Положение усугублялось и тем, что из-за невозможности осуществить возвращение в зимнее время (в Черном море русские моряки плавали в те времена только в летнее время), русский посланник в Константинополе В.С. Тамара требовал решение царя содержать в «непроницаемой тайне», а союзникам объяснить, что эскадра идет к о. Корфа для починки кораблей и «за ненадобностью оной далее при берегах Италии…». И это при том, что только накануне обещали Нельсону содействие. Тамара предлагал после зимовки на о. Корфу трогаться в путь только по дополнительному сигналу.
Тут же в Мессине Ф.Ф. Ушаков узнает, что армия А.В. Суворова и сам полководец возвращаются в Россию. Естественно, сопоставляя последние политические события – уход турецкой эскадры в свои порты, перенацеливание армии А.В. Суворова в Швейцарию и её последующее возвращение, поведение австрийцев под Анконой и Генуей, он должен был понять истинную причину появления рескрипта императора о возвращении эскадры. Своё состояние и понимание ситуации Ф.Ф. Ушаков хорошо выразил в письме русскому атташе в Неаполитанском королевстве А.Я. Италинскому: «Я весьма бесподобно сожалею, что дела наши и приготовления в рассуждении Мальты расстроились, и, так сказать, все труды пропали. Я надеялся, соединено с англичанами, взять её непременно, но означенные в письме обстоятельства воспретили. Крайне сожалею и о том, что не мог устоять в условии с господином контр-адмиралом лордом Нельсоном и господином Бол (командующий отрядом английских кораблей в районе Мальты – прим. авт.), я весьма желал содействовать с ними вместе, но усмотреть соизволите, что все дела наши зависят от воли высочайшей. Есть известие, что к графу Александр Васильевичу Суворову-Римникскому давно уже посланы таковые ж высочайшие повеления, пишут, что, будто и уехал в Петербург, а войска наши начинают возвращаться в Россию» (Документы, т.3, док.183).
Направив необходимые указания В.П. Пустошкину, А.А. Сорокину, письма русским дипломатам и Г. Нельсону, 28 декабря Ф.Ф. Ушаков с эскадрой отбыл из Мессины к о. Корфа, куда прибыл в январе 1800 года. Здесь он узнает о трудностях с политическим устройством на островах и активно включается в данный процесс, а также организует ремонт кораблей, ожидая прибытия эскадр из под Генуи, из Неаполя и Анконы (В.П. Пустошкин, А.А. Сорокин и Н.Д. Войнович). А.А. Сорокин, кроме того, должен был забрать в Неаполе войска генерал-лейтенанта М.М. Бороздина (два батальона неаполитанской гвардии) и оставшуюся часть обоза войск генерал-майора Д.М. Волконского. Ушаков пытается заставить Блистательную Порту выполнять свои обязательства по снабжению эскадры.
С прибытием на о. Корфу, Ф.Ф. Ушаков запрашивает у Блистательной Порты разрешение на проход эскадры в Черное море для ремонта и быстрого её возвращения обратно. Разрешение будет получено только в апреле. Но к тому времени последовали новые указания из Санкт-Петербурга.
В начале февраля пришло указание оставить все-таки неаполитанскую гвардию М.М. Бороздина в Неаполе, а также организовать крейсерство совместно с англичанами для перехвата французских судов из Египта. Пришлось срочно готовить к выходу из Корфу эскадры П.К. Карцова и перенацелить на крейсерство эскадру В.П. Пустошкина. Боеспособных кораблей больше не оставалось. И, возникни необходимость срочной переброски войск Д.М. Волконского на Мальту, а это было более чем вероятно в тот момент, выполнять эту задачу было нечем. Фёдора Фёдоровича очень беспокоила эта ситуация. Он впервые оставался без резерва.
В конце апреля Ф.Ф. Ушаков докладывает рапортом царю, по существу о том, что боеспособных кораблей нет, и будут только через месяц, что на эскадре нет даже провианта. Турки снабжают только те корабли, которые в Средиземное море пришли с ним, и не поставляют провианта на корабли В.П. Пустошкина, П.К. Карцова и войска Д.М. Волконского. Всех их приходится содержать за общий счет, поэтому все питаются впроголодь. Аналогичное письмо направляет в коллегию иностранных дел Ф.В. Ростопчину в надежде, что он чем-то может помочь, особенно, в снабжении войск. Данные рапорт и письмо являются свидетельством того, что, несмотря на наступление летнего времени, эскадра была не способна двинуться в путь в свои порты. Ф.Ф. Ушаков объяснял свою беспомощность. Оценивая ситуацию, следует согласиться, строго юридически турки и не должны были это делать, ведь это не было оговорено в первоначальном соглашении. Об этом заранее должны были позаботиться российские дипломаты.
Несмотря на настойчивые требования прибыть срочно на Корфу, фрегаты А.А. Сорокина и Н.Д. Войновича, ремонтирующиеся соответственно в Неаполе и Анконе, не могли этого сделать.