В течение следующих двух месяцев (мая – июня) эскадра оставалась на Корфу и не могла двинуться в Черное море по следующим причинам: не было ясности относительно размещения русских войск на о. Мальта, в случае овладения им; новое поражение австрийцев от французов в Северной Италии и возможное новое привлечение эскадры для защиты Неаполитанского королевства; необходимость закончить ремонт кораблей; отсутствие провианта на переход. Последние две причины были основными и довели самого Ушакова до истощения. В письме В.С. Томаре 19 июня он писал: «Неимение провианта и невозможность без оного ничего произвести, всякие недостатки и неимущества довели меня от сумнениев в крайнюю слабость здоровья, и не знаю, что последует».
2 июля Ф.Ф. Ушаков собирает военный совет, где объявляет: просьбу короля неаполитанского; просьбу Порты (направиться к берегам Египта); повеление императора о доставке на Мальту пяти батальонов Волконского и Бороздина; ненадёжное состояние кораблей; недостаток продовольствия; вероятность того, что Мальта будет нескоро взята. Взвесив все указанные факторы, совет принимает решение, несмотря на просьбы о помощи неаполитанцев, несмотря на нерешенность вопроса с размещением войск на о. Мальта, несмотря на то, что шесть фрегатов остаются в Неаполе и Анконе, срочно следовать в черноморские порты. Сорокину и Бороздину предоставить защиту короля неаполитанского.
Вслед за тем были получены новые просьбы короля о помощи. И Ушаков собирает новый военный совет. 5 июля совет подтвердилсвоёпрежнее решение и на следующий день эскадры в составе 11 кораблей, двух авизо, одного транспорта и трех малых судов отправились в Константинополь. Накануне были отданы распоряжения эскадре А. А. Сорокина с войсками М. М. Бороздина оставаться в Неаполе «до высочайшего повеления», эскадре Н.Д. Войновича – немедленно следовать на Корфу (в который раз!), артиллерийской и инженерной командам под руководством подполковника Гастфера – оставаться на о. Корфу.
Отметим, что современные историки «потеряли» факт проведения двух военных совет – в подавляющем большинстве источников утверждается, что в начале июля Ушаков провел только один военный совет. На самом деле их было два, и на то были веские основания.
Проводы русских моряков были торжественными. Правительство Республики Семи Соединённых Островов в знак признательности и благодарности «за освобождение, за доставленное им благоденственное спокойствие, тишину и порядок…» наградило Ф.Ф. Ушакова золотой шпагой украшенной алмазами. От правительства островов Кефаллония и Итака Ф.Ф. Ушаков получил по золотой медали с надписью «за избавление сих островов», от правительства острова Занте – серебренный с позолотой щит с изображением семи островов «в их виде и в плане», золотую шпагу с военной арматурой и лаврами. В свою очередь, жители островов попросили оставить им для защиты хоть несколько малых вооруженных судов. Ф.Ф. Ушаков принял решение оставить на островах четыре полугалерки, всвоёвремя взятые в плен у французов и вооруженные двумя пушками каждая.
По пути в Константинополь были сняты русские команды со всех островов. Дальнейший переход к острову Тенедос (до 11 августа) сопровождался жестоким штормом. В результате корабль «Мария Магдалина» был поврежден, оторвались от эскадры транспорт «Григорий» и шхуна № 1. Самое же печальное – разминулись с фрегатом «Счастливый» и бригом «Александр», которые везли на эскадру провизию и такелаж из Николаева. Однако удалось встретиться с фрегатом «Поспешный», шебекой «Макарий» и судном «Красноселье» и с них «спешно» пополнить запасы.
27 августа были в Дарданеллах, где, опять же, «поспешно» приняли сухарей на неделю и красного вина на шесть дней. Только тут был получен указ Павла I о возвращении всех без исключения кораблей и войск в Черное море. Вновь встал вопрос об эскадрах Сорокина и Войновича, а также войсках Бороздина и Гастфера. Пришлось отдавать новые указания. Однако теперь их выполнить было ещё труднее, чем ранее. Войска Бороздина должен был доставить Сорокин, а за войсками Гастфера на Корфу отправлялся бриг «Александр». Позже, по возвращении в Россию, граф Н.Д. Войнович за невыполнение указаний Ушакова будет судим военным судом. Императоры спрашивали строго и с графов тоже.