскадрой Г. Нельсона островом Мальта; поддержание благоприятного режима и установление власти на островах. Действия эскадр развернулись на огромном пространстве Адриатического, Ионического, Тирренского, Лигурийского, Эгейского и Черного морей. По продолжительности кампания заняла более восьми месяцев. В результате военных действий в ходе кампании совместными с союзниками силами удалось освободить Неаполитанское королевство, занять Рим, блокировать, а позже участвовать в освобождении укрепленной крепости Анкона, участвовать в блокировании французских войск в Генуэзском заливе и недопущении эвакуации французской армии из Египта.
Данный этап действий русских эскадр ни одним серьезным исследованием не освещен в достаточной мере. Не реконструирован ход решения данной задачи, хотя считается, что Ф.Ф. Ушаков с триумфом был отправлен с островов и из Блистательной Порты и без потерь привел корабли в Севастополь. Однако такое утверждение, мягко говоря, не соответствует действительности. За внешним триумфом и наградами скрываются серьезные трудности, связанные с непоследовательной политикой и упущениями в организации ремонта и снабжения кораблей в Средиземном море.
Из всех задач, которые выполняли эскадры, задача возвращения в Черное море оказалось одной из самых трудных. Об этом говорит то, что её начали выполнять в октябре 1799 года, а выполнили только в конце октября 1800 года. Ей посвящено самое большое количество документов: писем, ордеров, указов, повелений и т. п. Как и при выполнении других задач, при возвращении эскадра и лично Ф.Ф. Ушаков столкнулись, прежде всего, с политическими трудностями, а также с трудностями военного плана – состоянием кораблей и снабжением.
Ещё в 1798 году, впервые в русской истории, отправляя эскадру через Босфор и Дарданеллы в Средиземное море, Павел I требовал от Блистательной Порты гарантий её обратного возвращения тем же путем. Царь опасался, что при изменении обстановки Порта «захлопнет» проливы и Россия лишится с такими трудами созданного флота на Черном море. Гарантии относительно кораблей, следовавших с Ф.Ф. Ушаковым в 1798 году, были получены и закреплены в союзном договоре. Однако позже в Средиземном море оказалась черноморская «эскадра В.П. Пустошкина» и балтийская «эскадра П.К. Карцова», а относительно этих кораблей в договоре ничего не говорилось. Поэтому в будущем вполне возможны были трудности с их возвращением.
К октябрю 1799 года, когда в Санкт-Петербурге встал вопрос о возвращении эскадры, «отделённые эскадры» кораблей Ф.Ф. Ушакова выполняли задачи под Генуей, под Анконой, на Ионических островах и в Неаполе. Сам Ф.Ф. Ушаков с эскадрами П.К. Карцова и А.А. Сорокина находился в Неаполе и готовился к походу к о. Мальта для выполнения последней поставленной ему задачи – освобождению совместно с англичанами, португальцами и неаполитанцами острова. Он ещё точно не знал о том, что коалиция дала трещину и уже принято решение о возвращении армии А.В. Суворова и самого, – пока фельдмаршала, – в Россию. Вскоре, а именно 23 октября, в Гатчине был подписан рескрипт императора о возвращении эскадр и войск в порты Черного моря.