С прибытием в Константинополь, Константинов потребовал от Тизенгаузена, чтобы тот вернулся в его подчинение. И тут же сам получил указание Томары сдать командование эскадрой капитану 1 ранга К.С. Леотоновичу, будто бы назначенному конторой главного командира Черноморских флотов. Заметим, что Константинов был назначен на должность указом царя и на этом основании отказался сдавать командование. Вспыхнул беспрецедентный конфликт. При этом Константинов (к тому времени уже капитан 1 ранга) сумел удержать в своём подчинении всех командиров, в т. ч. Тизенгаузена, несмотря на то, что Томара отказался финансировать эскадру. Он согласился отпускать деньги только через Леонтовича. На эскадре сложилась парадоксальная ситуация – командовал один, а финансировал другой.
Тем временем надо было принимать решения об осеннем возвращении в Черное море с имеемыми повреждениями или о зимовке в Константинополе. В конце концов, было решено зимовать и исправлять повреждения, а весной идти домой.
Детально не удалось установить, как дальше развивался конфликт по поводу командования эскадрой. К концу года всё стало известно в Санкт-Петербурге. По документам мы узнаём, что в апреле эскадрой командовал капитан 1 ранга К.С. Леонтович, который и привёл её в Ахтиар 25 апреля 1802 года.
Почти четыре года моряки эскадры провели в плавании и с трудом вернулись на Родину.
Эскадра капитана 2 ранга А.А. Сорокина весь 1801 год находилась в Неаполе – гвардейцы занимали ключевые посты в городе, войскам и экипажам королевство ни в чём не отказывало. Но в апреле 1802 года состоялся очередной указ императора о возвращении эскадры в Черное море. Указом предусматривалось по ветхости продать на месте фрегат «Св. Николай», разрешалось по решению на месте продать фрегат «Григорий Великия Армении», а экипажи вернуть на нанятых купеческих судах. Фрегату «Св. Михаил» во главе с Сорокиным предписывалось оставаться в Неаполе, поскольку там продолжали оставаться гвардейцы и быть готовым, при необходимости, перебросить гвардию на Корфу.
До середины лета готовились к отплытию. «Григорий Великия Армении» решили не продавать, а отремонтировать. Для доставки пушек и имущества было нанято два транспорта, а людей – один транспорт. 23 июня А.А. Сорокин нанес заключительный визит к королю Обеих Сицилий, а через пять дней отряд транспортов в сопровождении фрегата «Григорий Великия Армении» под командованием капитана 1 ранга И.А. Шостака отправился в Черное море. В Константинополь отряд прибыл 21 октября и тут, как и эскадра Константинова, зазимовал. Возвратились в Россию только весной 1803 года. Таким образом, около пяти лет моряки этой эскадры провели в Средиземном море.
В сентябре 1802 года А.А. Сорокин на нанятых купеческих транспортах в сопровождении фрегата «Св. Михаил» доставил 2 гренадерских батальона из Неаполя на Корфу. Туда же вскоре пришел из Черного моря фрегат «Назарет» под командованием все того же К.С. Леонтовича и поступил в распоряжение Сорокина. Россия продолжала сохранять присутствие в Средиземном море. Возможно, это было главное реальное завоевание русских в ходе участия в войне Второй антифранцузской коалиции.
Таким образом, только в 1803 году после возвращения в Черное море, практически всех сил, закончилась ушаковская средиземноморская эпопея. Она продолжалась более четырех с половиной лет. В итоге Россия сохраняла контроль в Республике Семи Соединенных Островов и, кто бы мог предположить, что буквально к концу этого года придется принимать решение о новом наращивании крупных сил в Средиземное море.
Трудности в организации снабжения и ремонта кораблей в Средиземном море остаются не исследованными до настоящего времени. В общих чертах за период блокады Корфу они обозначены только в некоторых работах. Однако во всей полноте данная проблема не освещена. Между тем, как показывают исследования, она, в ряде случаев, существенно повлияла на сроки выполнения задач (например, овладение Корфу, начало Итальянской кампании, возвращение в Черное море), на состав сил, привлекаемых к выполнению задач, на моральное состояние личного состава и на самого главнокомандующего, на политические отношения между союзниками и на многое другое. Эти проблемы наглядно демонстрируют отношение российских властей к своим подданым, отправленным на войну, отношение командования – к обеспечению военных действий. Оно неоднократно проявлялось в последующие столетия и не преодолено, как представляется, и теперь.