Из-за неблагоприятных ветров эскадры только 10 сентября торжественно вошли в Константинополь и стали в линию напротив дворца султана. Начались визиты и награждения. Сначала прибывали мелкие чиновники с благодарностями, затем – с благодарностями, цветами и фруктами и, наконец – «первый драгоман Порты с объявлением высочайшего султанского благоволения; и в благодарность за услуги» с челенгом, украшенным алмазами. Однако при всем при том первый драгоман учтивым образом поинтересовался, где находятся корабли эскадры Балтийского флота. Получив правдивый и точный ответ, никак не прореагировал. Собственно говоря, это было единственное словесное напоминание о проблеме балтийских кораблей. То есть проблема, за которую сильно опасался Ф.Ф. Ушаков, решилась сама собой. Но ведь могла и не решиться…
В столице Блистательной Порты должны были состоятся торжества, посвященные провозглашению нового государства – Республики Семи Соединенных Островов. Русская эскадра должна была принять в них участие. Здесь Ушакова застало и другое приятное известие – Неаполитанский король прислал награды за Итальянскую кампанию. Орденом Св. Януария первой степени был награжден сам Ушаков, командорскими крестами Св. Фердинанда Сорокин и Белле и кавалерскими крестами Св. Константина – лейтенант Снаксарев, капитан Чебышев и поручик Александр.
В Константинополе Ф.Ф. Ушаков узнает о гибели в начале сентября в Черном море в 20 милях от входа в Константинополь габары «Кичкасы», следовавший с продовольствием и материалами для эскадры из Николаева (габара – парусное двух- или трёхмачтовое грузовое судно). Пришлось принимать меры для оказания помощи спасшимся людям.
Турки продолжали снабжать эскадру только свежими продуктами, всячески задерживая выдачу запасов необходимых для перехода в черноморские порты. Так прошел сентябрь, приближалось зимнее время, а с ним – шторма и невозможность пересечь благополучно море. 3 октября Ф.Ф. Ушаков в резких выражениях потребовал, именно потребовал, чего никогда ранее не делал, у русского посланника В.С. Томары – обеспечить снабжение эскадры, хотя бы сухарями, крупой и дровами на две недели. Требование возымело действие и 12 октября корабли снялись с якорей и тронулись в путь. Но на следующий день из-за неблагоприятного ветра пришлось вернуться в Константинополь.
Здесь ждало новое тяжелое известие. В Черном море погибли, возвращающиеся в Николаев после доставки на эскадру провизии, фрегат «Поспешный» и шебека «Макарий», а также бесследно исчезла шхуна № 1. С «Макария» спаслись все, а с фрегата только 49 человек, 13 человек погибло.
Тут же пришлось разбираться и ещё с одним неприятным случаем. Дело в том, что от о. Занте в Константинополь пришли фрегаты «Счастливый» и «Легкий», которые разминулись с эскадрой, везя ей провизию и материалы из Николаева. Ф.Ф. Ушаков устанавливает, что командир фрегата «Счастливый» лейтенант К.Е. Рубуш видел эскадру, но сознательно не пошёл на соединение с ней, «… не старался о поспешном своем походе, а продолжал гулянку, пьянку и пушечную пальбу, в пьянстве же своем… раздал по артелям деньги, отправленные с ним для сухопутных войск» Волконского. Рубуш был отстранен Ушаковым от командования кораблем и арестован для доставки в Ахтиар. Адмирал Ф.Ф. Ушаков умел быть и строгим.
Только 23 октября при благоприятном ветре удалось выйти к своим берегам. На подходе к побережью Крыма 26 октября снова встретили сильный норд-вест. До темноты в Ахтиарскую (Севастопольскую) бухту успели зайти только 9 кораблей, фрегат и 2 авизо. Корабли «Св. Петр», «Богоявление Господне», транспорт «Григорий» и требакул «Константин» остались на ночь в море. Только 2 ноября выяснится, что они укрылись от шторма в бухту Кафа (Феодосия). При этом корабль «Богоявление Господне» получил серьезные повреждения и не может без срочного ремонта перейти в Ахтиар. Потребовалось организовать целый комплекс действий, чтобы обеспечить переход корабля на зимовку в родной порт.
По прибытии в базу гренадерские батальоны Волконского сухим путем отправились в Херсон.
Подавляющее количество прибывших в Ахтиар кораблей (6 из 11) нуждалось в ремонте. Ф.Ф. Ушаков доносил: «Большому исправлению подлежат корабли «Св. Павел», «Захарий и Елисавета», «Св. Петр», а особо большие худости и ветхости имеют «Богоявление Господне», «Св. Троица» и ещё более корабль «Мария Магдалина». Все указанные корабли для сохранения устойчивости были частично разоружены. Исходя из этого, к декабрю поступило повеление императора – корабли, фрегаты и прочие суда эскадры ввести в гавань и разоружить.
Несравненно лучше состояния кораблей было состояние личного состава. Несмотря на все трудности, из 9100 человек эскадр больными вернулись в Ахтиар только 134 человека.