На основании изложенного можно сделать некоторые выводы о трудном возвращении эскадры. От рескрипта царя до прихода всех кораблей в Ахтиар прошло более года. За это время несколько раз изменялись указания царского Двора о дальнейших действиях. Длительное время эскадры не могли идти в Черное море из-за неисправности большого количества кораблей, а также отсутствия провианта и необходимых материалов. Командование Черноморских флотов в очередной раз вынуждено было отправить из Николаева отряд судов для доставки продовольствия эскадре, хотя снабжать эскадру должна была Порта. Из шести судов этого отряда в штормовую погоду в Черном море погибло три судна. Таких потерь не было за весь период военных действий в Средиземном море. Несмотря на принятые меры, 6 фрегатов так и не смогли покинуть Средиземное море из-за неоконченного ремонта и отсутствия провизии. Остались в Италии и на острове Корфу и несколько войсковых подразделений.
На этапе возвращения эскадры проявились существенные промахи дипломатического обеспечения присутствия эскадр и войск в Италии и на Ионических островах. Дипломаты так и не добились от Порты выполнения своих обязательств по снабжению провиантом эскадры. В свою очередь, Адмиралтейств-коллегия России не создала альтернативную турецкой систему ремонта и снабжения. Эпизодические поставки на эскадры из черноморских портов, как правило, опаздывали и не были согласованы с планами Ф.Ф. Ушакова.
К середине лета 1800 года большая часть кораблей, а следовательно, и эскадры в целом потеряли боеспособность и не могли выполнять боевые задачи. В относительно боеспособным состоянии оставались лишь корабли вице-адмиралов П.К. Карцова и В. П. Пустошкина, но и они не имели провизии для длительных действий. Поэтому эскадры вынуждены были срочно, несмотря ни на что, вернуться в свои порты. С приходом в Ахтиар все без исключения корабли пришлось поставить в ремонт. Образно можно сказать, что эскадры отдали все что могли и, по существу, прекратили на некоторое времясвоёсуществование, как боевые формирования.
В Ахтиар 26 октября вернулось только 12 из 22 кораблей русских эскадр. 6 по своему состоянию не смогли покинуть Средиземное море, а 4 из-за повреждений вынуждены были укрыться в Кафе (Феодосия). Вот таким победным было возвращение.
При этом следует учесть, что во время действий эскадры Ушакова в Средиземном море в Черном море действовала по общему плану и практически полностью
Анализ деятельности адмирала Ф.Ф. Ушакова часто ограничивают его успехами в овладении Ионическими островами, а здесь, главным образом, – в овладении крепостью Корфу. И далее делается переход к опале адмирала, к незаслуженной оценке «царским правительством его заслуг». Формируется утверждение, что «морской Суворов» не имел поражений, что у него не было неудач. Как видим, неудачи были и у Ф.Ф. Ушакова. Он был поставлен в невыносимые условия правительством, некоторыми дипломатами, противником и природой – отсюда и неизбежные потери.
Урок сей истории: если хочешь с помощью эскадры проводить самостоятельную политику, должен обеспечить собственными силами максимум её потребностей. Только в исключительных случаях следует обращаться за помощью к иностранным государствам, пусть даже своим союзникам. Различие интересов государств, а, следовательно, и динамичное изменение политики, в том числе в отношении эскадр, неизбежно.
Однако ушаковскую эпопею на этом возвращении нельзя считать законченной, так как в Средиземном море ещё оставались две эскадры под командованием Сорокина и Войновича.