Нет ни малейших оснований верить Илиодору, когда он утверждал, что он бескорыстно прославлял Григория Распутина. Тобольский «старец» был нужен Илиодору как заступник перед царской семьей. Илиодор ждал и других благ от своего влиятельного друга. Он сам проговорился, что Распутин «трижды обещал мне скорый епископский сан и бриллиантовую панагию». Возможно, именно эти невыполненные обещания вызвали его гнев. Водя дружбу со «старцем», Илиодор одновременно запасался компрометирующим материалом. Так, в руках Илиодора оказались письма императрицы Александры Федоровны Распутину. Иеромонах уверял, что Распутин якобы подарил ему эти документы, когда он гостил у него в селе Покровском. Распутин же утверждал, что бес попутал его из бахвальства показать письма Илиодору, после чего они пропали из взломанного сундука. Надо сказать, что объяснения Распутина звучат гораздо убедительнее.
Хотя за Илиодором утвердилась слава импульсивного и непредсказуемого человека, его выступление против Распутина являлось тщательно спланированной акцией. Духовные лица, которые своими руками ввели «старца» в царские палаты, глубоко сожалели о своей ошибке. Архиепископ Антоний (Храповицкий), епископ Гермоген (Долганов), архимандрит Виталий (Максименко) — все эти сподвижники иеромонаха настраивали его на борьбу с фаворитом императрицы.
16 декабря 1912 г. Илиодор заманил Распутина на Ярославское подворье в Петербурге. Иеромонах торжественно обличил «старца» в тяжких грехах, ему вторил юродивый Митя Козельский. Затем епископ Гермоген привел Распутина в храм и потребовал у него: «Говори: клянусь здесь пред святыми мощами без благословения епископа Гермогена и иеромонаха Илиодора не переступать порога царских дворцов». Дальнейшую сцену описывали по-разному. Например, М.В. Родзянко, ссылаясь на достоверных свидетелей, утверждал, что «старец» обезумел и набросился с кулаками на епископа: «С трудом удалось оттащить безумного от владыки, и Распутин, обладавший большой физической силой, вырвался и бросился наутек Его, однако, нагнали Илиодор, келейник и странник Митя и порядочно помяли».
Так или иначе, но Распутин жестоко отомстил своим обличителям. Николай II был в страшном гневе и отказывался выслушать объяснения епископа. Илиодор в характерном для него стиле обратился к старому покровителю Горемыкину: «Вы уже получили все чины. Если повесить на вас ваши ордена и медали, то не хватит места на груди, придется вешать их на брюках или на спине. Вам нечего искать и нечего терять. Поезжайте, ради Бога, к царю и попросите его принять владыку Гермогена..» Однако на сей раз не помогали ничьи заступничества. Епископ под предлогом догматических расхождений с членами Святейшего синода был сослан в Жировицкий монастырь. Иеромонах Илиодор некоторое время скрывался в доме тибетского целителя ПА. Бадмаева, но в январе 1912 г. вынужден был сдаться жандармам.
Он был заточен во Флорищеву пустынь во Владимирской епархии. Департамент полиции принял строгие меры для надзора за Илиодором. Круглосуточное дежурство несли в общей сложности двенадцать филеров, которые, согласно инструкции, не должны были отходить от него дальше, чем на десять шагов. Беспокойство полиции имело под собой серьезное основание Осведомители доносили, что происшествие на Ярославском подворье вызвало целую бурю. Так, агентурная записка московского охранного отделения констатировала: «За похождениями иеромонаха Илиодора в обществе следят с громадным интересом; ожидают беспорядков в Царицыне среди его сторонников, а также демонстративных выступлений в его защиту со стороны правых Кару, постигшую епископа Гермогена и иеромонаха Илиодора, вызвавшую большое раздражение в среде правых, в радикальных кругах именно и оценивают как благоприятный фактор ослабления престижа правительства даже в среде его сторонников».
Илиодор пытался любыми способами вырваться из заточения. Вначале он обратился с униженной мольбой к Николаю II, обещая весь свой век славить царицу и наследника, если его отпустят к «царицынскому муравейнику православия». Убедившись в непреклонности царя, иеромонах резко изменил тактику. Он тайно переправил из пустыни письма, похищенные у Распутина. Императрица Александра Федоровна в порыве религиозной экзальтации допустила в письмах выражения, которые могли быть предвзято истолкованы. Именно на это рассчитывал Илиодор. Письма императрицы в сотнях и тысячах копий наводнили страну, серьезно дискредитировав царскую семью. Для монархиста такой поступок был возмутительным, но Илиодор, начав с обличения светской и церковной администрации, довел дело до логического конца, объявив, что «теперь я государя и государыню не признаю».
