В состав комиссии входил председатель ученого комитета Министерства народного просвещения Георгиевский, относившийся с большим уважением к профессору Баксту. Под его влиянием комиссия постановила пригласить для дачи разъяснений по разным обсуждавшимся в ней вопросам экспертов из евреев. Таковыми приглашены были профессор Н.И. Бакст, барон Гинцбург, М.А, Варшавский. Была составлена М.Г. Маргулисом обширная записка о черте оседлости; бароном Гинцбургом представлены были материалы относительно исполнения евреями воинской повинности. Работа комиссии кипела, и через три с лишним года, собрав колоссальный материал, касающийся всех сторон быта евреев, Высшая комиссия могла уже прийти к общим положениям, которые должны были лечь в основу предполагаемых законопроектов. Эти выводы изложены в общем журнале комиссии 1886 года. Журнал этот — один из драгоценнейших документов по истории еврейства в России. Несмотря на атмосферу, среди которой работала комиссия и составлялся ее журнал, — в то время, когда буря реакции Александра III бушевала и политика правительства, направленная к укреплению самодержавия, православия и народности, приняла ярко выраженную форму решительного угнетения всех народностей, кроме великороссийской, — большинство комиссии графа Палена должно было признать, что существующие ограничения для евреев не разрешают еврейского вопроса и что дальнейшее следование по пути ограничений и несправедливо, и не вызывается надобностью; что прежде всего подлежат отмене правила 3 мая 1882 года, ибо они не ограждают крестьянское население от эксплуататоров, независимо от исповедания их; что эти правила вредны для землевладения и что правительству надлежит вступить на новый путь «постепенного расширения прав евреев». Повторилось в начале царствования Александра III то, что случилось в начале царствования Александра II, когда Еврейский комитет, учрежденный Николаем I, под председательством сначала графа Киселева, а потом графа Блудова пришел к аналогичным заключениям, и графом Блудовым представлен был Александру II доклад «о необходимости постепенного уравнения евреев в правах с остальным населением, с отменою ограничительных законов, изданных как временные меры впредь до приобщения евреев к общей государственности». Ответом Александра III на этот журнал паленской комиссии об основных положениях для законодательной политики о евреях было неожиданное для всех закрытие комиссии в 1886 году с передачей ее материалов в подлежащие ведомства. Дело выработки предположений об изменениях в действующих законах поручено было совещанию под председательством товарища министра внутренних дел В.К. Плеве. Работы этого совещания происходили в строжайшей тайне. Членами совещания были подчиненные чины министерства, надо ли прибавить, совершенно послушные указаниям своего председателя, который, в свою очередь, проводил тенденцию, согласную с общим духом времени.
Закрытие паленской комиссии совпало с началом новой полосы в антисемитской политике правительства, а именно полосы закрытия доступа евреям к общему образованию в государственных учебных заведениях, с установлением норм для поступления в средние и высшие учебные заведения. Уже с начала царствования Александра III открывающиеся вновь высшие учебные заведения были недоступны для евреев. Прекратился прием в преобразованную Военно-медицинскую академию в С-Петербурге; ограничен был пятью процентами прием во вновь открытый Харьковский технологический институт, не допускались евреи к поступлению в Харьковский ветеринарный институт, ограничен был прием в Горный институт. За этими отдельными постановлениями сепаратного свойства последовали и общие меры в виде установления норм для всех учебных заведений. Проведение в жизнь этого самого жестокого мероприятия по отношению к евреям — мероприятия, знаменовавшего собой решительный поворот в правительственной политике и являвшегося покушением на человеческую культуру вообще, — осуществлено было не путем издания законодательного акта, а путем новым, до того времени не применявшимся даже при существовавшем тогда хаосе методов издания обязательных к исполнению постановлений, имевших в России силу закона. Министр народного просвещения граф Делянов во всеподданнейшем докладе изложил свой взгляд на отрицательное влияние свободного доступа в школу разных элементов и, между прочим, на вредные последствия политики открытых дверей средних и высших учебных заведений, куда в большом числе устремляется еврейская молодежь; министр испрашивал полномочий для принятия мер к оздоровлению школ. Вопрос был внесен в комитет министров, который предоставил министру народного просвещения право ограничить доступ евреев в учебные заведения процентною нормой, причем пределы этих полномочий не были очерчены и не определен был и способ установления нормы; не был даже предусмотрен порядок введения нормы в действие. Судьба среднего и высшего образования евреев предоставлена была всецело на усмотрение министра.
