История окончательного возвращения российских сил в Черное море до сих пор не написана, а оно было весьма долгим и драматичным. Достоверно не установлено, что докладывали в Санкт-Петербург Ушаков и Томара о причинах невозвращения указанных сил, но, судя по тому, как развивались последующие события, можно уверено предположить – часть вины они возложили на поведение самого капитана 2 ранга графа Н.Д. Войновича. Капитана 2 ранга А.А. Сорокина от подобного обвинения спасало нахождение российских войск в Неаполе и просьбы неаполитанского короля оставить русских для помощи ему.
По опубликованным документам (Коротков) датированным началом 1801 года видно как решительно действовал император, как вынужден был оправдываться Н.Д. Войнович, как напуганные данной историей действовали другие участники драмы. В феврале Н.Д. Войнович, оправдываясь, доносит царю, что, несмотря на плохое состояние фрегатов, он, выполняя приказ Ф.Ф. Ушакова, с риском для жизни отправился бы в море, однако у него не оказалось провианта. Тут же вторым донесением он сообщает, что теперь (в феврале) он не может отправиться из Корфу, т. к. артиллерия фрегатов оказалась небоеспособной. Пушки находились в трюмах кораблей, поэтому он не может защитить себя от возможного нападения англичан. Политическая ситуация переменилась и русские эскадры в Средиземном море впервые стали её заложниками. Н.Д. Войнович настолько опасался англичан, что весной (даты точно не установлены) покинул опасный о. Корфу и укрылся в Бриндизи. Однако вскоре снова вернулся на остров.
Примерно в те же дни в российской столице принимаются решения относительно оставшихся эскадр. Ответственность за безопасное возвращение эскадр император возложил на В.С. Томару. Кроме того, Павел I жестоко наказал одного из командиров эскадр: «… черноморского корабельного флота капитана 2 ранга графа Войновича, за ослушание начальства в том, что не возвратился с эскадрою к своим портам и остался самовольно на зимование в Корфу, исключить из службы с лишением чинов и отобранием патентов». В командование эскадрой должен был вступить капитан 2 ранга К.К. Константинов. Одновременно из Черного моря на Корфу была отправлена бригантина «Илларион» с канатами и припасами.
В.С. Томара, понимая реальную опасность для эскадр со стороны англичан и турок, которые отказались пропустить русских через пролив без согласия первых, приказал Константинову находиться на Корфу и ожидать прихода туда эскадры А.А. Сорокина из Неаполя. Томара считал, что фрегаты Сорокина были боеспособны и могли силой артиллерии защитить себя. Сам Сорокин и Италинский, который к тому времени стал полномочным министром в Королевстве, так не считали. Они приняли решение продолжать оставаться в Неаполе, однако и тут не исключалось нападение англичан. Таким образом, соединение российских сил затягивалось.
В начале апреля Константинов принял от Войновича эскадру в составе фрегатов «Сошествие Св. Духа», «Наварихия», «Богородица Казанская», бригантины «Новокупленная», брига «Бона-сорте». Своим решением он оставляет в эскадре, прибывшую из Черного моря бригантину «Илларион». Командира «Богородицы Казанской» англичанина капитана 2 ранга Мессера – отстраняет от командования и отправляет в Санкт-Петербург, Войновича же оставляет при эскадре. Знал бы он, что к тому времени произошли грандиозные перемены в России – был убит Павел I, а занявший престол Александр I уже помиловал Войновича «с возвращением чинов» и, что более существенно, снова взял курс на сближение с англичанами… Последнее сразу же сказалось на положении эскадр в Средиземном море.
Изменившаяся обстановка позволила летом 1801 года принять решение о возвращении эскадр из Корфу и Неаполя поодиночке. Повеление о немедленном возвращении самостоятельно Константинов получает 26 июля. Тут же, он доносит царю, что, несмотря на решение военного совета эскадры, оставаться на Корфу для защиты Республики, он отправится с эскадрой в Черное море при первом попутном ветре. Очевидно, на совете эскадры произошли разногласия между ним и остальными членами военного совета.
Эскадра покинула Корфу в ночь с 13 на 14 августа. Переход был трудным. Во время штормов суда получили повреждения и прибыли в Константинополь только 9 октября.
Несколько ранее сюда прибыл фрегат «Наварихия», которым командовал подробно охарактеризованный выше Тизенгаузен. Он должен был поступить в распоряжение Томары.